涿鹿之戰後，軒轅黃帝獲得了極高的讚譽，大家都認為是在軒轅黃帝的英明領導之下，人們贏得了戰爭的勝利，不但挽救了中原部落，還讓中原部落成為最強大的部落。但是，原來神農炎帝的部下不服氣，戰勝蚩尤的是神農氏和軒轅氏的聯軍，憑什麽功勞全被軒轅得到，而且神農氏族的損失更大。他們不停地在神農身邊抱怨，甚至挑撥是非。神農終於忍不住叨擾，組織軍隊，發動戰爭。

　　這場中原部落間的內戰在阪泉打響。神農炎帝的軍隊擅長用火，他們用火圍攻軒轅城，火勢浩大，灼人乾渴;濃煙滾滾，傷人眼鼻。但很快，軒轅這邊的應龍輕松地用水熄滅了大火。

　　軒轅反擊，以熊、羆、貔、貅、貙、虎為前驅，以雕、鶡、鷹、鳶為旗幟，後面大軍跟上，將神農的軍隊擊退，並圍困在阪泉的山谷裡。神農及其部下組織多次突圍，軒轅和風後采用九天玄女傳授的兵法，一會列五行陣，一會列北鬥七星陣，一會又是其它陣型，神農軍隊無法突圍。就這樣神農軍隊被圍困了三年，神農不願再看到殺戮，主動向軒轅投降。

　　神農前來投降，軒轅大喜，說願意冰釋前嫌，兩人共同執掌部落聯盟首領。但神農卻拒絕了，他說:“領導人民過上幸福的日子，我不如你;我要讓我的部落也接受您的領導。”

　　“那你怎麽辦?就不願意和我一起帶領人們過好日子嗎?”軒轅問。

　　神農答道:“您身邊已有許多能人輔佐，不再缺我一個。我年輕時曾立志辨識百草，對抗疾病。我要去完成我的心願。”

　　就這樣，神農隻帶了少數幾個身邊隨從，到南方去了。神農部落的人，大多數人接受了軒轅黃帝的領導，只有少數人還在和軒轅作對。