這天，小智等人在旅行途中，順路來到了黑暗市，可是這個城市大白天的一個人也沒有。　　“不太對耶，大白天的，為什麽一個人影也沒看見呢，真的好奇怪”，走在路上，小剛一邊看著四周一邊說道。

　　“波加曼，急凍光線”，突然從屋頂有人扔下了幾塊石子，小霞立刻對波加曼說道，然後石子就被冰凍了，落在地上。

　　“上吧，皮卡丘”，“皮卡~丘——”，而小智也隨後讓皮卡丘使用電擊攻擊了，被皮卡丘的電流擊中後就看到有三個小孩子從屋頂掉了下來。

　　“啊，是小孩子耶”，看到孩子掉下來後，小剛很吃驚的說道。

　　“對不起啊，可是，是你們先丟我們石頭的”，小智立刻走上前去抱歉的說道，畢竟還只是三個孩子嘛。

　　“你們不是神奇寶貝訓練家嗎”，其中一個不太友好的說道。

　　“是啊，我叫做小智，為了成為世界第一的神奇寶貝訓練家，正在旅行的途中”，小智解釋說道。

　　“我是以成為世界第一神奇寶貝飼養家為目標的小剛”，小剛也隨後說道。

　　“我是小霞，現在是小智的教練”，小霞最後也說道，而且還自我決定了“小智教練”的頭銜。

　　“教練?”小智聽了小霞的話後重複說道。

　　“啊，好痛啊”，不過這時他和小剛的頭被其中的一個孩子拿著棍子打到了，而小霞則是眼尖的立刻後退了，躲過了這一劫。

　　“不管是訓練家，還是飼育家，前面加了神奇寶貝四個字，我們就討厭”，一個孩子說道。

　　“神奇寶貝哪裡不好了”，而小智則是不同意的說道。

　　“請等一下”，就在這時，一個大叔出現了，“對不起，這些孩子好像對你們製造困擾了，你們到我家來一下好不好?讓我好好的向你們道個歉”，大叔抱歉的說，並且邀請小智、小霞和小剛去他家。

　　到了大叔家後，從大叔口裡知道了，為了成為神奇寶貝聯盟正式承認的道館，這裡的亞斯道館和卡茲道館聘請旅行的神奇寶貝訓練家當打手，一有事情就不分場合的搞起神奇寶貝決鬥，而此時皮卡丘也找到了自己最喜歡的東西，那就是番茄醬。

　　而就在小智等人吃東西的時候，外面傳來一陣騷動，“是亞斯道館和卡茲道館之間的小鬥爭，你們幾個趕快躲到二樓去吧，如果被卷入鬥爭的，那就糟糕了”，大叔趕緊解釋道。

　　“他們常常這個樣子嗎?”到二樓後，看著下面亞斯道館和卡茲道館不斷地大家，而且四周的房屋也受到了波及，小剛對三個孩子說道，不過得到的答案則是肯定的。

　　“他們這樣子不算神奇寶貝決鬥，只是打群架啊，他們是不是對神奇寶貝訓練家的定義有什麽誤解啊”，小智也說道。

　　這時一樓突然傳來大叔的聲音，“…………(火箭隊經典台詞)”，大家剛趕到一樓就聽到火箭隊在念開場白，不過這次他們是被卡茲道館聘請了。

　　“火箭隊，是你們”，小智看到火箭隊後立刻說道。

　　“小鬼頭，原來你們也來了，這樣正好，可以一網打盡”，武藏看到小智他們也隨後說道，“阿柏怪，去吧”，然後武藏就派出了阿柏怪，“雙彈瓦斯，你也上吧”，小次郎也派出了雙彈瓦斯。

　　“伊布，決定是你了”，小智則是派出了伊布，一路上，小智一直和伊布交流著，通過皮卡丘也了解了伊布曾經痛苦的過去，所以小智非常的疼惜伊布，

而且為了讓它進化，從此免受進化三精靈和退化的痛苦，小智一直努力著，而伊布也逐漸的和小智原來越親密了。　　“蚊香蝌蚪，去吧”，小霞也派出了蚊香蝌蚪。

　　“雙彈瓦斯，泥漿攻擊”，小次郎讓雙彈瓦斯使用了泥漿攻擊。

　　“蚊香蝌蚪，水槍”，而小霞則是讓蚊香蝌蚪使用水槍，水槍和泥漿攻擊抵消了。

　　“伊布，影子球”，小智看準機會，立刻讓伊布使用了影子球，影子球命中了，打中了雙彈瓦斯。

　　“阿柏怪，毒針攻擊”，武藏這時也讓阿柏怪攻擊了，紫色的毒針向伊布攻來。

　　“伊布，挖洞”，不過小智讓伊布使用了挖洞，避開了毒針攻擊。

　　“蚊香蝌蚪，連環巴掌”，而這時蚊香蝌蚪在小霞的指導下，衝著阿柏怪就是一串的連環巴掌，打的阿柏怪暈暈乎乎的。

　　“伊布，攻擊”，隨後小智也讓伊布攻擊了，地面系的挖洞對毒系的阿柏怪可是效果拔群，阿柏怪被打殘了。

　　“啊，阿柏怪”，看到阿柏怪失去戰鬥能力，武藏喊道。

　　“雙彈瓦斯，不要輸，使用衝擊”，小次郎這時還是不死心的讓雙彈瓦斯使用了衝擊。

　　“伊布，影子球”，“蚊香蝌蚪，水槍”，不過伊布和蚊香蝌蚪一起使用了絕招，水槍推著影子球打了過去。

　　“好討厭的感覺啊”，火箭隊飛走了。

　　“小智，我們去阻止他們怎麽樣?”這時小剛又再次看著外面的打鬥說道。

　　“好，我們走”，小智也同意的說道。

　　“不行啊，太危險了”，大叔聽了小智他們的話後則是擔心的說。

　　“沒事了，這也是修行的一部分啦”，看著小智和小剛已經出去了，小霞說完後也跟了上去。

　　剛出來就看到電擊獸把攻向它的亞斯道館的神奇寶貝全部打倒了，而飛天螳螂也用一字斬打敗了卡茲道館的人。

　　“妙蛙種子，決定是你了”，小智派出了妙蛙種子來應戰。

　　“六尾你也去吧”，小剛也派出了自己的神奇寶貝，是六尾，小霞則是在後面看著。

　　“你們是什麽人?”亞斯和卡茲道館的館主看到小智和小剛派出神奇寶貝後問道。

　　“來阻止你們的人”，小智立刻說道，“妙蛙種子，能源球”，小智讓妙蛙種子使用了能源球，綠色的能量球向電擊獸打去。

　　“六尾，火焰漩渦”，而小剛這邊，則是六尾的火焰漩渦向飛天螳螂攻去。

　　“電擊獸，不要輸，十萬伏特”，看到電擊獸被打中後，卡茲道館的館主對電擊獸說道。

　　“妙蛙種子，飛葉快刀”，不過小智則是讓妙蛙種子使用了飛葉快刀，兩個絕招不斷的發出，互相抵消了。

　　“飛天螳螂，我們這邊使用連續切”，亞斯道館的館主也讓飛天螳螂使用連續切來攻擊。

　　“六尾，電光一閃避開”， 不過小剛則是讓六尾使用了電光一閃躲開了攻擊。

　　“妙蛙種子，藤鞭”，這時妙蛙種子的藤鞭把電擊獸的腳給綁了起來，然後甩了出去。

　　“六尾，噴射火焰”，這邊的六尾也用噴射火焰把飛天螳螂打飛了，電擊獸和飛天螳螂撞到了一起，失去了戰鬥能力。

　　“啊，電擊獸(飛天螳螂)，你們這些小鬼，覺悟吧”，收回了電擊獸和飛天螳螂後，那兩個道館的館主撿起一根木棍後對著小智等人說道，看起來是想要打架。

　　“等一下”，這時，出現了一位穿著長長風衣，帶著口罩的人。

　　“什麽，你是什麽東西”，兩個道館的館主則是說道。

　　“我就是神奇寶貝聯盟派過來的正義的檢查官，去吧，神奇寶貝球”，這個神秘人則是拿出一個寶貝球後說道。

　　“是吉利蛋耶，這就表示是……”，看到放出的吉利蛋，小剛說道。

　　“沒錯，我的真實身份是喬伊，只會利用神奇寶貝來打架的人所開的道館是絕對不可能獲得神奇寶貝聯盟正式承認的”，神秘人摘掉偽裝後，露出了真面目，原來是喬伊小姐。

　　“怎麽會這樣”，“可不可以請你網開一面啊”，聽了喬伊小姐的話，兩個人沮喪的說道。

　　“除非你們又重新再來的決心，怎麽樣?”喬伊小姐微笑著說道。

　　“當然有了”，他們趕緊表態的說，隨後小智就告訴他們先把毀壞的東西複原。

　　事情終於結束了，一行三人告別了三個小孩子後離開了黑暗市，又繼續前進了。