再說劉國軒一路軍馬，由於面對著江西清兵的精銳人馬，所以推進速度很慢。好在隨著整個戰局的變化，清兵不得不撤兵，於是劉國軒得以循著清兵的腳步不斷進兵。這樣邊打邊推進，在半個月裡，先後佔領了吉安府、臨江府(今新乾縣)、清江縣，進抵南昌府城附近，隨後開始派兵清理外圍，準備攻打南昌。他本以為這裡將會有一場難度較大的攻堅戰，怎麽說這裡也是一座省城，防守的力度不言而喻，孰料清兵主將早就逃往江邊，南昌此地不過萬余雜兵駐守。

　　恰好這時候沐劍聲的軍令到達，讓他速速拿下南昌，隨後加緊追趕敵軍，力爭盡可能多的消滅敵軍。既然主公已有嚴令，劉國軒立刻下令攻城。經過兩次試探性進攻之後，他基本摸清了對手的虛實，原來對手已經很是虛弱了。隨即下令水陸人馬全線壓上，不過一天時間，就順利拿下城關，隨後又通過了兩天的巷戰，最終以很輕微的代價，就奪下了這個江南名城。

　　拿下南昌之後，由於兩路吳軍也進入江西，攻城略地，且就在南昌西北百余裡附近出現，於是劉國軒連忙整頓軍馬，固守城池，一面派人和對方交涉後續事宜，做好了萬一翻臉的準備。

　　好在吳軍也因為軍力偏弱，而且各有心思，也不想和明軍翻臉，於是作出就地停歇的保證，他們一部分退守武寧縣，一部分退守新余，這樣就等於讓出了贛江大道，已經不會威脅到明軍的補給線安危。

　　劉國軒一看對方這樣識趣守約，也立刻放心，隨即讓劉一川帶領兩萬人馬鎮守南昌，自己率領剩余三萬多軍馬，分水陸兩路，往湖口方向進兵。其中水師約莫五千余人，在主將戚振北的指揮下，主要是清理鄱陽湖裡面的殘余清兵水師，防止對方突襲自家的後路，保證運輸線路的通暢和平安。而陸軍則順著湖東的大路，一路追著前面沐劍聲的腳步前進，直逼湖口要點。

　　其實就在明軍拿下衢州的同時，為了避免後續北逃的清兵進入安慶城裡固守，沐劍聲隨後傳令張清山要盡快拿下安慶府城，這樣就可以依托水師的力量，在江北地帶扎下一顆大釘子，成為頂在清兵腰部的一把利刃。此時在安慶方面，清兵的力量並不強大，不過是三萬多雜兵，外加兩萬民夫，戰鬥力較差。之前明軍因為局勢還不明朗，和清兵對峙為宗旨，所以沒有強攻安慶，不過眼下形勢變化很大了，已經到了最後的決戰時刻了。

　　隨後在張清山的命令下，明軍長江水師幾乎雲集此地，以優勢火力對安慶城展開了炮擊，迅速清理掉清兵的外圍防禦工事，逼迫對手只能憑城固守。隨後水師全力運送陸軍主力三萬余人過江，迅速在城東十余裡外扎下大營，完成了前期的準備工作。

　　修整兩天之後，明軍水陸兩線一起發力，向安慶城發起最後的總攻，僅僅兩天時間，就擊破了安慶城垣，隨即殺進城內。眼見城池已經不保，章泰和於成龍隻好帶領萬余殘兵倉皇北逃，一路敗退，直到合肥城附近才站住了腳跟。而明軍在經過了兩天激烈巷戰後，終於肅清了安慶的殘余清兵，控制了全城。

　　隨後，張清山吳立身戚振北等人入駐安慶，一面著手修複城垣和防禦工事，準備堅守城池，應對清兵的反撲，一面趁著清兵新敗，派兵攻略附近縣城，同時追擊北逃的敵軍。在經過了十多天的橫掃之後，明軍連續奪佔了潛山、無為、樅陽、桐城、廬江、懷寧、舒縣等地，一直追擊到豐樂河附近，

暫時和清兵形成了對峙。　　此後明軍一部轉而向東，順利攻克了滁州及附近區域，至此大別山以東的皖中大部區域也落入明軍手裡。不過由於戰事持久，明軍士卒過於疲勞，加上新佔領的地盤和大批的俘虜等需要安置處理，於是全線停止了攻勢，轉入了調整歇息階段，後續經過了大半年的時間，才基本完成了這些工作，成功的消化了這次作戰的勝利果實。

　　攻佔安慶之後，張清山為了策應沐劍聲，派出了一支小型船隊沿長江繼續上溯西進，在彭澤縣附近的小孤山一帶，和退到這裡的清廷江西水師相遇，兩方進行了交手。一番試探性作戰之後，明軍戰力強，於是佔了上風，但是清兵的船隻較多，規模遠遠多於明軍，於是明軍水師緩緩後退，脫離戰場返回了安慶。

　　此戰雖然明軍水師最終後撤了，但是這也給喇布和傑書兩人敲響了警鍾。二人意識到了對方水師既然能夠上溯至此，那麽安慶城恐怕已經凶多吉少，一旦明軍完成調整，那麽水師隨時可能會大舉西進，這樣就必須要趕快行事了。

　　為了保命，兩人不顧江南岸邊還有數萬殘兵，先後乘船過江，然後帶領親兵近衛在江北岸邊不遠擇地安營，繼續隔江指揮清兵的撤退事宜，收攏過江之後的兵馬，這樣也可以見機行事。雖然二人順利逃過江北，不過這樣以來，由於隔著大江，他們對於整個清兵撤退行動的指揮和掌控力度大大降低，根本無法繼續有效的維持局面。

　　加之明軍推進速度迅速，已經從水陸兩個方向合圍而來，不斷有失利的消息傳來，這讓在江邊準備渡江的清兵一日三驚。為了逃命，各部清兵將領也撕破臉皮大打出手，於是搶奪船隻糧草財物的事件層出不窮，其間雖然有尚善在這裡稍稍整頓了一番，可是此後不久尚善也帶人逃走，於是混亂的情況再度發生，到最後江南岸邊的秩序徹底陷於混亂，進而自相殘殺，有些人甚至瘋狂至放火燒船。

　　這樣以來，就使得清兵後續渡江的效率大大降低，還有許多船隻過江後就無人再去開動，雖然三王和尚善不斷派人四下收攏，可是渡船還是日漸減少，眼看著運力不斷下降，此後每一天能夠過江的人數還不到萬人，至於其余的物資糧草軍械等等更是無人顧及了。

　　就在清兵倉皇北逃過江之時，眼見全局形勢變得有利，於是明軍揚州駐軍也隨即分兵東進，攻略掃蕩了以泰州南通為核心的整個蘇南區域，凡大軍所到之處，清兵不是潰逃，就是望風而降。

　　其實早在去年揚州失陷以後，這些地方的殘余清兵就不斷潛逃，部分滿清領兵軍官以各種理由逃亡蘇中淮安鹽場一帶，因此蘇南區域的清兵力量十分薄弱，這裡幾乎如同熟透的果子，稍稍一碰就掉了下來，讓明軍輕松的完成了出兵的目標，徹底清掃了蘇南區域，隨後明軍繼續北進，一直前出到高郵東台一線，建立起新的防線。

　　四月初，劉國軒率部攻克了星子縣，打開了鄱陽湖的出口，與攻克景德鎮北上的沐劍聲大軍，在湖口城南二十裡附近會師。隨後明軍一戰拿下湖口要地，從而把清兵未曾及時過江的殘部三萬余人，合圍在江邊。眼看大勢已去，加之裡面的骨乾軍官已經預先離開，無人牽頭主事，於是這一股殘余清兵很麻利的投降了。

　　在此花費了三天功夫，整肅安頓了這些降兵後，接著明軍一面清理繳獲的物資糧草，一面派人馬分道攻略。此後又花費了半個多月時間，在月底之前，佔領了近乎不設防的彭澤和九江。此後明軍長江水師主力西進，一路前出到武穴並攻克城垣，然後據城而守，建立起了西面的防守支撐要點，和上遊的周軍與北面的清兵遠遠對峙。

　　隨著明軍一系列的行動，基本就把清兵完全逐出了江南，同時也建立起了新的穩固的防禦體系，隨後才結束了大的軍事行動，轉入防守態勢。這樣以來，這場耗時三個多月，牽涉三方幾十萬軍馬，幾乎跨越整個江南江北數省的一系列戰事，基本告一段落。

　　此戰之後，清兵完全退出江南，在江北重新建立防線。由於安慶失陷，最後傑書先是在太湖縣附近駐扎，意圖想伺機在圖謀安慶，奈何此時清兵士氣低迷毫無戰心，而且輾轉千余裡逃生，疲憊已及，隻好停下來修整，坐視明軍四下出擊，在水師的策應下奪佔地盤。隨後不久，他根據康熙的命令，退入了大別山裡，繞路進入合肥，擔任了後續清兵東線的指揮，戴罪立功。經過一番整頓，隨後逐步建立起了以徐州為核心，合肥與淮安為前哨支撐點的防禦體系。

　　而尚善所部，則基本後退到了大別山一帶，然後以麻城英山等地為防禦要點，主要和吳三桂所部對持，居中同時連接東西兩線。簡親王喇布則駐防隨州孝昌一線，守護中原之地的南大門。安親王嶽樂則輾轉退到了襄陽，後續負責清兵整個荊襄方面的防禦，這樣清廷三王敗退江北近兩個月之後，終於重新建立了防線，勉強穩定住戰局。