隨後經過清點，此戰擊斃清兵一萬二千人，俘虜兩萬余人，麻勒吉於官邸自盡，傅塔喇和郎廷玉死於亂軍之中，其麾下的滿族軍官也大多戰死，其余大部分漢族官員士卒，均成為明軍俘虜。

　　由於火器優勢太過明顯，此戰明軍戰死者千余人，受傷殘廢者三百余人，相對於一場攻堅戰來說，代價已經是出乎意料的小，而這自然和清兵已經喪失鬥志有很大關系，其中近七成的人員死傷，都是在後續進攻滿族內城之時，圍剿幾名滿清重將產生的，所謂狗急跳牆麽，何況是本就凶殘的韃子兵?到了八月二十八日，明軍終於徹底的肅清全城，完全控制了這座天下雄城。

　　九月一日大清早，沐劍聲在一乾親衛的護衛下進入南京城，這樣在時隔三十余年之後，大明的日月金龍旗重新插上了南京城樓之上。手撫城牆上兀自殘留的斑斑血跡，看著在炮火打擊下殘破的街道和房屋，沐劍聲感慨萬千，戰爭的殘酷性讓人揪心，可是這種殘酷卻又無法避免，之前有贛州城，這次是南京城，之後還會有許許多多的城池，還會發生類似一幕，自己必須要冷靜面對，作好一路血戰前行的準備。在二十多年之前，國姓爺鄭成功曾經有機會奪取此城，可惜最後卻功敗垂成，痛失好局，為天下人所痛惜，好在現在自己終於奪下了南京，也就得以平復國人心中的那份傷痛。如今自己距離成功的目標又邁進了一大步，以此城為根基，發揮水軍的優勢戰力，只要掌控了長三角膏腴之地，控制住長江水道，則掃平江南指日可待，那時也就有了真正和康熙吳三桂平起平坐的資本，而等到自己真正的消化掌控了整個江南這片土地，只需要再經過短短幾年時間積累，自己就能夠全方位超越兩家對手，那時也就有了一統天下的實力。

　　的確，攻佔南京的意義太過巨大，無論從政治方面，還是軍事戰略方面，都足以震驚天下各方，整個明軍從上到下自然都十分興奮，免不了連連舉行了慶功大會，慶功酒筵等等。當然為了安全起見，沐劍聲又下令加強戒備，狠抓軍紀、嚴防奸細，死守城池的同時，命令以張清山手下主管情報的人員為指揮，派出數支小隊，進行明察暗訪，大力肅清隱藏於各處的敵對分子，保證南京城內外的穩定。

　　此戰的繳獲極為豐厚，通過對滿清大小藩庫的清點，對韃子要員府邸的清查，和對大小漢奸官員的清查，以及對一些劣跡斑斑的商戶的清查，加上對滿城裡那些滿人的徹底清算，僅僅查抄的現銀，就超過了一千三百萬兩，另有各種黃金七十余萬兩，珍寶古玩字畫等價值超過兩千萬兩，數量極其驚人。

　　在這數額裡面，又有近半都是從小小的滿城裡面查抄而來。面對明軍的刺刀，為了保住性命，這些貪生怕死不明真相的滿人，幾乎都掏空了所有的家底和私藏，幾十年苦心掠奪經營盡皆成空。

　　此外明軍還繳獲了大批的軍械糧草等急用物資，其價值也有數百萬兩之多，還有大批的土地田產商鋪等等，幾乎多不勝數，價值更是難以估算。當初在鼇拜時期，清廷大肆推行圈地之法，使得南京城附近的大片土地都被滿清勳貴圈佔，到如今全都歸於王府名下，於是成為沐王府安頓江南人心的重要籌碼。

　　看著這些個驚人的數據，沐劍聲感慨萬千，難怪說這裡是天下財賦中心，由此來看，果不其然啊，而這些滿人身家的豐厚，也實在出乎意料，看來以保留性命為條件對他們進行清算，

是一條很明智的策略，慕天顏啊慕天顏，你的這份投名狀，分量的確很足啊，看來不重用你都不行啊，沐劍聲感慨道。　　沐劍聲為何會有此感慨?一切的原因，都是因為在破城之前，作為清廷江蘇巡撫的慕天顏就看出形勢不妙，為了提前給自己留出退路，於是提前偷偷的派出心腹人員，攜帶自己的投效書出城，向明軍統帥沐劍聲投誠。慕天顏這個人，實為清廷江南官場的不倒翁，頗有手段和心計，先後經歷郎廷佐、麻勒吉、阿席熙，再到麻勒吉，期間都能夠平安無事，還不斷升遷，成為一省要員，可謂深得官場精髓。

　　這一次他眼看明軍勢大，南京已然不保，此後江南之地也勢必被明軍奪佔，天下南北分裂已成定局，所以為了搏個前程，覺得自己必須提前投注，於是就有了提前派人下書的行動，就此成為了清廷投效大明的第一位封疆大吏。

　　為了給沐劍聲留下好印象，慕天顏不但把城內的幾處關鍵所在予以指點外，比如藩庫、銀號、倉庫等，還提出了一個斂財的門路，就是設法從那些滿人身上刮油水的辦法，並且把一些身家不菲的人員予以列出，可謂‘用心良苦’。

　　他在信中還點出，那些住在滿城裡面的滿人，身家大多不菲，所以只要能夠讓他們出血保命，那麽收獲肯定不小，慕天顏的這個辦法，給了沐劍聲很好的提醒。其實在此之前，沐劍聲對於如何處理滿城裡面那些滿人，一時還拿不定主意，全部殺了自然會有負面影響，可是就此釋放，卻難以讓手下眾人心服，畢竟兩族之間的仇深似海，揚州十日和嘉定三屠，猶自在許多老人的記憶之中，自己不能不考慮這些因素而輕易作出決定。

　　不過現在有了慕天顏提供的這個辦法，就有了解決問題的途徑，雖然它還不能讓所有人心服，不過卻可以成功的避開濫殺的汙點，在達成目標的同時，也能夠讓絕大多數人接受。哪怕就是敵對一方，也無法就此事進行質疑，自己畢竟沒有斬盡殺絕，還是留下了這些滿人的性命，所以就不用擔心清廷進行報復，畢竟北方還有億萬漢族子民，自己不能夠給康麻子下狠手的借口。於是在進攻滿城之前，沐劍聲就嚴令各部進攻的官兵，進城之後不得濫殺裡面的滿人，這樣就得以保住了絕大多數的滿人性命。

　　雖然士兵們對於繞過滿人性命的命令有所質疑，不過明軍的嚴密軍紀還是不可抗拒的，這樣滿人死傷很少。在佔領全城之後，沐劍聲下令大搜滿城，隨後集結起全部的滿人，宣布讓這些人獻上買命錢，否則就要以揚州舊事為借口進行屠城。

　　在這樣的威逼之下，這些滿人隻好舍財買命，試想城內上萬滿人，累積下來的數目何等巨大?這些人戰戰兢兢地獻上買命錢，隨後被全部押往城外的軍營予以集中看押，充當為人質。這些滿人裡面，親貴子弟不在少數，於是沐劍聲網開一面，對於那些手上沒有什麽血債，而且家資頗厚之人，允許他們設法籌資贖身，當然價碼自然不低。

　　隨後這些人為了活命和自由，隻好寫了書信，派下人往北方的家人或親友傳訊，設法籌集銀兩贖身，最後有數百人都成功贖身，返回北方，讓王府小賺一筆。當然，一些手上有血債的滿人， 在查明之後予以正法，以此來收攏民心，而其余的那些人則暫時編入勞工營，負責修路架橋等，為建設江南做貢獻。

　　肅清滿城之後，明軍的指揮中心則暫時搬進滿城裡面安頓，通過一系列的手段，沐王府再次平添巨資，再加上其它地方的收獲，後續的發展資金已經完全不用發愁了，戰爭果然是獲取財富最有效最直接的方式。此後，慕天顏因為獻策有功，被沐劍聲指派為南京府丞，協助大軍安頓城內人心，而有了這個熟悉內情的帶路黨獻策，後續各項工作就輕松許多，更多的俘虜以他為榜樣，迅速投靠王府。

　　不過這些人的反應已經太遲了，沐王府早有江南官場的具體資料，對於這些官員也早有評定，隨後少部分人員被留用，部分人員被扔進學校回爐改造，待學成後再任用，而大部分官員都被定罪，隨後，其中一部分人員在繳納了足夠的贖金之後予以釋放，保住了性命，而一部分人員繼續被關押，少數人員因為罪大惡極而被清算。

　　這樣算來，從八月十五日出兵北上，到八月二十七日佔領南京，前後僅僅半個月時間，明軍就在沐劍聲的帶領下，以迅雷不及掩耳之勢，成功奪佔了滿清江南腹心大城南京，完成了又一次漂亮的掏心之戰。此戰之後，沐劍聲的赫赫威名迅速傳遍天下，名震四方，其個人聲望迅速飛漲，力壓同時代的諸多名將和前輩，包括秦良玉、李晉王、鄭成功等人，都被他遠遠拋在身後，被很多人稱為天下第一名將，又被稱為新一代軍神，被視為興複大漢江山的柱石人物。