隨後，耿精忠下令福州城全城戒嚴，控制了城內的清廷官員，包圍繳械了全部的清兵，並且抓捕各色的滿清密探，以便封鎖消息。他同時又向所屬外圍部隊下令，肅清各地的官員和清兵駐軍，控制當地局勢，同時悄悄加強了朝清兵主力一線的警戒。

　　與此同時，早就集結在閩南泉州附近的三萬沐家軍，在主將劉國軒，副將劉進忠劉一舟的帶領下急速北上，在水師高佑民部的策應下前出攻打福州。而另外一路明軍萬余人則由陸路從漳平出發，朝耿精忠部控制的永安進發，力爭雙方盡快會師，然後趁著清兵還不清楚，就展開一場大的突襲，力爭一戰底定福建全局。

　　再說福州一線，面對沐王府大軍的猛烈炮火，馬尾連江長樂等地的清兵望風而逃，敗往福州，僅僅兩天的時間，沐王府大軍就兵臨福州城下，隨後兩軍展開了激烈的交戰。雖然此時在福州城駐守了近三萬的清兵精銳，外加近兩萬名各處的敗兵，兵力依舊十分雄厚，不過面對明軍強大的水師和凌厲的火器，加之士氣受挫，而且還有部分原屬耿精忠的部下搗鬼放水，清兵水陸兩面連敗數仗。

　　其中大敗的就有三場，第一場大的戰事，就是雙方的水師大戰，這也是一場最毫無懸念的戰鬥。雖然近幾個月來，為了對抗明軍的水師，康親王在原屬耿家水師的基礎上，擴建成立了一支閩江水師，其中有大小艦隻近百艘，人員近三千人，可是由於組建時日尚短，士兵素質較差，配合生疏，戰法也很落後，而且船隻太小，加裝配置的火力也十分有限，所以面對明軍水師的強大火力，幾乎毫無還手之力。

　　此戰雙方在福州城外的江面展開交火，盡管清兵一方依托城防炮火和佔據上遊的有利地勢，而且面對的也僅僅只是明軍的一支分艦隊，大小戰艦四十余艘，可是由於雙方的火力差距過大，明軍的火炮無論是數量、威力還是射程，都遠遠超出清兵的水陸兩面的總和，在經過一番激烈交火之後，明軍付出了大小五艘船隻沉沒，死傷三百余人的代價，全殲了清兵閩江水師，成功的肅清了江面。

　　閩江口一戰，沐王府水師大獲全勝，俘獲清兵近一千余人，大小船隻五十余艘，還同時摧毀和消滅了福州城的大部分城防火炮，這樣就為後續攻城打開了通道，此後雙方展開第二場戰事。

　　由於水師全軍覆沒，於是清兵決定在陸上作些文章，想依靠自家的騎兵優勢，趁夜對明軍陸上的兩萬大軍進行偷襲，打破明軍水陸合圍的計劃。卻不料明軍對此早有防備，在大寨之內還挖掘了陷阱，修築了兩道防禦工事，布置了一個大大的死亡陷阱。開戰之後，明軍故意示弱，讓清兵實現突破，進入到大寨裡面，然後集中火力關門打狗，對突進大營的清兵展開屠殺。

　　最終，分兩個方向偷營的七千滿蒙鐵騎，除了最後面的兩千余人及時反應過來後逃出大寨，其余的四千多人遭到了密集火炮打擊和排隊槍斃，大部分人員被當場擊斃，少部分人員被俘。此戰之後，福州清兵的騎兵部隊基本被打殘，機動戰力損失殆盡，而明軍在收攏了近兩千匹完好的戰馬之後，擴建了兩個騎兵團，機動能力則大大加強。

　　眼見水師和騎兵都被擊敗，主力人員損失過萬，清兵兵力已經處於劣勢，隻好退守福州附近，修築工事進行固守。不過很快就被明軍用火力一一摧毀，攻破防線，這樣在損失了數千兵力之後，清兵全部撤退進入福州城，

依托城牆固守。　　不過此時清兵已經頹勢盡顯，士氣低落，兵力不足，加之後勤也基本被切斷，困守孤城，所以毫無戰心。面對明軍的火炮優勢，清兵的人馬損失慘重，無力抵擋，再加上有原屬耿精忠部的清兵充當內應，趁夜打開城門，於是福州城被迅速攻破，清兵全線崩潰，最終連夜棄城，一路敗逃向南平。也算他們比較幸運，竟然在途中遇見了耿精忠舉事之後，從南平方向提前逃出的一些密探，有幸得知了耿精忠已經再次反叛的消息，於是連忙改道向閩北屏南一線逃竄，勉強跳出了被明軍兩線夾擊合圍的境地。

　　然後這路清兵在受到明軍的追擊後繼續逃亡，一路逃歸進入浙江境內，才勉強站穩腳跟。經過一路逃亡和匯合敗軍之後，最後僅有不到兩萬人逃回，雖然傷亡過半，卻也通過分兵層層狙擊，拖延住了明軍的追擊，讓沐王府企圖全殲這路清兵的計劃基本失敗。

　　在攻略福州和附近各縣城之後，沐王府大軍主力同時分兵沿閩江北上，直指南平府，三日後與耿精忠部匯合，然後趁清兵還處於混亂的時候，聯合朝建寧府發起猛攻，一月半之內連續攻克了建寧、建陽、崇安、松溪、浦城等縣，基本掃清了福建全境的清兵，兵鋒直指閩北天險仙霞關。不過由於不少清兵的敗軍基本都逃回這裡，而且有滿清平南將軍賴塔坐鎮此地，僅關上大營就集結了近兩萬人馬，依仗地形進行堅守，在經過試探性進攻後，眼看難以攻克此天險，於是明軍憑借地形，就地修築起了三道防線，隔山口和清兵對峙起來。

　　此戰之後，滿清再次退出福建，沐王府的地盤再度擴大。然後在沐劍聲的命令下，由劉國軒、曾養性和陳近南進行主持，兩家軍隊重新進行了混編，裁撤了數千的老兵，然後以劉一舟為主將，白文選高佑民為副將，率領一萬陸軍和三千水師駐守福州;以劉國軒為主將，曾養性劉進忠為副將，率領三萬大軍展開對附近各縣的攻略，很快佔領了邵武、建州、三明、寧化、泰寧等州縣，與駐守在閩北仙霞嶺的傑書所部五萬大軍遠遠對峙。

　　由於對耿精忠所部的反叛準備不足，缺乏足夠的應對措施，因此康親王吃了一個大虧，本來他是十余萬大軍分據幾處要害，隱隱對耿精忠的包圍圈，時機成熟就可以拿下對方，卻生生被對手逐個擊潰，佔領了幾處要害。數萬清兵敗退數百裡，基本退出了福建，現在在福建僅剩仙霞嶺關隘要衝和壽寧北面的兩處要點進行堅守，雖然在兵力上依舊佔優，但是戰力卻難言必勝，而且由於一路上山路險阻後勤漫長的問題，與對方便利的水運形成對比，戰略態勢已經陷入被動。傑書隨後遭到了康熙的嚴厲申斥，責令他戴罪立功，盡快打通南下的通道，不過此時清兵新敗，毫無戰心，傑書只能固守自保。

　　此戰之後，明軍一方基本收復了福建絕大部分地盤，消除了對方對於台灣和閩南各地的威脅，而且所佔地域再次增加六府三十余縣，人口增加百余萬，這樣王府總的控制人口已經突破千萬，而軍隊數量也達到了二十四萬余人，進一步接近了對手。

　　在此番大戰進行的同時，盤踞福建多年的耿精忠隨後也離開南平，攜家屬隨艦隊前往廣州覲見監國，並且同時給朝廷獻上了價值二百多萬兩的各項供奉，以示誠心歸附。同時為了保住其余的私財，他又花費了近百萬兩的財物，和原本在福建境內的大部分不動產， 向朝廷各個要員都予以進獻。

　　不得不說，耿精忠此人的確夠精明的，而且舍得花費，明知道大家都惦記自家的那些財物，於是就預先花費重金提前都打點到位，堵住大家的嘴巴。這樣他雖然損耗了數百萬兩的資財，但是另外的那些私財卻得以保全，而且還借機把福建境內那些燙手的資產予以了處理，保證了後世子孫十余代的富貴，可謂一舉數得。

　　為了以此人為楷模，隨後經過一番儀式之後，監國大人下詔，以耿精忠獻地、進貢，並且配合明軍大敗清兵有功，赦免了耿精忠及其祖父輩昔日的一系列叛國行徑，另外冊封他本人為越國公，集賢閣學士，外加呂宋留守府副指揮使兼領兵部侍郎銜，同時夫人兒子也皆有蔭賞，全家限期移住呂宋天海城居住，結束了他割據一方的生活。

　　雖然看起來他的損失十分大，而且也退出了爭霸天下的行列，可是卻消除了自家的過往罪名和諸多隱患，還保住了大部分家財，就此成功洗白，一家人此後長享數十輩富貴太平，也算是受益不小。

　　與此同時，其得力部下曾養性被封為順昌伯，領總兵職銜，白文選為順義伯，領副總兵銜，陳夢雷封古田伯，領福州知府，其余文武各人也皆有封賞，而麾下三萬大軍也在經過整編之後，分由各人繼續統帥。就這樣，在整合了原耿部人馬後，沐王府基本上完成了對此前南方各個實力派系的征討和巧取，真正實現了軍政一統，並於隨後繼續結盟吳三桂一方，針對清廷南方各線，展開後續攻勢。