NERV備用總部上方的衛星軌道飛翔著一個使徒，SEELE提早派出了EVA量產機，為了彌補適格者的需求，傀儡系統就派上用場了。　　只是力天使的實力也不是吹的，一舉吞噬了六台量產機，SEELE大驚失色，可好在還剩下三台;只要剩余的使徒按照劇本全滅，人類補完計劃就能開始了。

　　現在SEELE暗中把持著各國NERV分部，配合拷貝版的朗基努斯之槍與不死的生命，以量的優勢力壓聯合國的反對，一意孤行的實施著人類補完計劃。

　　明日香自加持被SEELE滅口後，心情一直不佳，雖然接到了出擊的命令;可明日香無精打采的敷衍了一下;“加持前輩死了，那我還駕駛EVA做什麽?”

　　“明日香，你在說什麽傻話！”

　　“美裡小姐，你不介意嗎?”

　　“行了，別再沉迷於過去了，你現在應該出擊保護NERV與第三新東京市。”

　　明日香只能點頭同意了，“我，明白……”

　　二號機被彈射到了地面，可鳥天使卻什麽也不做，繼續在衛星軌道上飛翔著……

　　“還是不行嗎?”

　　“同步率幾乎才剛剛合格，加持的死對明日香打擊好像太大了。”赤木律子擔憂的說道，再這樣下去，明日香會失去駕駛二號機的資格。

　　“都怪SEELE，要不是為了他們，加持也不會冒險去偷NERV的軍事情報！”葛城美裡一時氣不過，一拳打在了牆壁上。

　　“真嗣，去支援明日香，現在她根本不是使徒的對手！”

　　“明白！”真嗣的初號機也被彈射到了地面上，明日香見到初號機，精神更加萎靡了;“覺得我沒用了嗎?”

　　“不是這樣的，明日香！”

　　“那為何你來援助我?”

　　在衛星軌道的鳥天使突然行動了起來，發出了詭異的光線。

　　“哇啊啊啊！”“怎麽回事，不要！”

　　“是精神汙染！”赤木律子馬上叫停了，“快撤退！”

　　“不要過來！”

　　“母親，不要讓我想起那些事情！”

　　真嗣與明日香的精神開始崩潰，鳥天使的能力屬於非物理性的精神汙染，直接讓適格者精神崩潰！

　　“這樣不行，真嗣與明日香會受不了的！”

　　“幻，該怎麽辦?”

　　“老爸，是時候拿出來了。”

　　“……”老爸陷入了沉思，“真的要拿出來嗎?SEELE明擺著就是故意的……”

　　“你認為還有別的對付方法嗎?”我也無能為力，在大氣層上方的鳥天使，一般常規武器根本打不到他;SEELE故意騙鳥天使進攻NERV也是為了逼迫NERV使用朗基努斯之槍。這是NERV最後的殺招，在毀掉擁有S2機關的四號機後，NERV總部已經沒有能與SEELE對抗的武器了。

　　“麗，去取來……”

　　“嗯……”麗駕駛著零號機，走向了中央教條……

　　在同時，明日香的精神還在被鳥天使汙染中。

　　“媽媽，不要，為什麽要打開我的過去！”

　　“明日香……母親……”真嗣想救明日香，可苦於明日香陷入了過去的痛苦回憶中，動彈不得;初號機也為此被二號機的拖累，無法做出反擊。

　　明日香抱著頭，拚命不想回想起當年的痛苦回憶，她的母親惣流*恭子*齊柏林參與了EVA的計劃，在嘗試與二號機的啟動試驗時，

陷入了與唯一樣的處境;雖然成功被救出，可她卻精神崩潰的把一個布娃娃當成了明日香;不肯承認明日香是她的女兒。最後選擇吊死在了明日香的面前……　　“明日香，你想再度失去你母親嗎?”我在通訊外面罵道。

　　“什麽?”

　　“你想失去駕駛二號機的權限，再度讓你母親成為別人的嗎?”

　　“你懂什麽！”明日香從精神汙染中暫時脫身，道。“你根本不懂……加持前輩死了，我還有什麽駕駛二號機的理由?”

　　“你母親的靈魂就在二號機裡面！”

　　“什麽?”

　　我喘了一口氣道，“EVA的核心材料就是適格者母親的靈魂……”

　　“！”明日香驚呆了，一直被誤認為去世的母親，竟然一直呆在二號機裡面。“你在說什麽?”

　　“明日香，你沒發覺嗎?適格者的母親都無一例外的因為各種理由去世了……”

　　“……”

　　NERV內部頓時安靜下來， 所有人都陰冷的看向赤木律子，作為EVA的研發者，她不可能不知道這件事情。

　　“當時二號機的事故是SEELE造成的，雖然及時救出了你的母親，可愛著你的一部分靈魂卻被二號機吸收了。”

　　這也是為什麽，明日香的母親會錯誤的把布娃娃當成明日香了，她失去了對明日香的印象;在迷茫中選擇了自殺。

　　“母親……”明日香握緊拳頭，“我不會把母親再讓給任何人！”

　　“同步率……達到了百分之八十！”

　　“真嗣，你還撐得在吧?”

　　“嗯！”

　　“你也不想失去你母親吧?”

　　“想都別想！”真嗣大聲反駁道，站了起來。

　　地面上彈射出了零號機，手持著朗基努斯之槍，把槍遞給了二號機。

　　“用這個打敗使徒！”

　　“明白！”“不會浪費的！”明日香與真嗣共同抓住朗基努斯之槍，瞄向了鳥天使的方向……

　　“明日香，真嗣，我們會一直在你們身邊守護你們的……”明日香與真嗣背後出現了加持，還有他們兩位母親的靈魂。

　　“媽媽……”“加持前輩！”

　　“加油……”

　　“嗯！”“明白，真嗣！”

　　初號機與二號機AT立場開到最大，將朗基努斯之槍拋了出去！

　　朗基努斯之槍一擊擊穿了鳥天使的生命之果，順勢被插在了月球的表面上……