時間調整。

　　進入《超夢的逆襲》。

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　　超夢是在一座孤島的研究所裡，由從化石中重新取得的夢幻——一種極為珍稀並一度被認為已經滅絕的神奇寶貝——的DNA創造出來的。超夢對於自己無非是一個試驗產品的觀念感到痛苦並摧毀了實驗室。緊接著它遇到了火箭隊的首領阪木，後者提議超夢為其捕獲神奇寶貝，而作為交換阪木將幫助超夢控制其力量。在接下來的數月裡，超夢不斷被訓練，於阪木的道館中與挑戰者對戰並於野外控制神奇寶貝們以便於火箭隊捕捉。超夢最終意識到阪木無非是將它當作了工具，隨即超夢摧毀了火箭隊總部。在擊敗阪木後，超夢回了它被創造出的島嶼並開始密謀對人類實施報復。

　　同時，小智一行人收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券裡面寫著:‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。好奇的小智一行向新島的神奇寶貝城出發。當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船隻暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也讚同波佳的看法。海男、空男和小甜三人打算搭乘神奇寶貝渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了火箭隊的真面目。小船被大浪打翻，小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓眾人緊捉，向新島遊去。

　　來到新島，超夢揭露了事實:小智一行人和另外三名訓練家超夢被選為“最強的神奇寶貝訓練家”，後者製造了風暴來考驗他們的意志。超夢斥責了他們與各自神奇寶貝的關系，小智和其余訓練家在目睹了超夢出於個人目的綁架了喬伊小姐後使用對超夢進行了挑戰。超夢使用對應的克隆神奇寶貝輕易的打敗了他們，並開始使用特殊的神奇寶貝球對其進行了收服。小智追逐著四處躲避的皮卡丘來到了小島的深處，並發現、摧毀了克隆機器。爆炸使得所有克隆品被釋放，與此同時超夢下令它的神奇寶貝大軍擊敗所有島上的人類。

　　小智出於激憤攻擊了超夢，後者將其推開並打飛，緊接著之前偶爾出現並為超夢所吸引的夢幻救起了小智。此時訓練家們的神奇寶貝們與其克隆品的野蠻戰鬥徹底爆發，但小智的皮卡丘拒絕爭鬥並訴諸於掌擊對手。即使超夢與夢幻厭倦了拉鋸戰，訓練家們仍舊無法容忍這種殘酷無情的暴力。為了速戰速決，超夢和夢幻積聚起所有剩余的力量拚死一搏。但就在他們開火時，小智來到勇敢但絕望地來到場地中央試圖阻止戰鬥。兩者的致命一擊同時命中，小智化為石塊倒地不起。

　　皮卡丘上前試圖喚醒小智。在眾人束手無策之時皮卡丘使用了電擊。多次電擊無果，皮卡丘因力竭不得不停下。意識到小智已逝，皮卡丘同在場的所有神奇寶貝們流下了眼淚。他們的淚水匯聚在小智身上，神奇的治愈力量複蘇了小智。對於重聚欣喜若狂，皮卡丘擁入了小智懷中。每個人都皆大歡喜，小智為救其他神奇寶貝們無私的義舉使超夢頓悟人與神奇寶貝相處的真諦，認識個體出生的方式不同並不意味著高下之分。抹除了所有人的恐怖記憶，它同夢幻、克隆的神奇寶貝們離開了小島。

　　小智一行雲裡霧裡地來到了碼頭。小智望向天空，看到夢幻一閃而過，又重新向夥伴們講起旅行的第一天他遇到傳說中的神奇寶貝的故事。

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　　主線任務:阻止超夢和夢幻的大戰。

　　任務獎勵:超夢/夢幻『心電感應』『精神能量具現化』

　　失敗懲罰:抹殺。

　　支線任務:無。

　　注意:由於宿主使用的是劇場版入場券，劇情結束後立刻到達下一個劇情開始時間。

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　　這部電影……

　　可以說是既逗悶子，又腦殘，又矛盾，又不科學了。

　　完完全是一種典型的侏羅紀公園式的劇情，一群科學家們成功通過DNA的工程手段復活了一種已經滅絕的神奇寶貝(夢幻)。但是，不滿足於此，科學家們們將其製作得格外智能、強壯。超夢對於僅僅是個實驗製品心懷怨憤，最終爆發並製作出自己的克隆神奇寶貝們……當小智一行被邀請與會後，便嘗試著阻止超夢攻佔地球。當然，最終矛盾雙方認識到了暴力是錯誤的。即使是想做壞人的喵喵也變成了哲人——這使得不少觀眾對此惡心不已。在這一點上，超夢的逆襲顯得尤其矛盾。反暴力的的主題讓觀眾們直接反思了神奇寶貝系列的中心——

　　坦率地說——

　　鬥雞般的虛構的神奇寶貝對戰， 打來打去，死了一個又一個。。。

　　超夢自身便是個矛盾:超夢想要結束被人類所訓練神奇寶貝們與人類不平等的現狀，卻又指責小智沒有訓練好自己的神奇寶貝。

　　皮卡丘和和小智亦是如此:明明說要打敗對手，證明本體是最強大的，可皮卡丘卻是“打不還手，挨罵只是一聲‘皮-卡-丘-’。”

　　不過，如果能忍受有些陳詞濫調的情節主線和緩慢的劇情節奏，《超夢的逆襲》是一個對於沒有看過傳統動畫影片製作的觀眾們來說不可多得的經歷，劇情如果哲學的來看，還是很有教育意義的。

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　　索爾整個人都沐浴在白光中，身後六顆彩色的求道玉慢慢的旋轉著，六道模式，自動開啟了。

　　正當索爾在想這是那裡時，一陣心電感應穿到了索爾的大腦裡:

　　“新生的神靈啊……”

　　“醒來吧……”

　　“以吾創世神之神名……”

　　“汝將成為『自然之神』，掌控自然天氣……”

　　“汝將製衡『時間之神』、『空間之神』、『反轉之神』的關系……”

　　阿爾宙斯?！！！