時間轉換:《洛奇亞的爆誕》

　　神奇寶貝收藏家吉爾露太為了實現一則有關傳說中的神奇寶貝的預言，試圖捕獲火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥以最終捕捉到“海之神”洛奇亞。吉爾露太乘坐氣墊船向著橘子群島的核心進發並成功捕捉了火焰鳥，但神鳥為了平衡勢力范圍引起了世界范圍內氣候的崩潰，導致了全球范圍內災難天氣的出現。小智一行被困在風暴中並被衝上地處橘子群島中心的亞西亞島。得知島上的大型慶典即將開始，小智被慶典聖女—一個名叫芙蘆拉的女孩，選為“指揮者”。

　　在慶典宴會上，芙蘆拉告知小智他必須到三聖鳥的島嶼分別取回三個玻璃球，並將它們帶回到河馬王守護的亞西亞島神廟，芙蘆拉則會在那裡奏響慶典音樂——事實上是洛奇亞之歌。小智隨即同焦慮的皮卡丘一道出發。被小美船長帶到火之島後，找到了火焰鳥的寶藏，但被火箭隊所干擾。小霞、小建和芙蘆拉承小美的多用船到達，閃電鳥緊隨其後試圖征服小島。吉爾露太出現誘捕了閃電鳥，並誤捉了小智一行人。與此同時，大木博士、內木博士和小智的母親花子乘直升機趕往亞西亞島，但是他們最終於小島上失控墜落。吉爾露太釋放了小智一行並試圖捕捉急凍鳥，卻在執行時意外地喚醒了洛奇亞。同時，小智一行設法放出了火焰鳥和閃電鳥並使氣墊船墜落。

　　之後，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥發起了戰鬥，釋放出自身所有的能量試圖摧毀對方。小智一行人設法脫險的過程中得到了閃電鳥的寶藏，並被一股洛奇亞帶起的神秘的水流帶回了亞西亞島。洛奇亞試圖隻身中斷爭鬥，但卻為三隻神鳥聯合起來的實力所壓製。洛奇亞通過心靈感應，指明三神鳥的戰鬥與惡劣天氣都可以被“指揮者”——小智——所終止。小智同意趕往冰之島以取回最後的寶藏，但他的去路卻被三神鳥阻斷。火箭隊乘著——由廢品和報廢的直升機螺旋槳改裝成的——衝鋒舟趕到，希望能夠通過拯救世界來繼續他們的惡行。一行人衝上了急凍鳥的神廟並取回了寶藏，但在他們動身趕回之前三神鳥出現了。閃電鳥破壞了衝鋒舟，小智目睹了急凍鳥被閃電鳥和火焰鳥重創。洛奇亞救起了小智和皮卡丘，而火箭隊在意識到他們在拖後腿之後毅然決定跳海。吉爾露太試圖捕捉洛奇亞，但洛奇亞使用了空氣爆炸擊毀了氣墊船並在墜海前拋出了小智與皮卡丘。

　　小霞和小建救出了小智與皮卡丘。

　　二人冒險前往神廟並將最後的寶藏與先前的寶藏放到一起。芙蘆拉奏響了洛奇亞之歌，結束了颶風和三鳥的爭鬥。洛奇亞從海中升起，並帶起了引起氣候巨變的洋流。稍後，三鳥回到了各自的島嶼，在對小智道謝後洛奇亞離開了。花子與兩位博士趕到，前者目睹了兒子所做的一切並告誡他要更加小心，小智一一遵從。火箭隊一天后來到了島嶼上，他們被河馬王告知觀眾們看到了他們的義舉。三人開始審視改變他們的所做所為。

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　　主線任務:從根本上解決三神鳥的暴亂。

　　任務獎勵:三神鳥/海之神的力量。

　　失敗懲罰:抹殺。

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　　其實很簡單嗎！

　　索爾去三神島，拿到了三樣祭品(寶珠)。

　　完事具備，只欠小智了！

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　　飛船裡。

　　籠子裡的少女看向石碑:“那是……火之神，雷之神，冰之神，神聖不可侵犯……”(碑文)

　　一個大叔從屋頂上一點點降了下來:“你們是頭一批沒有接到邀請函就來這裡的人，覺得怎樣啊?火之神—火焰鳥，雷之神—閃電鳥，這些都是我的新收藏品。”

　　同樣在籠中的兩隻巨鳥淒慘的哀鳴，印證了他的話。

　　……

　　“急凍鳥開始移動了。”

　　“冰之神，果然也出來了！”

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　　氣象變得很詭異，天降大雪！

　　“發生深層海流逆變的中心點，距推測應該是在橘子群島附近的亞西亞島，另外，不知道為了什麽原因，全世界的神奇寶貝都以亞西亞島為目標開始移動了。水系神奇寶貝在大海中移動，無法游泳的神奇寶貝全部集中在最靠近亞西亞島的岸邊了，對於這些異象，現在我們要請問大木博士與內木博士的意見。”

　　說著，記者把話筒遞給了叫做大木的博士。

　　“亞西亞島有個傳說，據傳火之神，雷之神，冰之神，都住在那裡。如果以科學的方法來分析，被稱為冰之神的某種力量讓海面凍結的話，被稱為火之神的某種生命就來融化冰塊，這是在海底深處誕生海流的原因。然後呢，被攪拌的海水中雷之神的電氣又發揮了作用，於是變製造出蛋白質這個生命的根源了！”

　　記者奇怪的問到:“啊?請問這些有什麽意義呢?”

　　大木博士用筆在草紙上畫圖:“總而言之，三種神明的力量均衡的互相作用，而創造出這顆星球的生命。”

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　　祭壇。

　　“傷腦筋耶，沒有出現優秀的控制者的話是沒有辦法平息眾神的憤怒的。 ”

　　小智說:“可是寶藏都不見了啊！”

　　遠處，一陣暴雪飄了過來“你是說這些吧?”

　　暴雪聚成了索爾的身影。索爾將三顆寶石放進祭壇，它們放出紅色，黃色和藍色的光芒。光芒又匯成的綠色，地面突然出現了發著綠光的魔法陣！綠色的水把祭台變成了水晶，伴隨這悠揚的笛聲，天已晴，綠色席卷而來，風雪不再！

　　重傷的海之神又出現了，三神鳥的怒氣亦是平息。

　　海浪翻湧，一道水橋連接天邊！

　　彼岸，花開！

　　海之神暗暗的想到:“只要這個星球能變得幸福，但願我能永遠當個傳說中的存在！”

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　　回歸時。

　　【是否回歸?】

　　“是！”

　　【系統檢測到『創世石板』有製約之力，正在將宿主帶去《超克時空》，是否前去?】

　　“否！！馬上回歸！！”索爾真心不敢去，萬一他們直接改歷史怎麽辦?！創世神差點被歷史改寫給弄死！

　　【由於宿主逃避了一個主線劇情，系統默認生成模擬世界《暮光之城》，宿主必須經歷，如果放棄，則只能選擇去《超克時空》】

　　【主線任務獎勵已發到，開始生成位面……】