繼續旅行的小智三人，在一座島上休整一下，小智還換了個神奇寶貝，然後又在海上認識了開船旅行的小美，並且受到小美的邀請，來到船上，繼續旅行，朝下一個小島前進。

　　“今天天氣真好啊，大家都出來吧。”上到船上後，小霞把神奇寶貝們放出來，大家都到水裡去玩了，當然旱鴨子可達鴨還是只能在船上看著。

　　不過好景不長，突然前方出現了大片的黑雲，而皮卡丘謹慎的看著那些黑雲，兩個臉頰也開始出現電火花。

　　“皮卡丘，你也感覺到了嗎?”小智摸了摸皮卡丘，皮卡丘對著小智點了點頭。

　　“不用擔心，這一切都都有我。”小智抱起皮卡丘開始收回神奇寶貝，小霞也收回她的神奇寶貝。

　　海上開始出現風浪，船也因此劇烈的搖晃，小霞也抱緊波克比，大家只能抱著欄杆，不知道船會飄往何處。不過小智心裡已經大概知道怎麽回事了，劇情要來臨了。而與此同時，世界各地也出現了各種不同尋常的天氣情況，也引起了各類人士的關注。

　　等穩住船後，他們已經來到了目的地，小美在船的上方，看著遠方說道，“亞細亞島，橘子群島海域的盡頭。”

　　“洛奇亞，不知道洛奇亞知不知道項鏈的來歷，畢竟海裡突然出現那麽巨大的快龍，它應該不會不知道吧。”聽到小美的話，小智心裡想到，手放倒項鏈的那個位置上。然後在水流的帶領下，大家上了亞細亞島。

　　“終於得救了，也許是我們運氣好吧。”從船上下來後，小霞就稍微平複了心情的說。

　　“真的得救了嗎?”不過這時小建發現了他們遠方出現了許多的帶著奇怪鳥面具的人，嚇了一跳。

　　“這不是小美嗎?”這時其中一個人一邊說著一邊把面具摘了下來，是一個女人，而且認識小美。

　　“哎呀，是小優啊”，而小美也認識那個女人，原來是叫做小優，“從曼陀林分校分別後，算起來有五年沒見了呢，不過，那種打扮是什麽啊！”隨後小美又問小優說。

　　“祭典啦，從今天起，島上會有祭典舉行。”小優回答說。

　　“小優，你還是當祭典上吹笛子的女巫嗎?”小美一聽小優的話，就知道了還是以前的祭典，而且小優是充當吹笛子的女巫。

　　“引退了，我現在也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹擔任了。”不過小優則是說她不再是祭典女孩了。

　　“什麽妹妹，誰是祭典女孩了，我當姐姐的妹妹真是不幸。”然後就看到遠方出現了一個女孩子，不過穿著很現代，而且還帶著一幅墨鏡，和四周的人群看起來有超時代的畫面。

　　“那是什麽打扮，祭典用的衣服呢”，而姐姐小優也看著妹妹的衣服不太認同，看來這姐妹倆有點分歧。

　　“我才不要穿那麽老土的衣服呢，而且祭典是從傍晚才開始的。”而妹妹吐了吐舌頭，然後回答說。

　　“真是沒辦法，小美，這是我的妹妹芙蘿拉，這樣也能當巫女，是祭典的主角，時代真是變了。”小優向大家解釋了妹妹後，又吐槽了一下，“這幾位是?”隨後小優看到了小智三人，於是問道。

　　“哦，他們是神奇寶貝訓練家。”小美介紹說。

　　“神奇寶貝訓練家，喔——喔——太好了。”聽了小美的話，大家都激動的歡呼起來，弄的小霞和小建一頭霧水，而小智則是知道原因，看來又要當勇者拯救世界了。奇怪，為什麽要說“又”呢?

　　“傳說中，跟著世界的毀滅，海之神出現，並與優秀的指揮者一起平息諸神的憤怒，指揮者，也就是訓練家，你就是那個訓練家，這是慣例。”而後從人群中走出來一位老爺爺，並且一邊說著，最後指著小智說他是那個訓練家，也就是指揮者。

　　“你是神奇寶貝訓練家?”這時，芙蘿拉也走了過來，打量著小智。

　　“你好，我叫做小智”，小智自我介紹說。

　　“哎呀，伊布和皮卡丘看起來都很不錯，不管了，按照慣例，親一個，這是歡迎之吻。”而芙蘿拉聽了小智的話後就要親過來。

　　“哎哎哎，等一下”，而小智看著馬上要親過來的芙蘿拉，立刻就慌了起來，雖然瑟蕾娜不在這裡，不過被她知道會吃醋的，不過還是被芙蘿拉在臉上輕輕點一下。話說，小建，你拿著紙和筆在畫什麽，等一下一定要拿給我看看。

　　“等等，這是什麽慣例啊~”小霞這時才反應過來了，迅速走上前去，擋在小智面前，對芙蘿拉說道。

　　“這個……小智，你妹妹?”芙蘿拉不解問道。

　　“鬼才是。”小霞馬上反駁。

　　“那是你女朋友嗎?”

　　“鬼才是。”

　　“那你管那麽多幹嘛，算了，反正已經和小智確立關系了，其它的都不重要了。”芙蘿拉看著故意在小霞面前對著小智拋了個媚眼，然後帶上她的墨鏡。而小霞氣的咬牙切齒，但又不好意思那麽多人面前發脾氣，破壞自己淑女形象。

　　“來，祭典開始了。”老爺爺這時宣布祭典活動開始了，而小智他們也隨著人群加入了祭典當中。

　　“這邊的祭典真的不錯啊！”跟著祭典活動了一會兒後，小智他坐在一旁大吃特吃，而在它一旁的神奇寶貝也加入戰局，小智對它們說等一下會有很麻煩的戰鬥，現在它們都在養精蓄銳。

　　“是啊！”小霞也慢慢融入慶典了。

　　“是那個女孩，我看出來了”。突然傳出一陣悅耳的笛聲，而後前方的平台上出現了一位女孩，頭戴白紗，一邊跳著舞一邊吹著笛子，很是夢幻，而小建則是說道。

　　但笛聲響起的時候，小智的項鏈發出微弱的光芒，這點小智他的注意力被芙蘿拉吸引了，沒有發現，而在不遠的深海裡，一個黑影卻突然睜開雙眼。

　　“真的很漂亮。”小智讚美一句，不過下一句卻是“真的是同一個人嗎?”

　　“天地憤怒，世界即將毀滅之際，海之神出現，與優秀的指揮者一同平息諸神的憤怒，小智大人，如果你真是那個優秀的指揮者的話，就請給我們看證據吧，到近海的三個島上拿到三個寶物，然後放到島上的祭壇上，然後由我來向眾神吹奏奉獻之笛，這樣就結束了。”芙蘿拉跳完舞後就走到小智他們面前並且對小智說。

　　“那寶物在哪裡?”小智故意問道。

　　“在各個島上的神社中”，芙蘿拉一邊吃著一個水果一邊回答說，“而且到島上去有船，而且到神社上還有樓梯，很簡單的。”芙蘿拉又解釋了一番，看來歷年來的祭典都很簡單，不過小智想說今年可是不一樣的。

　　“那我們現在就出發吧。”小智想到這件事情越早處理越好，於是想要現在就出發。

　　“不用著急，祭典要持續到明天，明天早上再去也來的及，放輕松。”而芙蘿拉則是覺得事情很簡單，不需急著去。

　　“還是現在去吧，早點結束比較好，今天的事今天完成。小霞，你們就待在這裡等我的好消息吧。”而小智則是堅持自己的想法，收起神奇寶貝，帶著皮卡丘和伊布就出去了。

　　“啊，小智，等等…”小霞還沒說完，小智便離開了他們的視線。

　　“船我來開吧，我送小智先去火之島。”小美這時也跑了出去，說要載小智過去。

　　可惜，船剛到一半，海上就起了風浪，這讓小智有點進退兩難。

　　而就在此同時，大木博士研究所，“橘子群島?小智他們現在旅行的地方?如果發生危險，小智一定又會去獨自面對。”聽了新聞說是橘子群島的海底洋流發生了變化後，小智的媽媽擔心的說。而後大木博士也接到了內木博士的電話，說橘子群島的神奇寶貝們也發生了異動。

　　“終於到岸了”經過了一路的顛簸後，終於可以說是“平安”的抵達了火之島，不過你們把眼睛裡的蚊香去掉那就真的平安到達。

　　“船長在這裡等我吧。”小智說了一聲後，然後帶著皮卡丘和伊布就朝神社跑去。

　　“這個應該就是寶物了，時間緊迫，我還是快點離開好了。”到神社的路上可以說是比較的安全，沒有發生什麽事情，而後就看到前面一個建築物裡有一個紅色的發光的珠子，小智看著它自言自語的說到。

　　當小智走上前去，奮力的把珠子拿了下來，而後就看到紅色珠子裡好像有一股火焰的燃燒，拿起來感覺很溫暖，小智也沒管那麽多，收起來就想要去下一個島拿其他的寶物。

　　不過離開的時候又遇到攔路虎…

　　“…………(火箭隊經典台詞)。”

　　“火箭隊，我今天很忙，我忙著呢拯救世界，沒時間和你們耗。”小智知道今天拖越久就會越麻煩，所以沒有時間浪費在火箭隊身上。

　　“你拯救世界關我什麽事我們是壞人，今天天氣很不好，不過趁著現在趕緊把皮卡丘交出來，我就放你過去。”武藏則還是想要抓皮丘。

　　“等一下你們的對手是我們，小智，你快去別的島吧，這裡我來幫你擋住。”這是芙蘿拉和小霞他們跑了過來，擋在了火箭隊面前。

　　“小霞，小建，還有芙蘿拉，你們怎麽來了。”小智問道。

　　“因為…”小霞還沒有解釋完，又出現意外了。

　　‘呲呲呲呲啦~~’，不過就在這時突然有了這樣的聲音，而且大量的閃電襲來，閃電到處的肆虐。

　　“那是?”對於隨後出現的冒著閃電的黃色大鳥，小霞非常的好奇。

　　“閃電鳥，電系和飛行系的神奇寶貝，同樣的，也是傳說中的神奇寶貝，它來了。”小智嚴肅的看著閃電鳥，他現在還沒有打敗閃電鳥的實力。而與此同時，閃電鳥也停在了神社上，身體四周發出大量的電流，而本來的火山口也全部被電流而改變了。

　　“怎麽回事?”小霞感到自己好像有點飄起來的感覺，很是擔憂。

　　“是電氣場地，它在改變這裡的場地屬性。”小智說到。。

　　“原來如此啊喵”，喵喵在旁邊也隨後說道。