自從肯泰羅加入後，小智的神奇寶貝都叫苦連天，肯泰羅之前每天的日常生活鍛煉都讓它們拖了層皮。例如和肯泰羅比力氣，被肯泰羅撞飛;和肯泰羅賽跑，被肯泰羅拖著到處走，等等…它們有點羨慕被送到大木博士裡的大針蜂。

　　而大針蜂也給大木博士帶來了煩，第一天到這裡，就把研究所裡所有神奇寶貝挑了個邊，那慘烈讓大木博士根本忙不過來，最後派出了自己的神奇寶貝才壓住大針蜂。原本以為大針蜂會收斂一些，沒想到大針蜂不在找那些的麻煩，反而找上了他，幾乎天天來挑戰大木博士的神奇寶貝，今天倒下了，明天好了繼續來，不厭其煩。

　　這天，小智等人在旅行途中，順路來到了黑暗市，可是這個城市大白天的一個人也沒有。

　　“不太對耶，大白天的，為什麽一個人影也沒看見呢，真的好奇怪，連商店都沒開?”走在路上，小剛一邊看著四周一邊說道。

　　突然從屋頂有人對著他們扔下了幾塊石子。“小心。”小智馬上擋在了他們面前，石子全都打在了小智背上。

　　“小智”*3大家看到小智被攻擊，馬上過去跑過去檢查，瑟蕾娜都在小智背上摸了摸，看到沒事後才疏了口氣。

　　“沒事，沒事。”在神奇寶貝世界所有人的體質非常強，挨個十萬伏特都沒事，火箭隊就是最有代表性的例子。

　　“皮卡~”╰_╯╬，看到小智被石子擊中，皮卡丘表示很生氣，它用電流擊中後屋頂扔石頭的人，看到有三個小孩子從屋頂掉了下來。

　　“啊，是小孩子耶~”看到孩子掉下來後，小剛很吃驚的說道。

　　“你們怎麽可以隨便對我們丟石頭。”小霞很生氣，雖然還只是三個孩子，到這樣做本身就是不對的。

　　“你們不是神奇寶貝訓練家嗎?”其中一個不太友好的說道。

　　“是啊，我是真新鎮的小智，你們為什麽攻擊我們?”小智雖然知道這裡的人討厭神奇寶貝訓練家，所有對他們的行為表示理解，不過這是作死的行為，不是所有訓練家都像小智遇到的那麽好脾氣。

　　“我是小剛。”“我是小霞。”“我是瑟蕾娜。”其他人都做了自我介紹。

　　“啊，好痛啊”，不過這時她和小剛的頭被其中的一個孩子拿著棍子打到了，而瑟蕾娜則被現在抱在懷裡，再次受了兩棍。

　　“小智…”瑟蕾娜看到小智又為自己擋下攻擊，心疼的眼淚都快掉下來了。

　　“我沒事，瑟蕾娜。”小智連忙安慰瑟蕾娜。

　　“不管是你是不是訓練家，帶著神奇寶貝，我們就討厭”，一個孩子說道。

　　“神奇寶貝哪裡不好了。”這次小智有點火了，無緣無故的攻擊他們，還說神奇寶貝的壞話，皮卡丘則黑著臉，雖然想要放大招的樣子。

　　“請等一下。”就在這時，一個大叔出現了，“對不起，這些孩子好像對你們製造困擾了，你們到我家來一下好不好?讓我好好的向你們道個歉。”大叔抱歉的說，並且邀請小智、小霞和小剛去他家。見大叔都那麽誠心誠意了，小智他們也不好意思生氣，在不遠處，一個黑衣人正注視著小智一行人。

　　到了大叔家後，從大叔口裡知道了，為了成為神奇寶貝聯盟正式承認的道館，這裡的亞斯道館和卡茲道館聘請旅行的神奇寶貝訓練家當打手，一有事情就不分場合的搞起神奇寶貝決鬥。小霞她們了解後對那群孩子的行為諒解了一些，而皮卡丘也被小智拿出的番茄醬安靜了下來。

　　而就在小智等人吃東西的時候，外面傳來一陣騷動，“是亞斯道館和卡茲道館之間的小鬥爭，你們幾個趕快躲到二樓去吧，如果被卷入鬥爭的，那就糟糕了。”大叔趕緊解釋道。

　　“他們常常這個樣子嗎?”到二樓後，看著下面亞斯道館和卡茲道館不斷地大家，而且四周的房屋也受到了波及，小剛對三個孩子說道，不過得到的答案則是肯定的。

　　“他們這樣子不算神奇寶貝決鬥，只是打群架啊，他們是不是對神奇寶貝訓練家的定義有什麽誤解啊。”小霞也說道，並且心裡很是難受。

　　“我去阻止他們，小剛，你保護瑟蕾娜和小霞”小智看著外面的打鬥，直接跳了下去。

　　“不行啊，太危險了。”大叔聽了小智的話後立刻擔心的說。

　　“沒事的，小智可是很強的。”小剛自信說道。雖然小智經常一個人面對危險，但每一次都成功化解危機，所有大家對小智的實力還是很放心，他們也想為小智分擔，但實力不夠，只能努力訓練，希望有一天能真正幫上小智。

　　剛出來就看到電擊獸把攻向它的亞斯道館的神奇寶貝全部打倒了，而飛天螳螂也用一字斬打敗了卡茲道館的人。

　　“全體成員都出來吧，對戰開啟了，盡情發泄吧。”小智丟出來了六個精靈球，全部一出來就開始動手。比比鳥一個神鳥連續乾翻兩隻神奇寶貝;暴鯉龍破壞死光掃過一條路;妙蛙種子用藤鞭抓住一只在天上甩啊甩;傑尼龜一個火箭頭槌撞到一個;火恐龍抱起一隻神奇寶貝就用力一摔，肯泰羅又到處亂撞。

　　“你們是什麽人?”亞斯和卡茲道館的館主看到小智派出的神奇寶貝真在虐他的手下，於是問道。

　　“來教育你們的人。”小智立刻說道，“皮卡丘，十萬伏特，暴鯉龍，使水炮。”皮卡丘直接將飛天螳螂電成焦炭，暴鯉龍用水炮把電擊獸打飛掛在牆上。電擊獸和飛天螳螂還沒反應過來就領便當去了。

　　“啊，電擊獸(飛天螳螂)，可惡，都給我上。”，收回了電擊獸和飛天螳螂後，那兩個道館的館主指撿起一根木棍對著小智說道，不過卻沒有人回應他們，等他們回頭一看，站著的只有小智的神奇寶貝，地上躺著的都是他們的神奇寶貝。

　　“等一下。 ”這時，出現了一位穿著長長風衣，帶著口罩的人。

　　“什麽，你是什麽人?”兩個道館的館主則是說道。

　　“我就是神奇寶貝聯盟派過來的正義的檢查官，去吧，我的神奇寶貝球。”這個神秘人則是拿出一個寶貝球後說道。

　　“是吉利蛋耶，這就表示是……”，看到放出的吉利蛋，小剛說道。

　　“沒錯，我的真實身份是喬伊，只會利用神奇寶貝來打架的人所開的道館是絕對不可能獲得神奇寶貝聯盟正式承認的。”神秘人摘掉偽裝後，露出了真面目，原來是喬伊小姐。

　　“怎麽會這樣。”“可不可以請你網開一面啊。”聽了喬伊小姐的話，兩個人沮喪的說道，馬上上前抱住喬伊小姐的腿。(這算吃豆腐嗎)

　　“除非你們將黑暗市恢復原樣，怎麽樣?”喬伊小姐馬上避開，雖然有點厭惡，不過還是保持職責化的微笑著說道。

　　“當然有了，我們馬上動手。”他們趕緊表態的說。“不過能不能先恢復下我們的神奇寶貝。兩個人都不好意思的騷了騷頭。

　　喬伊小姐看了看滿地受傷的神奇寶貝，一副幽怨的表情看著小智。小智把頭轉向別處，一副表示我什麽都不知道，在一旁不負責任吹著口哨。

　　事情終於結束了，小智他們也幫忙救助那些神奇寶貝，等完成後就告別了喬伊小姐，離開了黑暗市，又繼續前進了。