敵軍指揮部在人工島中心位置，敵軍指揮部在一個敵軍要塞中，四周的城牆上密密麻麻都是悍不畏死的叛軍，一路上正規軍聯盟剿滅了所有叛軍，不過精神狀態異常狂熱的叛軍給正規軍聯盟造成巨大傷亡，到達叛軍指揮中心要塞的時候正規軍聯盟的登陸部隊已經傷亡超過50%，等到寧享文和塔瑪趕到，要塞的圍牆已經被破開，正規軍聯盟的軍隊跟叛軍在缺口處廝殺，這一處缺口變成了活生生的絞肉機，攪碎無數鮮活的生命，通過對講機寧享文和塔瑪聯系上了馬爾克，得知馬爾克和菲奧哉勒米(FIO)帶著新星戰隊突入敵軍指揮部，現在正跟假冒的摩登元帥作戰，寧享文和塔瑪兩人加入外圍的正規軍聯盟陣地開始與叛軍交戰，塔瑪所駕駛的戰鬥機器人飛速飛上城頭，開始碾壓叛軍。

　　寧享文啟動合金彈頭的遠程炮擊模式，從兩側履帶射出四根手臂粗的合金支架插入地底，炮管開始變長，炮台也發生變化，炮彈也換成了威力更高的高爆炮彈，寧享文開始遠程炮擊，叛軍火力漸漸被壓製住，20分鍾之後要塞圍牆被摧毀，但是正規軍聯盟也只剩下20%的部隊，現在只剩下BOSS冒牌摩登元帥了，臨近戰場，遠遠望去一艘巨大的戰鬥飛機正在瘋狂的傾泄著火力，地面上的馬爾克和新星戰隊情況很不好，12個人只剩下3名作戰人員，好幾架被摧毀的合金彈頭和戰鬥機器人冒著濃厚的黑煙在那一動不動，到處是狼藉的硝煙，天上的正規軍聯盟的飛機時不時就被擊落，拖著濃濃的黑煙和尾焰墜毀在地面上發生爆炸，那艘巨型戰鬥飛機就是遊戲裡摩登元帥的座駕，不過眼前的這個起碼比遊戲裡的要大上兩個號，鋪天蓋地的導彈和子彈被被射了出來，不過巨型飛機也沒討著好，機身上滿是被炸出的洞眼，似乎也已經岌岌可危了，在後續的正規軍加入戰場10分鍾後，巨型飛機就墜毀了，因為飛機飛的得不是很高，墜毀之後並沒有劇烈的爆炸，隻是摔成一堆廢鐵，見到最後的boss被乾掉，全軍上下歡呼了起來，體力消耗巨大的馬克癱坐在駕駛艙中，對著寧享文和塔瑪必出一個剪刀手，臉上掛著開心的笑容，唯獨一人一人卻是一點都笑不出來，那就是寧享文，寧享文隱隱約約的擔憂，知道後續劇情的寧享文可笑不出來，按道理來說這是合金彈頭1的世界，現階段的最終boss應該就是摩登元帥了，可是劇情已經改變了，真正的摩登元帥現在正在後方的新星戰隊的手裡控制著，那麽原來的劇情已經不適用了。

　　突然一道白色的光柱從天而降籠罩著墜毀的巨型飛機，飛機的碎片慢慢上升漂浮了起來，冒牌摩登元帥被吸了出來，在白光中冒牌摩登元帥的衣物和皮膚慢慢的一點點破碎，露出一個巨大的腦袋，巨大腦袋下面長著十幾根類似章魚沒有吸盤的觸須，火星人！！！！火星人順著光柱往上飛，一架中型火星人飛船從烏雲中穿透而出，看著比合金彈頭3中的巨型飛船要小一號，歡呼中的軍隊頓時停了下來，而在戰艦上的總指揮官看見前線傳來的全息影像迅速做出反應:各部隊注意，火星人來襲，火星人來襲，全部戰力給我集中摧毀火星人的飛船。本來以已經快要寂靜的戰場又咆哮了起來，頓時戰場上的所有火力轉向。對著火星人飛船開火，炮火打在光柱上炸出一朵朵燦爛的火光，卻打不穿光柱，隻能眼睜睜看著光柱中的火星人被吸進飛船，然後飛船裡噴射出許多的膠囊形狀小型飛行器，每個小型飛行器裡面都裝著一個火星人，戰鬥全面爆發，小型飛行機對上了正規軍聯盟的飛機群，火星人飛船也發生了變化，從原來光柱射出的艙口緩緩伸出了一個巨大的閃電炮，巨大的電花在炮口處凝結，蓄滿能量的閃電炮發出的閃電一瞬間擊中地面的一輛合金彈頭，然後巨大的閃電就像雷神宙斯手中的雷電權杖一個橫劃，在地面拉出一道巨大的深溝溝，閃電所過之處，所有東西被氣化和熔化，地面的深溝裡充滿了流動的岩漿，散發著高熱，寧享文在軍用頻道裡狂喊，快打電閃炮，閃電炮連著飛船的動力系統，閃電炮是弱點，戰場上馬上發生了變化，原本松散的火力一下子集中了起來，全部集火閃電炮，火星人飛船的閃電炮再次開始蓄能，巨大的電花又出現在閃電炮前段，子彈和炮彈打在電磁炮上，還沒等接觸，就被閃電熔化了，金屬子彈基本沒什麽卵用，但是導彈卻頗有成效，被閃電熔化的導彈發生劇烈的爆炸，一顆導彈的爆炸對電磁炮的影響不是很大，但是連續不斷的爆炸給電磁炮帶來了巨大的負荷，第二次的閃電炮打歪了，巨大的閃電記在一處空地上劃出一道深深的紅色溝壑，隻有一個倒霉的士兵躲避不及被閃電直接氣化，閃電炮剛剛發射完畢，還有那麽幾秒的冷卻時間，沒了閃電的保護，閃電炮的主體完全暴露在了正規軍聯盟的炮火之下，子彈和導彈接踵而至，炸的閃電炮瘋狂顫動，幾秒之後，閃電炮上又開始凝聚閃電，同時飛船打開了6個小口，裡面又飛出大量的膠囊飛行器，膠囊飛行器上不斷發射出一道道激光，頓時地面部隊的攻勢被打亂。

　　總指揮艾多元帥馬上指揮分出一半兵力與那些膠囊飛行器對戰，閃電炮受到的壓力劇減，準頭又回來了，一道閃電下去又是大片的正規軍聯盟的士兵被氣化，閃電跑再次進入冷卻。

　　這時軍方的通訊頻道傳來艾多元帥的聲音:全體合金彈頭和飛行075注意，換上A.P穿透炮彈，給我瞄準火星人的閃電炮狠狠打！寧享文發現面前的操作台上原來暗著的A.P按鈕亮了起來，屏幕上顯示A.P炮彈數量:3看來這是軍方為合金彈頭系列配置的特殊武器了，寧享文將火星人飛船的閃電炮套進瞄準器，按下了發射按鈕，碰的一聲巨響，寧享文所操作的合金彈頭被巨大反衝力向後推出四五米遠，數十發A.P炮彈幾乎是同時擊中火星人飛船的閃電炮，連成一連串的爆炸，爆炸過後，火星人飛船的閃電炮被炸成了麻花形狀，炮身上有一道道小裂縫，通過裂縫依稀能看見閃電炮內部炸出點點火花，在眾人以為火星人飛船的閃電炮已經被打壞的時候，突然已經成了麻花的閃電炮上面通體聚集了大量的閃電，並且越來越多，幾乎成了一個小太陽，電光球不斷的膨脹，最後似乎達到了極限，閃電求化成十幾根巨大的閃電劈向地面，將地面切割的支離破碎，正規軍聯盟的部隊瞬間被摧毀了大約四分之三。

　　然後過載的閃電炮冒出一股股黑煙就沒了反應，緊接著火星人飛船的引擎聲越來越弱，飛船上的光源也逐漸熄滅，慢慢的往地面墜去，壓塌了地面的建築群，激起漫天的塵土，這時候寧享文正驚魂未定的坐在合金彈頭的駕駛艙裡，確切的說是不完整的駕駛艙，在剛才火星人飛船的閃電炮大爆發中，一道巨大的閃電擦中了寧享文所操作的合金彈頭SV002MS，當時耀眼的閃電幾乎就再眼前，寧享文絕望的發現自己根本無法逃脫，等到反應過來，金色合金彈頭SV002MS的右邊連同駕駛艙生生被汽化了三分之一左右，被汽化的地方，金屬程發亮的紅色，散發著極高的溫度，幸虧當時自己下意識的做了向左蜷縮躲避的姿勢，不然寧享文肯定掛了，等寧享文回了魂之後才發現自己右大腿外側生生沒了一層肉，傷口處一片焦黑，被閃電直接氣化了一層肉。連傷口處都被碳化，隱隱約約可以看見大腿的骨頭，拿出一瓶醫療噴霧。寧享文趕緊處理自己的傷口。

　　天上的戰鬥也快進入尾聲，火星的小型膠囊飛行器看起來小小的，還很Q，但是速度很快，武器的殺傷力明顯比正規軍聯盟的空軍搞一個檔次，往往用2-3架飛機才能拚掉火星人的一個膠囊飛行器，而且在火星人飛行器的小范圍騰挪的速度很快，火星人飛行器數量密集的時候還能用2-3架飛機拚掉一架火星人飛行器，當最後剩下幾十架的時候，戰況卻進入了膠著狀態，正規軍聯盟無法對火星人的膠囊飛行器造成巨大傷害，不過因為地面部隊的戰鬥結束，所以地面部隊也一起聯合攻擊火星人的膠囊飛行器，終於在火星人膠囊飛行器的數量低於10架之後，火星人就開始逃散了，因為飛行速度跟不上，所以正規軍聯盟就沒有追擊，寧享文所乘坐的合金彈頭SV002MS已經報廢，寧享文側躺在地面上大口喘氣，雖然已經用醫療噴霧緊急救治，但是大腿還沒完全的恢復，畢竟肢體上缺少了一大部分，戰鬥已經基本結束。但是火星人的飛船還在那裡，飛船的船身身上冒著濃濃的黑煙，船身四周時不時的發生幾起小爆炸，這時戰場上的工程部隊掃描到了飛船內部還有一些生命活動的痕跡，火星人還沒被完全消滅。

　　寧享文身上的對講器再次傳來艾多元帥的聲音:全體有生力量作戰部隊全部進入火星人的飛船，你們的任務是捕獲火星人，得到它們的科技。 得到來自戰場最高統帥的命令，剩下的有生力量部隊再次開動，紛紛往火星人飛船深處搜索，至於傷員被前來支援的醫療車接走，之前塔瑪受了極重的傷，流了很多的血，雖然用醫療噴霧治療了內傷和外傷，但是失去的血液可補不回來，經過剛才劇烈的戰鬥，塔瑪現在連站著都很勉強了，所以他也被醫療車拖走，準備運回到科特港休養，至於寧享文傷得不重，雖然走路有點問題，但在馬爾克又為其從部隊申請了一輛合金彈頭SV002S之後，寧享文這個半傷殘人士又變成了強力的有生力量。

　　作為駕駛合金彈頭的作戰部隊，寧享文被安排在部隊的最前線，同行的還有5架合金彈頭SV002MS和兩架戰鬥機器人，戰鬥機器人分別是馬爾克和菲奧所駕駛，其他戰鬥機器人已經全部被摧毀，駕駛員也全部陣亡，經過工程部隊的掃描判定，飛船現有的入口分別在飛船的底部很頂部，這兩個方向很對於正規軍聯盟很難進入，所以在勘測出一處飛船防禦的薄弱處，用高爆炸彈炸出了一個入口，前邊的機械部隊陸續進入了飛船，飛船的通道內光線很昏暗，機械部隊紛紛打開照明裝備，昏暗的環境有所改變，在七八盞燈光的照射下，通道內的景觀一覽無余，通道很寬敞，足夠機械部隊兩倍的數量並排行走，通道內壁凹凸不平，仔細一看就跟腸胃的內壁一樣，充滿褶皺和突起，通道內部雖然是金屬製作的，但是看久了也覺得惡心可怖，彷佛身處於某總生物的腸胃之中。