自從越中守護代神保長職在越中滑川一帶被扇谷上杉、府中長尾兩家聯合軍擊敗後兵敗身死之後，越中守護代家的神保氏就此衰滅。但是，神保長職卻留下了一個兒子，即神保長國(神保長職三男)。神保長國自從在神保長職敗亡後便在數名神保家舊臣們的守護下逃至北信濃得到了武田家的庇護後，之後便一直在甲府雌伏著，等待著神保家能夠再興的機會。

　　為了能夠將謙信牽製在北陸道無力出兵南下，武田信玄隻好將神保長國、寺島職定(原越中池田城城主)、山田修理、飯田利忠(原越中井田城城主)、入善彌太郎、松原出羽守、竹木石見守、田原新吾、稻川半太等神保氏、椎名氏等大名、國人領主們的殘黨派往東越中去招攬神保家舊臣、當地地頭武士以及浪人等，並且盡可能的去煽動能登的國人領主、地頭武士們再次發動國人一揆，好讓加賀先方眾順利攻入加賀國牽製柿崎景家。

　　如今，在神保氏一門親族眾之中僅剩下分家庶流的神保長賴(神保慶宗之弟神保總誠之子)、神保長重(神保慶宗之弟神保長茂之子)、神保茂政(神保長重之子)、神保出羽守(神保家一門，神保氏興被殺後便逃至立山躲藏)、神保氏長(神保氏張次子)、神保長利(神保氏張三男)等人還在越中國內過著隱姓埋名的生活。自從神保氏衰滅之後，他們便不敢再拋頭露面，只能迅速躲入深山老林之中保全性命和保留神保氏的血脈。

　　就連原池田城城主寺島職定在神保長職兵敗身死後便帶著家眷逃往武田家領內，此次他也被武田信玄派往東越中去擔任神保長國的後見役。

　　然而，武田信玄這些舉動被謙信麾下的軒轅眾探知，他們迅速將此事告知謙信，使得上杉家及時在東越中與北信濃之間的國境上有了防備。

　　為了不讓神保長國和寺島職定等神保氏殘黨人順利進入東越中策應國人一揆，謙信迅速令上野九兵衛(謙信重臣上野家成同族)、上野彥次郎、上田石見守、松原五郎兵衛直原、小野大學助(原寺崎家家臣)等在北飛彈駐守的越中地頭武士們返回東越中與神保孝續(越中神保家庶流)防備神保家舊臣們發動一揆。而北飛彈則是由城景茂(玉蟲貞茂之子)負責守備。

　　為了避免能登一國再次遭到越中國人一揆的波及，也順便能使得能登國人領主、地頭武士們不會輕易被武田家調略寢反，謙信就讓之前畠山義春(畠山義續之子、畠山義綱之弟、上條政繁養子)迎娶已故長尾政景長女華姬後繼承匠作畠山家家名，並且擔任能登守護代一職讓其入駐城，領有石知行地。

　　神保孝續先前就主動倒向上杉家並且將加賀一向一揆所扶持繼任神保家家督的神保氏興(神保氏則，神保氏張長子)討取。由於之前他並未將神保氏興的首級主動交給朝定或是謙信，故而並未得到領地的賞賜。此次，他得知神保長國即將返回越中的消息後立即來了精神，只要將神保長國討取，那麽越中神保氏的滴流將會徹底斷絕，他將會得到謙信和朝定二人的大量賞賜。

　　與此同時，南部晴政退兵返回其領後，毛利景廣也迅速穩定了高水寺斯波領，將倒向南部家的數名原高水寺斯波家重臣們先後討死。隨後，毛利景廣、齋藤俊氏、押切備前守、寒河江光俊、寒河江廣俊等將便率軍退回了中陸奧進行修整。

　　隨著原奧州探題家高水寺斯波家的臣從，南部家的南下擴張版圖的戰略得到了極大的遏製，

南部家雖然雄踞北陸奧，但是其內部卻並不是鐵板一塊。朝定的打算是暗中拉攏九戶家，使其牽製南部家，必要時給予九戶家大名的身份。　　戰國時期的北陸奧，基本可以說是以南部氏及其一門親族、庶流分家等為代表的你來我往的紛爭。除了南部氏以外，其他都是一些無法過於左右局勢的小勢力，通過合縱連橫和聯姻等方式力爭在亂世中存活。直至津輕為信的出現，使得北奧的戰國時代末期又出現了一抹精彩。

　　說起戰國時代陸奧國北部的情勢，可以說是以糠部郡及支配該郡的有力大名南部氏為核心的。在《奧州余目記錄》中被稱作“大郡”的糠部郡乃是當時日本律令製分國中面積最大的郡，郡內又分成一戶、二戶至九戶和東門、西門、南門、北門等若乾地區，有些地區甚至與別的分國一個郡的大小相差不大。

　　十五世紀的室町時代，被稱為“奧州糠部南部一族”的以“戶”為獨立所領的一戶、三戶、四戶、七戶、八戶、九戶諸家(為了不致混亂，下文根據上下文語境或稱某戶，或稱南部，眾所熟知的南部晴政便出自於三戶氏。南部氏的家祖南部光行有六子，長子行朝為妾腹子，為一戶氏家祖;次子實光繼承了宗家;三子波木井實朝為根知城八戶南部氏的家祖;四子朝清為七戶氏和久慈氏的家祖;五子宗朝為四戶氏和櫛引氏的家祖;六子行連為九戶氏、小輕米氏和江刺氏的家祖)，他們均以“南部”為苗字，形成了廣大的族緣關系網，並通過這種關系共同支配糠部郡。其中被稱為“南部殿”的三戶氏，逐漸獲得了南部氏一族的總領地位。

　　十五世紀後期，三戶氏開始向糠部郡的周邊擴張勢力。西側的津輕地區包括平賀、鼻和、田舍、山邊四郡及外浜、西浜地區(中世未納入分郡的津輕半島北部和西部地區)，本由下國安藤氏所支配(安藤氏即俗稱的安東氏，安東氏的稱呼為室町時代中後期開始出現)。永享四年，三戶氏攻擊安藤氏，安藤氏敗退至蝦夷，三戶氏逐漸控制了津輕地區;長祿元年，八戶氏擊敗了安藤氏家臣蠣崎藏人，佔領了安藤氏在此地區的最後一塊領地宇曾利鄉;文明十五年，三戶氏當主南部信時命弟弟行實為津輕郡代，在津輕外浜東部的堤浦構築據點，成立堤家;明應七年，南部信時又命子康時出繼堤家。在南部信時的歿年文龜二年，堤(南部)康時的庶子經行以津輕地區中心地區的大光寺城為據點，成立大光寺家，支配平賀郡。

　　在此前的延德三年，南部信時還命一族久慈氏的庶流久慈光信入大浦城，成立大浦家，支配鼻和郡。而在十五世紀後期，南部信時的弟弟信實入繼久慈氏的嫡流為養子，三戶氏趁機獲得了久慈氏的所領。

　　文龜年間，津輕地區的浪岡城主浪岡北畠氏半從屬於三戶氏，掌握著對田舍郡、奧法郡和外浜北部的支配權。浪岡北畠氏為南北朝時期鎮守府將軍·陸奧守北畠顯家的後裔，被尊稱為“浪岡禦所”。浪岡北畠氏以三戶氏為後盾，取代了下國安藤氏成為支配津輕地區的正統權威，同時對於北方的蝦夷也保有著相當的影響力。

　　三戶氏的南部信時在津輕地區所部署的支配體制主要是通過庶子及一族之子世襲“郡代”，這也是十五世紀末期至十六世紀初期南部氏對於津輕地區的支配體制，也可看作北陸奧戰國時代的開端。

　　除了糠部郡以外，與其相鄰的鹿角、岩手、閉伊也是三個大郡，但並沒有出現有實力能夠支配全郡的勢力，基本由一些地頭出身的小領主割據。鹿角郡主要由南部一族一戶氏的庶流·長牛城主長牛氏及大湯氏、大裡氏等被稱為“鹿角眾”的在地勢力所掌握，由蝦夷返回出羽的下國安藤氏也對此地有所滲透;岩手郡主要由郡南端不來方城的三戶氏家臣福士氏、郡西的川村氏和安倍氏、郡東的工藤氏等“岩手眾”分治，而鄰郡斯波郡出自於奧州探題大崎氏的名家斯波氏也佔據著一部分地盤;閉伊郡則由文龜元年被南部信時派往此地的一戶氏庶流所支配，因以郡中央的千德城為據點，故稱千德氏。此外還分布著田鎖氏、小本氏、船越氏等被統稱為“閉伊眾”的在地勢力。可見糠部郡的三戶氏對於鄰接三郡的控制主要是以一戶氏等庶流及譜代家臣世襲城將，並將小規模的在地領主編成為“眾”這種方式來實現的。在岩手郡南部，又有斯波、稗貫、和賀和遠野四郡，而且這幾郡的支配者大部分是從鐮倉時代以來的地頭髮展而來。前面已經提到，斯波郡由奧州探題大崎氏的同族·被尊稱為“斯波禦所”的斯波氏支配;稗貫郡和和賀郡則由分別以本郡名字為苗字的稗貫氏和和賀氏支配，二者皆出自於中條氏;遠野郡由出自於藤原秀鄉流的阿曾沼氏支配。

　　這些以南部氏為代表的北奧諸領主們稱自領為“當郡”，對方的領地稱“貴郡”、“禦郡”或“他郡”。而領內分支領的支配者稱“郡主”，相當於保持一定獨立性的小領主。其中斯波、稗貫、和賀、遠野四郡的郡主們在十六世紀前期通過聯姻的方式結成了一揆性質的領主聯合，稗貫氏還獲得了室町幕府足利義稙、義晴、義輝三任將軍的偏諱;斯波氏作為奧州探題大崎氏的一族，協助強化了室町幕府——奧州探題大崎氏這一室町時代的支配秩序。

　　在南部信時之後，因三戶氏的當主·南部信時的嫡子信義早夭，年幼的南部政康繼承了當主之位，而在北門地區田子城隱居的南部信時則再度出山成了嫡孫政康的後見人，助其維持領國的安定。文龜三年，南部信時歿;永正四年，南部政康也去世，其長子南部安信繼承三戶氏的當主之位。大永五年，包括糠部郡在內的三戶氏所有領地被稱為“奧州南部殿禦知行”，進一步強化了三戶氏作為南部一族總領家的主導地位。

　　但進入到天文年間，在南部信時時期所建立的通過城代及“眾”進行領地支配的體制日趨動搖。天文八年六月，三戶氏的居城聖壽寺館被對主君懷有怨恨的家臣赤沼備中縱火燒毀(據《祐清私記》所載，赤沼備中對主君南部晴政將其妻女帶入城中一事不滿，同時因知行問題與家老奧瀨安芸守有矛盾，所以赤沼備中縱火焚城並殺死奧瀨安芸守，後在逃亡過程中被下鬥米將家所追斬)，造成了三戶氏家中的不安定;次月，南部安信的嫡子南部安政隨奧州探題大崎義直所派出的使者團上洛，獲賜將軍足利義晴的偏諱，改名南部晴政，以期通過將軍的權威來安定家中。

　　在三戶氏的支配不大安穩的這段時期，輔佐南部安信穩定局面的是以田子城為本城因此被稱為田子家的安信之弟高信。天文二年在平定了津輕地方後，高信又以平賀郡的石川城為居城，就任津輕郡代。天文三年，閉伊郡爆發叛亂，被久慈信義和三戶氏的譜代家臣櫻庭光康所討平。在天文十年閉伊郡黑森神社的營造棟劄中(記錄建築物修建信息及過程的記事牌稱棟劄)記載大檀那(為寺院或神社等提供布施或幫助其營造之人)為“南部右馬允安信”和“同左衛門督高信”，而旦那(性質基本同檀那)田鎖氏和小笠原氏等閉伊眾則為其從屬。

　　斯波郡斯波禦所的斯波詮高在十五世紀末期將庶子詮員和詮義分別配置於岩手郡西部的“雫石禦所”的斯波郡北部的“豬去禦所”，覬覦著岩手郡。為了應對斯波氏的策謀，石川高信(即田子高信，此時尚以田子城為居城，稱田子高信)在天文初年將家臣福士氏配置於與斯波領交界處的岩手郡不來方城，並迎娶了岩手郡北部國眾一方井安政之女為側室。天文九年，石川高信先擊敗在岩手郡西部滴石地區保有部分地盤的戶澤氏，將其趕至鄰國出羽的仙北地區，後又與斯波詮高之子·斯波氏時任當主經詮之間產生了摩擦;天文十二年，石川高信與斯波經詮之子詮真交戰並佔據優勢，最終在稗貫輝家的調解下兩家達成和睦，南部氏逐漸恢復了對於岩手郡的支配。此外，在天文十一年至十二年間，南部軍還進至出羽的下國安藤氏的領地，與其交戰。

　　在對外擴張的同時，南部晴政也從南部安信那裡繼承了三戶南部氏的當主之位，且因一直以來的本城聖壽寺館在天文八年燒毀，晴政便將本城遷至了三戶城。

　　十五世紀末期，三戶氏的家臣大致分為“親類”、“家子”、“老中”、“禦內眾”、“外樣眾”等;分家八戶氏的家臣在天文年間則有“一家”、“親類”、“禦內五人老”、“小禦內”、“外樣”、“中間等”;另一分家九戶氏的家臣也有“親類”、“內眾”等等。他們通過大致相同的編成手段，形成了各自的家臣團。

　　天文年間前期，南部安信分別將弟弟信房和信次配置於田子城西側的石龜城和鹿角郡的毛馬內城，並以此為苗字成立了石龜家和毛馬內家，與田子家一起執行出擊和警戒出羽安藤領的任務。另將一弟長義配置於奧州街道的要衝五戶淺水城，成立南家，以此作為三戶城北方的屏障。再加上出自於三戶氏的庶家北家和東家等，三戶氏通過創建有力的庶子家，構成了其家臣的主體，並以此作為與周邊的斯波氏、安藤氏等勢力對抗或平定領內動亂的骨乾力量，這也是三戶氏由一介國眾向戰國大名轉化的契機。但任何事物都具有兩面性，如弘治二年，南家與另一“親類”北家間因鬥賀村而起了糾紛。可見在建立有力庶子家的同時，如何解決家內紛爭並更好地統禦諸庶子家，又成了一個讓人困擾的課題。

　　另外，在糠部郡內以“戶”為地域單位的這些領主們以“戶”作為其獨立所領，擁有自己的家臣，再加上糠部郡面積較大，這些“戶”的領主們的勢力甚至可與其他分國擁有一郡的在地領主比肩。這些“戶”的領主們所構成的“族緣”集團稱作“一家”，雖然推舉三戶氏為他們的“家督”，但三戶氏卻不能把他們直接視作家臣，只不過是領主們依靠某種契約的集結在一起的結合體。

　　十六世紀前期的天文年間，南部氏的有力庶家北家、東家和南家及石川高信·信直父子、九戶政實等逐漸取代一戶氏和久慈氏成為進攻鹿角郡和岩手郡的主力。石川高信率領麾下的岩手眾屢次入侵兩郡，而且高信的嫡子南部信直(即南部氏第二十六代當主，石川高信的嫡子。此時尚稱田子信直)於永祿八年與南部晴政的長女結婚，因晴政當時尚無兒子，所以指認信直為三戶氏的繼承人，並作為南部晴政的陣代出兵鹿角郡;而九戶氏也在十五世紀末期，時任當主九戶光政將居城遷至九戶城，並通過將女兒嫁給久慈氏的結姻方式，將其納為從屬。

　　在田子氏(即石川氏)和九戶氏的勢力上升期，一戶氏、久慈氏反而日趨沒落。另外，根知城主八戶氏在天文年間前期的三代當主治義、義繼、勝義先後去世，且因勝義無子，便從一族新田氏入繼了年僅五歲的彥次郎(幼名久松，即後來的八戶政榮)繼承當主之位，祖父新田盛政為其後見役，但另一一族田中宗祐為了篡奪當主之位而謀反，後被鎮壓。天文二十一年，七戶慶胤入侵八戶領;永祿七年、永祿十年八月、永祿十二年，四戶的櫛引氏多次入侵八戶領，可謂內憂外患，造成了八戶氏權力的嚴重衰退。由於四戶氏和七戶氏未與三戶氏結姻，且無法通過對外戰爭擴大勢力，所以只能在糠部郡內擴張。而從作為諸“戶”家督的三戶氏當主南部晴政的角度來看，上述紛爭只是“一家”內部因領地紛爭所引起的私戰，自己無法擅自處置，命某方停止交戰。永祿十年八月，彥次郎的親父新田行政歿，次月，彥次郎獲賜南部晴政的偏諱，取名八戶政榮，可以說是以暫時從屬於三戶氏為代價換來了本家的存續。

　　進入永祿年間，北奧的爭亂進一步激化。鄰國出羽的下國安藤氏當主安藤愛季圖謀向糠部郡滲透，並於永祿元年開始通過其從屬國眾·比內郡領主淺利則祐拉攏南部氏麾下的大湯氏、大裡氏等鹿角眾，以及津輕平賀郡代大光寺氏和浪岡禦所的浪岡北畠氏。在進行了周全的準備後，永祿九年，安藤愛季糾合淺利氏、蝦夷的蠣崎氏、出羽的由利眾等共計五千人馬入侵鹿角郡。三戶氏當主南部晴政急忙派遣岩手眾及有力庶子家的北家、東家、南家等迎擊但敗北;次年，在雙方均付出不小的代價後，鹿角郡終被安藤氏佔領，史稱“鹿角大亂”。但是僅僅不到兩個月，南部晴政便親率大軍奪回了鹿角郡大部。而安東愛季此次唯一的收獲便是奪取了進出鹿角郡的橋頭堡——土深井城。