山西周遇吉投降之後，陝西的秦王也送了世子至京城，既是履行之前與方原的婚約，也是送上了質子，並表示陝西願意接受方原委派總督或是巡撫前來主持軍政事務。
　　隨著陝西，山西的投降，整個關內兩京十三省，除了流寇盤踞的四川，處於自治狀態的西南幾省，方原已統一大半個中國。
　　方原對全國的軍政系統進行了大幅調整，之前明朝是衛所製、軍田製。這種衛所製，軍田製，長久以來，早已成了衛所指揮使吃空餉的自留地，完全不足以應付外來敵寇的侵襲，必須做出重大的調整。
　　方原決定采用穿越前的大軍區和地方武警部隊並存的軍隊體系。
　　所謂的大軍區製，就是在全國之內設五大軍區:北部軍區、東部軍區、西部軍區、南部軍區、中部軍區。
　　北部軍區轄區東北、蒙古、山西，轄宣府、大同、薊鎮、山海關、東江鎮的防務，總兵力十五萬。因滿清、蒙古還未歸順，北部軍區駐所暫時設在京畿。
　　北部軍區第一任司令赤古台，副司令周遇吉，四個總兵，山海關總兵吳三桂、大同總兵薑鑲、東江鎮總兵張英、趙全忠，監軍唐通。
　　東部軍區管轄南直隸、山東、浙江一京二省的防務，總兵力六萬，下轄一支火炮航母編隊，兩百艘戰艦。陸師駐所在揚州，水師住所在舟山海軍基地和威海衛。主要負責大明一京二省沿海的安全，和對朝鮮國、日本國海路的控制。
　　東部軍區第一任司令施琅，副司令原火炮營統領李宗澤，南直隸、山東、浙江一京二省總兵，監軍是王承恩的義子，太監林同。
　　西部戰區，管轄西南湖廣、四川、雲南、貴州四省防務，總兵力十五萬。
　　西部軍區第一任司令甘輝，副司令原後勤營統領侯承祖，轄白廣恩、徐誠、高元爵、賀錦四個總兵，監軍馬一山的弟弟馬立。
　　南部軍區，管轄福建、廣東、廣西三省，以及如呂宋等南海周邊諸國，總兵力十萬。
　　南部軍區第一任司令秦展，副司令施福，轄福建、廣東、台灣、廣西諸總兵，監軍陳鼎。
　　中部軍區，管轄鳳陽、河南，一京一省，總兵力五萬。
　　中部軍區第一任司令鄭芝豹，副司令李岩，轄鳳陽、河南諸總兵，監軍原滄浪亭錦衣衛千戶李勤。
　　在這五大軍區之外，方原還外設一個京畿軍區和一個宣慰軍區。
　　宣慰軍區暫由秦王朱存極主持西北軍區的相關軍事事務，總兵力是四萬秦軍，三萬肅王的軍隊。主要對陝西、甘肅、青海、新疆、西藏等西北、西南部分地區的控制和維穩。
　　對這一塊敏感區域的統治，方原可以選擇成立自治區的形式，由當地土司、宗教自治。但當地必須接受明朝委派官員進行督導，部分軍事要塞由明朝駐軍，這是一條紅線。若這紅線談不攏，便只能進行軍事征討。
　　要徹底將這些少民聚集區域納入大明的管理體系，必須經過長期的同化，絕非一朝一夕之功。只要能委派官員、軍隊入駐新疆、西藏，已是新中國成立之前，對新疆、西藏最有效的管理。
　　京畿軍區則是護衛北京城的直屬軍區。京畿軍區總兵力七萬，軍區司令景傑，副司令周奎，轄趙林、郝搖旗、劉一良、蘇紅玉三個總兵。
　　配備兩萬玄甲鐵騎，由前騎兵營副統領趙林統率;五萬步戰營的精銳，擴編後的一萬特戰軍，由總兵郝搖旗統領;還有最精銳的坦克營，一千人，由劉一良統帥;無人機戰隊一千人，由蘇紅玉統帥。
　　京畿軍區軍隊數量雖不算多，但卻是全天下裝備最精良，兵源素質最優良的精銳部隊，足以應付任何軍區的突發情況。
　　七大軍區共有職業野戰軍六十五萬，按照每個軍士五兩銀子的月餉，每年單單這塊軍費就是三千萬兩。
　　這一大筆軍費支出，方原采用了軍田糧食、月餉混合支付的方式。在各省內，方原一共充公了兩千萬畝土地用作軍田。打破了明朝之前實行的軍田製，而將軍田實行統一軍事管理。
　　每畝軍田每年產值一兩銀子，也可以解決兩千萬兩的軍費，余下的一千萬兩銀子的軍費由政府財政來承擔。
　　除了七大軍區的編制，還有地方武警部隊的編制。這部分非職業軍人，主要負責地方突發事件的應急處置。
　　經過對衛所的裁減整合，全國范圍內一共留存了兩百個衛所。一個衛兩千人，一個所一千人，全國衛所的軍隊有三十萬人。
　　每人月餉比照二兩銀子的標準，每年需要六百萬兩銀子。這部分費用就是六百萬兩銀子。
　　經過整編後的軍費總開支是每年一千六百萬兩。
　　方原整改後的財政收入， 每年市舶稅一千一百萬兩，商稅六百萬兩，農業稅五百萬兩。每年的政府收入達到了二千二百萬兩。
　　扣去一千六百萬兩的軍費，三百萬兩的行政費用，一百二十萬兩的皇宮用度，每年還有盈余一，兩百萬兩用作應急經費。
　　其中還不算彩票銷售、化纖絲綢，每年五百萬兩以上的收入。經過這些年不斷的改良，方原終於在不加田賦，甚至還減免了田賦的前提下，徹底扭轉了大明之前每年一千萬兩銀子的財政赤字。
　　方原將每年的預算收支、盈余交給崇禎過目，崇禎看了一會還有盈余的帳目，方原竟能不靠加賦就扭轉了財政赤字，內心的觸動是無以複加，微閉雙眼，歎聲道，“駙馬，看了你的賦稅來源，原來市舶稅、商稅可以征收這麽一大筆，朕要是有這筆銀子，哪裡還會去增收田賦，引起天下大亂。朕之前的勤政不過是在胡亂折騰，唉！”
　　方原正容道，“陛下在京城裡，所見所聞全是那些官員想令陛下聽到，見到的。他們自然不會告訴陛下，每年侵吞大明財政的市舶稅、商稅是多大的一筆銀子，只會忽悠陛下一味的加遼餉，官逼民反。”
　　崇禎再歎了一聲，默然不語。
　　方原又說道，“臣來拜見陛下，還有一件要事相商，須陛下禦批。”
　　崇禎愕然問道，“駙馬有何事?”
　　方原緩緩的說道，“就是未來大明國都的問題，到底是北京、南京，還是中京鳳陽。”