在遊戲三部曲的第三部裡，劇情是這樣的。
　　一上來，薛帕德指揮官因為在第一部第二部……主要是第二部裡做的事情，關於巴塔瑞星系發生的事情還有收割者的情報接受地球人類政府的問詢。
　　結果一句話沒說，收割者艦隊就突破了星聯艦隊組成的層層防線，空降到了地球上。
　　這種開局把這部遊戲的整體氛圍，描繪成了一種“絕地反擊”“背水一戰”的畫風。
　　作為序幕同樣也是新手指導關卡的地球淪陷結束後，第一關就是在火星普洛仙人的遺跡，找到了一個秘密武器的設計圖。
　　一個“有可能”終結收割輪回，名為“擎天爐”的超級武器。
　　就像一開始大家以為質量中繼器是普洛仙人製造出來的一樣，這個名為“擎天爐”的超級武器設計圖也在遊戲的很長一段時間裡被誤以為是普洛仙人製造的。
　　隨著主線劇情的推進，玩家和薛帕德指揮官“們”才知道，普洛仙人也是從他們的前輩那裡得到的”擎天爐”設計圖。
　　所謂的前輩，就是對於普洛仙文明來說屬於上一個輪回……甚至上上一個輪回的文明。
　　沒有人知道第一個想出“擎天爐”這個法子的文明是誰，遊戲裡也沒有提到過。
　　但這個方法，被每一個輪回的文明一代一代傳遞了下來，在傳遞的同時也根據自己的經驗進行了修修補補。
　　相對於起那些遺跡，相對於躲在不知道那個角落的利維坦們。
　　“擎天爐”才是真正意義上這個世界的文明傳承。
　　可惜這個傳承，也只是“有可能”終結輪回而已，從輪回一直持續到今天就可以看出，那些“先輩”們全部跪了。
　　而且“擎天爐”也不是什麽一次性能解決所有收割者的超級武器……雖然在收割者的協助下，它的確有這個能力。
　　實際上，“擎天爐”只是給收割者提供了幾個選擇，幾個可以更好的完成收割者最高目標的“選擇”
　　“所以長官你親自來找我，就是為了防止我做出選擇?”薛帕德聽完米杉的講解後，有些疑惑的問道。
　　“對，因為不管是什麽樣的選擇，你都會犧牲……”米杉說道。
　　雖然在遊戲裡兵力足夠的話，選擇“紅光”結局的話，會有一閃而過的畫面表示薛帕德並沒有死。
　　不過米杉沒有告訴薛帕德。
　　“犧牲嗎?”米杉的話讓薛帕德沉默了下來。
　　“你已經犧牲過一次了，不是嗎?”米杉說的是前兩部的劇情。
　　在遊戲的第一部和第二部之間，薛帕德因為“太過於活躍”座艦被擊落。
　　在其他人類緬懷自己英雄的時候，那個時候已經是銀河系著名搞事分子的塞伯魯斯，在首領幻影人的帶領下。
　　以傾家蕩產的姿態，啟動了“拉撒路計劃”，強行把陣亡的薛帕德從死神的手裡搶了過來。
　　甚至製造了很多份備用的克隆體，做到隨時可以為薛帕德指揮官更換器官……有一份克隆體後來給薛帕德製造了很多麻煩。
　　那個時候，幻影人還沒有被教化，沒有覺得控制收割者才是人類真正的未來。
　　“如果沒有長官你在，我不會拒絕這份光榮的犧牲。”薛帕德擺出一副自己看得很開的樣子。
　　反正已經死過一次，再死一次就是了。
　　而且比起上次那種好窩囊的死法，這樣的死法才是一名戰士真正的歸宿。
　　“對了……”聽到薛帕德這句話的米杉突然停下了腳步問道:“如果沒有我的話，你會選紅光，還是藍光，還是綠光?”
　　紅光就是剛才說的借由擎天爐作為放大器，然後在收割者的協助下，摧毀銀河系所有的收割者，同時也會摧毀所有的合成體，所有的人工智能生命。
　　藍光是無數輪回中，一直有文明想要做的，但從來沒有成功過的目標“控制收割者”
　　在這個結局中薛帕德會犧牲自我，記憶和人格上傳入收割者數據中，成為收割者新的領袖。
　　而綠光結局，是把所有有機生命體和合成體融合到一起，變成一個新的有機合成體物種。
　　利維坦給收割者定下的目標，就是保存文明，不讓文明被自己的造物所毀滅，而這種融合剛好可以相對完美的解決這個目標。
　　讓大家都歸為一體，就不存在誰消滅誰了不是麽。
　　……人工智障不愧是人工智障，這邏輯水平快跟當年人革聯裡那些倫敦幫一樣了。
　　“……”米杉的疑問讓薛帕德陷入了糾結之中。
　　“這麽說你沒有考慮過這些問題?”米杉奇怪道。
　　“如果不是長官你告訴我，我甚至不知道還有這些選擇……”薛帕德有些想翻白眼，但最後還是忍住了。
　　“哦對……我忘記了，這些事情應該是你走到這裡時， 那位催化劑告訴你的。”想起遊戲劇情的米杉有些尷尬的說道。
　　“催化劑?”薛帕德奇怪道。
　　“中文翻譯是這樣的，你可以看做收割者的領袖，或者說最高意志，如果我沒記錯的話。”米杉沉默了一會說道:“你之前已經見過他了。”
　　“我之前已經見過他了?”薛帕德有點無法跟上米杉的神神叨叨。
　　米杉用上帝視角的玩家態度來和薛帕德這位遊戲世界裡的人說這些事情，的確有些神棍嫌疑。
　　“長官，你說的是他嗎?”薛帕德突然端起武器對著前方……拔槍術玩的挺溜。
　　一個完全透明的，只能勉強看到一個輪廓的人影出現在了米杉的面前。
　　從輪廓上來看，是一個人類的小男孩造型……不過讓薛帕德舉起武器的原因，並不是這個透明的人影，而是站在透明人影身邊，一身黑色鎧甲，背著兩把武士刀，帶著一副黑色眼罩的的人。
　　“冷凱?你不是死了嗎?”薛帕德還記得這位幻影人的保鏢，之前已經在塞伯魯斯的總部被她乾掉了。
　　即便是對於薛帕德這位銀河系頂尖的戰士來說，冷凱也是一位讓她感到非常棘手的敵人。
　　無他，畫風不一樣……在一個主要是拿槍突突突，最多是用冷卻時間超長的異能BIU一下
　　突然冒出來一個會影分身會炸地板用查克拉……也不知道算不算東瀛人的忍者。
　　所以薛帕德才會這麽吃力。