第二次忍界大戰中，空之國空忍者村仗著高科技與五大國為敵，被木葉村擊敗。空忍者村首領神農帶著殘余分子遠走海外建設基地，猥瑣發育，積蓄力量。

　　死灰複燃的空忍村眼看連航空母艦都發展出來了，磨刀霍霍，想再等三四年準備充足後，就能展開復仇大計。但空忍村因為幾乎與世隔絕，消息閉塞。得知橫空出世的《堅毅忍者傳》續集的信息慢了好幾拍。

　　奈良鹿九根據書中少量線索，推測出空忍村余孽大致方位和范圍。

　　三代火影猿飛日斬抱著寧可信其有，不可信其無的態度。果斷派遣忍者部隊，遠赴海外偵查。各種偵查忍者各顯神通，找到空忍村余孽並予以毀滅性打擊。

　　空忍村的忍者個體力量和其他忍者村相比，就是戰五渣。被木葉村忍者部隊摸到老巢突襲後，一敗塗地。連航空母艦都被油女一族忍者的蟲子啃食殆盡。

　　只有少數幸運兒逃過一劫，借助飛行機逃跑。這還是因為遠征的木葉村忍者部隊人數捉襟見肘的緣故。木葉忍者以少勝多也就算了，全殲敵人就不可能了。

　　空忍村敗得如此輕易，還有一個原因是這種關鍵時刻，首領神農不在。群龍無首之下，又無出色人才主持大局，豈有不敗之理?

　　神農當時之所以不在，是因為他擬定好發展規劃後，就將種田發展交給手下操心，自己當了甩手掌櫃，已經十年多沒有回去了。

　　這是因為敗給木葉村後，他就醉心於尋找新的強大力量，比如說尾獸。可是尾獸已經被各個忍者村瓜分殆盡，而且他的正面戰鬥力也不強，打不過人柱力。

　　但他還有一根救命稻草，那是他早年偶然間從古籍中得知的關於零尾、零尾復活之卷軸的隻言片語。並深信不疑，或者說不得不信，這是他最後的希望。

　　他有很高的黑暗醫療忍術造詣，也有一定的研究成果。但是巧婦難為無米之炊，就差足夠的黑暗查克拉。如果能得到零尾的黑暗查克拉，他的實力就可以無需日積月累的修行鍛煉，一步登天。為了得到零尾的術式，他偽裝成流浪醫生，潛入各國村子暗中打探消息，但是一無所獲。

　　當他後知後覺知道《堅毅忍者傳》續集後，大感不妙，但為時已晚。

　　果然，後來殘存的舊部聯系到他。他得知多年心血和基業一朝覆滅，氣急攻心。更令他幾欲吐血的是，木葉村做事滴水不漏，木葉村忍者在火之國雨林邊境的村莊附近，找到空忍村遺址吳哥要塞——安克爾·班迪安(王都要塞的意思)，並將其摧毀。

　　嚴格說來，這座有足夠能源支撐就能飛行的石頭構成的吳哥要塞才是空忍村的主體和象征，本身也是一個究極兵器。只是當年倉皇逃竄的空忍村忍者來不及帶走，才不得不藏在毒物眾多、危機四伏的雨林。

　　神農本來還幻想著得到零尾後，就將零尾的力量作為驅動吳哥要塞的能源，讓吳哥要塞成為自己的王座，見證天空霸主空忍村的複興。

　　可是連續兩個噩耗傳來，令他一蹶不振，王圖霸業一場空。最重要的是，他老了，所剩時間不足以再次暗中將空忍村發展起來，所以雄心不再。

　　第二場中忍考試後，對空忍村有所關注的大蛇丸按圖索驥找上門，與之密談。

　　原來，大蛇丸早年和神農有段淵源。神農曾傳授大蛇丸再生之禁術，但這只是草創階段的不完全的忍術。

　　大蛇丸研究這個不完全忍術已經大有所獲，

他之所以得到異乎常人的強大生命力，這個忍術也是功不可沒。他相信多年過去，原主人神農應該完善了這個忍術，而且與他的研究方向肯定會有所區別，對他而言很有價值。　　大蛇丸很期待神農的完善忍術能帶給他足夠的驚喜，所以垂涎不已。

　　並且順便邀請神農一起對付木葉村。敵人的敵人不一定是朋友，但大蛇丸和神農本就有一定的交情，所以有合作的基礎。

　　可是神農雖然對木葉村滿腔怨恨，但他頹廢不已。

　　“要我和你一起對付木葉村?哈，晚了。我現在要人沒人，要力量沒力量，你還來找我做什麽?看我笑話嗎?”

　　“沒人?空忍村忍者不是逃出一部分被你召集起來了嗎?”

　　神農慘笑道:“剩下的一點烏合之眾有什麽用?”

　　“在我的計劃裡，你說的烏合之眾可堪一用，”大蛇丸繼續蠱惑道，“木葉村把你害得這麽淒慘，難道你就不想報復?要說力量的話，我也有辦法讓你得到力量。但是作為交換，你將完整的再生之禁術給我。別告訴我這麽多年過去，這個忍術你一點都沒有改進。”

　　神農不屑道:“難道你想給我咒印的力量麽?免了，我還想多活幾年呢。”

　　“我這次來可不是空手而來，而是給你帶來一份見面禮，你一定會滿意的。聽說你一直想要零尾復活之卷軸，我可是特意帶來了。”

　　神農激動不已:“此話當真?你從哪裡找到的?我還以為是虛妄。”

　　零尾也成神農的執念了，找了那麽多年，他也不甘心自己的追求是鏡花水月。

　　大蛇丸一臉怪異:“說出來你可能不信，是木葉村某個人幫我找到的。而且他一句話吩咐下去，下面就有人幫他找。相比之下，你一個人漫無目的的尋找，簡直是大海撈針。我真是佩服你的毅力。”

　　神農差點失心瘋:“木葉村?哈哈哈...我一直想找到的東西竟然在死敵木葉村那裡?而且是木葉村的人找到的，如此強大的力量木葉村竟然瞧不上。我這些年的追求難道只是一場笑話嗎?”

　　其實如果沒有蝴蝶效應，按照劇情裡時間來看，神農大概會兩三年後在木葉村找到零尾復活之卷軸。

　　大蛇丸平靜道:“強大麽?我看過零尾的製造術式，這種人造尾獸的力量比起正統尾獸差遠了，不過如此。也就你當個寶貝。而且零尾的力量不僅有隱患，還無法像尾獸一樣用常規的封印術封印在人體被利用，不受控制。”

　　在大蛇丸看來，零尾簡直就是坑。卷軸上說的“在人的內心產生黑暗時，讓零尾附身”實在是模棱兩可。是不是內心越黑暗越容易吸引零尾附身?內心黑暗又有什麽標準?

　　大蛇丸自認為他的內心不算黑暗，只是別人難以理解他的想法。曉的那一群人才是內心黑暗。他是曉的叛徒，與曉為敵。如果他用零尾的力量，零尾會不會投敵鑽入敵人的懷抱?這種資敵行為，他就敬謝不敏了。

　　“嘿，零尾在木葉村當真是明珠蒙塵，你們都不懂得利用零尾的力量。”

　　大蛇丸不置可否:“那麽，合作愉快。”

　　於是神農和大蛇丸一拍即合，狼狽為奸。