在狂熱的宗教信仰之下，漢族一直以來引以為榮的同化能力根本沒有施展的余地，不但沒有同化回回，反而被回回同化了。這件事已經引起了朝廷有識之士的注意，徐光啟就曾經和朱由校就這事進行過交流。

　在徐光啟看來，宗教是有它積極的作用的，無論是在構建國民的倫理道德方面，還是在勸人向善方面，都有其不可替代的作用。大明的宗教政策算是很寬松的，雖然道教被定為國教，但朝廷並沒有對人們的宗教信仰有任何限制，你想信佛教，或者是天主教，那都沒有問題，象徐光啟便是天主教徒，並沒有任何人覺得首輔信了天主教就會如何如何。

　但不管是朱由校還是徐光啟，都覺得宗教自由是非常重要的。宗教自由是指你有信某種教的自由，而更重要的是你也有不信教的自由。象和尚道士都可以還俗，這種行為雖然可能會受到一些人的非議，但至少不管是道觀佛寺還是官府，都不會阻止你還俗，而且有些還俗的行為還會受到很多人的讚賞。

　回回卻不同，他們是不能改信別教或者變成不信教的，他們把原本信教的變得不信教稱之為叛教便可見其態度。這一點讓朱由校很不滿意，有些事情你覺得很好，比如你喜歡吃牛肉，你向世人宣揚，希望大家都喜歡吃牛肉，那沒有問題。但是因為你覺得牛肉好吃，別人不吃牛肉偏要吃豬肉，你就覺得這不行，應該大家都來吃牛肉，甚至強迫大家一起來吃牛肉，這就有些說不過去了。

　所以朝廷便制定了《宗教設施管理辦法》，這是第一步，將所有的宗教設施置於大明官府的管理之下，後面還有《宗教管理辦法》，規定所有人都有信教和不信教的自由，官府和其他人都不得干涉其信仰宗教或者不信仰宗教。

　這對於道教和佛教，其實並沒有強調的必要，因為一直以來都是這樣。但對於天主教和回回們來說，便有些問題了。所以上次朱由校和金尼閣商量在大明傳教問題時，便特意強調，不希望聽到天主教徒稱呼其他不信教的人為異教徒，在大明宗教絕對不能凌駕於皇權之上，對於大明人來說，信教與棄教都應該有充分的自由。他可不希望在大明出現十字軍東征之類的事情。

　金尼閣當然爽快地答應了這個條件，總之就是上帝的歸上帝，皇帝的歸皇帝，兩者負責的領域不同。但是對於回回們來說，這就有些難度了，朱由校想到後世那些的國家，心裡下了決心，無論如何，不能讓大明變成那樣。

　所以朝廷修改了大明律，將色目人不得自相嫁娶的這一條去掉，反正在邊地這一律令也基本上沒人遵守了。這樣至少可以減少漢人被色目化的情況，不至於讓回回越來越多。

　黃汝良來後，張藎臣便將民事交付出去，自己專心練兵和偵查。甘州周圍有著瓦刺人，蒙古人，回回與藏人，而地域之爭中摻雜著複雜的宗教之爭，必須要小心謹慎才行。

　現在大明對於甘州的重心並沒有放在軍事征服上，所以張藎臣只需要先了解當地的各種勢力分布，然後不讓其它勢力攻下甘州即可。

　朝廷把更多的精力放在了道路的修建上，從西安到蘭州的道路經過朝廷和多任肅王的努力，現在已經算是很不錯了，朝廷只需要將道路拓寬，再打上水泥就行了。但蘭州到甘州的道路卻是個大工程，雖然有五萬多俘虜每天忙著修路，但終究工程太大，而且皇帝要求修公路的同時也要把鐵路的地基打好，這就進一步加大了修建的難度。張藎臣估計，公路在一年內倒是可以修得差不多，但鐵路只怕要五年左右才能修好。

　在這個過程中，肅王朱識鋐發揮了極大的作用。這位與皇帝差不多大的王爺是在天啟元年襲位的，他平日愛民如子，在蘭州的威信較高。他從來不主動干涉當地的軍政事宜，但當地的官府和衛所軍官都很尊敬他。朱由校讓徐光啟給他寫了一封信，闡述了修築道路對於蘭州，對於整個陝西的重要性。

　朱識鋐對於皇帝不是下旨而是讓首輔寫信給他這件事非常感動，他接信以後，便利用他的威信，在蘭州發動了大量的民工，以滿足朝廷對人工的需求。而且他讓王府管家帶頭在永登縣承包了一座山，建設了一座水泥廠，一座石灰廠。還在河邊建設了一座大型的沙石廠。打消了蘭州的各個商家對於開辦水泥廠和石灰廠的疑慮，使得公路修建過程中的水泥石灰和泥沙的供應壓力大大減輕。

　朱由校對他的表現非常滿意，賞賜了他十輛自行車，兩箱香皂，兩箱玻璃鏡，並將蘭州的高等學堂命名為肅王學堂，以表揚他所做的貢獻。

　而在報紙上專門刊登了一篇介紹肅王的文章，從第一代肅王朱楧率甘州中護衛移藩蘭縣(蘭州)，以三分軍士守城，七分軍士屯田，加之東南諸省移民不斷移蘭屯墾，興修水利，促進經濟發展，人口增殖講起，再到當代肅王為了朝廷的交通事業，親自召集民工，開辦水泥廠和泥沙廠，使得蘭州的公路建設得以順利進行。高度讚揚了歷代肅王對朝廷忠心耿耿，愛民如子，並稱之為各地藩王的表率。

　這篇報道給其它各個藩王敲響了一記警鍾，皇帝需要的是聽話的藩王，是能夠幫助朝廷的藩王，象肅王一樣為朝廷效力，而不是緊守著自己的封地作威作福，才是皇帝希望看到的藩王樣子。

　這對於其他的藩王的觸動很快就體現了出來，以福王帶頭，其他藩王都在自己的領地裡召集了一些無業遊民，將他們一古腦地送到了甘州，以充實當地的基建隊伍，安甘公路的修建人力有了充足的保證。