而這時葉向高終於到了京師，進了內閣，當然，和歷史稍有不同的是，首輔還是方從哲，葉向高為次輔，再加上劉一燝和韓爌兩位閣員，內閣一共是四個人。葉向高是王化貞的座師，當然支持他，而這時的兵部尚書張鶴鳴和熊廷弼關系很不好(當然，朝中和熊廷弼關系好的很少，包括楚黨中人，因為熊廷弼嘴巴太臭，得罪人太多)，因為熊廷弼曾經罵過他和葉向高不懂軍事，是兩個大草包。他很欣賞王化貞，在他的縱容之下，朝中已經有人放出風聲，認為應該讓熊廷弼下台，讓王化貞去當經略，總領遼東事務。

　　朱由校覺得現在這樣經撫不和，顯然是不利於遼東事宜的，於是在熊廷弼出關來到右屯時，嘗試提出由熊廷弼節製王化貞，一起守好廣寧。

　　這下葉向高不幹了，他支持王化貞不受熊的節製，並向皇帝上疏，稱:“欲化貞受其節製，則舉朝之人皆以為難行。”

　　不久王化貞上奏，認為如果朝廷給他專事遼東之權，他只需要六萬兵，就可在明年三月蕩平遼東，熊廷弼則認為他是說大話，兩人開始用奏折吵架。

　　京營的捷報，使得京師成了歡樂的海洋。前不久毛文龍的捷報已經讓京師人興奮了一回，毛文龍不過斬首幾百，而這次則是斬首一千四百多，真夷都有六百多喲。而群臣也是交相祝賀，都覺得有王化貞在，遼東形勢一片大好，建奴即將被一舉蕩平。

　　所以當年輕的皇帝再次提出要用熊廷弼節製王化貞時，大臣們的反應是憤怒。明明是王化貞立了這麽大的功，熊廷弼躲在後面玩他的以守代攻，現在竟然要王化貞受熊大嘴的節製，有沒有搞錯呀。首先在葉向高的示意下，左光鬥出列反對，認為王化貞的一舉蕩平符合實際，現在毛文龍和京營的捷報就是例證，而熊廷弼的守而後戰只是徒耗國帑，難見成效，且其置遼東漢民於何地。

　　然後群臣紛紛上奏，大都是支持王化貞而反對熊廷弼的，包括葉向高，劉一燝，韓爌等內閣中人和兵部尚書張鶴鳴都是支持王化貞的，他們都是東林黨人。方從哲則是支持熊廷弼的，而且他認為須在經略和巡撫中選定一人，專任遼事，事權合一方能取得成效。

　　朱由校見形勢不妙，隻得將這個提議做罷，群臣見皇帝終於低頭，不再堅持自己錯誤的意見，都大感欣慰，覺得這小皇帝雖然眼光不行，但至少在接受意見方面比他爺爺要強得多。

　　皇帝將方從哲等內閣中人及兵部尚書留了下來，一起來到西曖閣。大家坐下後，朱由校將近衛軍眾將的奏折發給大家傳看，看完後，大家都陷入了沉默。

　　“各位愛卿看了後覺得如何，朕想聽聽真心話。”朱由校掃視了大家一眼，“本兵，這是你的職責，你先說吧。”

　　張鶴鳴嘴唇動了兩下，卻沒有說出話來，他輕輕地咳嗽了一下，然後道:“楊同知所言，只是其一家之言，且楊同知年歲尚輕，識人之術未必就可為真。”這話就有點強詞奪理了，皇帝先就說了是近衛軍三將合寫的奏折，周遇吉和曹文詔可已經是成年人了。朱由校沒有理他，看向葉向高。

　　葉向高道:“王化貞欲為皇上一舉蕩平遼東，還我大明江山，其心之誠，其意之真，天下可共鑒之。若是以熊廷弼節製王化貞，則天下人不明其理，廣寧軍中人心浮動，恐有礙遼東之事。”

　　方從哲反駁道:“王巡撫心誠意真，這個我們都是知道的，只是憑心誠意真就能蕩平遼東，

反正臣是不相信的。臣建議，不是用熊廷弼節製王化貞，而是調王化貞於別處，將遼事專委於熊廷弼。”　　這下讓葉向高等人找到了借口，劉一燝道:“如首輔大人所言，他日如熊廷弼敗壞遼事，則又如何?”意思很明顯，如果熊廷弼敗了，那你這個提議的人到時如何說。

　　卻不想方從哲直接道:“如是熊廷弼日後敗壞遼事，罪在經略，則責亦在臣。”這是把自己和熊廷弼綁在一起了，如果熊廷弼有罪，則方從哲隻好下台了事。

　　朱由校立刻跳出來做和事佬:“各位愛卿何必做此意氣之爭。 這樣吧，明日朝會時，所有大臣均選擇遼事之支持者，到時以人數多少而論，不可讓經撫之事久拖不決。”

　　第二天是十一月二十日，早朝時，皇帝先說了規則:“昨日首輔願意以自身保熊廷弼專事遼東之權，今日朝會，各位愛卿選擇支持經撫中的一位，選擇多者即留於遼東，少者另調他用。”

　　昨天各位大佬放風出來，說今日要選擇支持經撫中的一位，大家都摩拳擦掌，要將熊大嘴掀了下來。

　　皇帝剛剛講完，方從哲第一個出列道:“臣方從哲，願保熊廷弼專事遼東之權，若他日熊經略行為有差，朝廷問其罪，臣願與之同罪。”

　　首輔如此不講規矩，底下的群臣都懵住了。首輔這是將自己的前途和熊廷弼綁在一起了，那讓後面的人如何說呢?他們可不願意與王化貞綁在一起，左光鬥首先出列道:“臣等覺得，現今毛文龍和京營都捷報頻傳，證明遼東形勢一片大好，而兩捷均為王化貞所主持，則遼東經撫之爭，臣覺得應該由王化貞主導遼事。”

　　這話給那些東林大臣提了醒，以後的事誰也不能預知，但現在的兩次捷報可是與熊廷弼半點關系都沒有，我們不會象方從哲那個笨蛋一樣把自己的命運和熊廷弼綁在一起，但王化貞是自己東林人，熊大嘴不過是楚黨，非我黨類當然是其心必異，何況戰場上的事，誰說得準呢，萬一王化貞成功了呢?至於失敗，那有什麽關系，再換一個自己黨內的人不就行了嗎?不讓其他黨人得勢，保住東林一黨獨大才是目的。