他詢問過徐光啟南京教案的基本情況。萬歷四十四年，事禮部侍郎署南京禮部尚書沈榷三次向皇帝上奏攻擊基督教，在奏疏中他認為基督教教士有三大罪:一、傳教士送禮物給中國人是為了收買人心，以便在適當時候可以傾覆中國。二、傳教士曾幫助中國修歷，推算日蝕、月蝕等日期。沈灌認為傳教士以西洋方法治歷，違反堯舜以來一向的做法，是有意變亂中國傳統。三、沈榷指控傳教士破壞儒家文化，教導人不拜祭祖先，這更是中國人不能容忍的。甚至說在華天主教傳教士與白蓮教有染，圖謀不軌。朝廷在各方的壓力下，隻好下令禁教，勒令將傳教士驅逐出境。於是傳教士有些被殺，有些下在監獄裡，日後又被驅逐到澳門，教堂也被搗毀。徐光啟曾經上疏為教士辯護過，但最後還是沒有成功。

　　沈榷的理由當然不是都正確的，但他所說的第三點是大明人最不能容忍的，中國人有祭祀祖先的傳統，而基督教反對祭祀祖先，當然會引起大多數人的反感。利瑪竇對於中國教民祭孔祭祖都是不反對的，而在利瑪竇去世後，接替他的龍華民教士錯誤地估計了形勢，覺得現在形勢一片大好，認為現在傳教應該不再會有被驅逐出境的危險了，以前對中國祭孔祭祖的行為容忍是不對的，大力宣揚應該不準許中國教民祭祖，這才導致了南京教案。

　　金尼閣其實是比較讚同利瑪竇的傳教方法的，他從歐洲運來七千部書，其實就是利瑪竇主張的學術傳教:先用西方的學術來吸引中國人，然後讓他們接受西方的宗教就會容易得多了。但龍華民是他的上級，也一直都很欣賞他，而龍華民在大明基督徒祭孔祭祖以及一些基督教字詞的翻譯方面有他的堅持，他雖然對龍神父的堅持不是太以為然，但至少現在雙方關系還是很不錯的。雖然他知道南京教案與龍華民的傳教策略有直接關系，但是要他直接批評龍華民，重回利瑪竇的老路，還是有些困難的。

　　現在皇帝直接指出南京教案是傳教士這一方的原因，那就是直接告訴他，皇帝對他們的傳教教義和某些傳教方法是不滿的，而在這個國家裡，皇帝的態度可以直接決定傳教的成果甚至是傳教能否進行。

　　“尊敬的陛下，使臣上次回去曾經稟告我們的教皇，教皇已經準許我們將《聖經》翻譯成中文，並可以用中國話進行聖事，我們是非常想在大明傳播神的榮光的。”

　　“你倒是學會了避實就虛呀，如果不修改教義，你們在大明的傳教是不會取得很好的成績的，你們自己好好的想一想吧。朕準許在京師建一座教會圖書館，你們帶來的書翻譯以後就放在這個圖書館裡，如果你們自己商量好了準備修改教義的話，再和朕來說吧。”

　　“謝過睿智的陛下的大恩，使臣會聽從陛下的建議，修改教義的，不過時日可能需要較長，因為我們要向教會匯報才行。”

　　“好吧，朕對你們的書籍很有興趣，希望能早日看到這些書變成我們的語言。”朱由校翻看著目錄說道。

　　“朕已經專門設置了翻譯局來將這些書籍翻譯成我們的文字，這個過程需要你們的幫助。另外，朕想要設置一所新的學校，教授的知識主要是你們擅長的機械方面，也請你們對課程設置和教學方法提一些建議。”

　　金尼閣自然是無不應允，這些事對他們傳教有利無害，自然是求之不得。

　　朱由校說完後，就讓他們呈上遠望之鏡，拿起來看著前方，

殿門近在眼前，而正在門口無聊地打呵欠的小太監都看得清清楚楚。他遞給徐光啟道:“先生看看，很有意思的。”　　徐光啟接過後，學著皇帝的樣子來看，只是眼前突然出現一個碩大的眼睛，嚇了一跳，卻是朱由校走到遠望之鏡前面，故意對著前面的鏡頭。

　　朱由校哈哈大笑，徐光啟對皇帝的孩子氣無可奈何，也面帶寵溺之色地笑笑。然後說道:“此物於軍營中倒是頗為有用，而且臣想來，如果再稍加改造，似乎也可以用來天象觀測方面。臣請皇上為此物賜名。”

　　“這個遠望之鏡，朕給它取個名字，就叫望遠鏡吧。”反正後世就是這個名字，所以倒是不用多想。

　　轉頭對傳教士道:“你們將製作方法傳給兵仗局的人了嗎?”

　　湯若望出列回道:“陛下，我們已經告訴工匠製作方法了，另外，使臣將原理也告訴了兵仗局的孫官員。”這個教士中文還不太熟練，直接把孫元化叫做孫官員。

　　“很好，鑄炮的事進行得如何了?”

　　“在澳門我們接到陛下的旨意後，就已經造出了一些火炮，近段時間也在兵仗局鑄成了一座炮，鑄炮方法也已經全部告訴給了孫郎中。”金尼閣強多了。

　　“很好，朕很滿意！那就這樣吧。朕等首你們的好消息。”

　　眾人施禮後退出，在路上，金尼閣就迫不及待地對徐光啟說道:“多謝教友的幫助，我們終於可以開一個教會圖書館了。”對於傳教士來說，能在京師開一個教會圖書館，可以說是一個極具象征意義的大勝利，皇帝親自同意可以開教會圖書館，實際上是表示對傳教事業的支持，這不啻是一個天大的福音。

　　徐光啟倒是不確定皇帝是不是明白同意開教會圖書館的意義，但做為一個教徒，他當然是樂觀其成的。不過他明白皇帝對新技術新武器的興趣應該遠遠大於對傳教的興趣，甚至他懷疑，皇帝對傳教根本沒有興趣，只是對西方科技有興趣。所以他直接說道:“我的幫助也是為了教義的傳播，不過關於翻譯書籍的事，只怕還要麻煩幾位教友，速度越快，皇上就會越高興，對我們的支持力度就會更大。再就是龍神父，你們還是要和他商量一下，傳教方式還是要改一下才好，我可不希望再來一次南京教案。”

　　金尼閣重重地點了一下頭，心裡卻充滿了悲傷之情，現在的形勢，如果按龍神父的傳教方法顯然是行不通的了，皇帝表明了自己的觀點，教會必須做出相應的改變，他知道，老人的想法是不容易改變的，那就隻好對不起龍神父了。