很快，各位大臣出於不同派別的利益，或出於個人的私怨，紛紛開始追究起熊、王失疆的責任來。兵科都給事中蔡思允首先發難，奏請懲治熊、王及高出、胡嘉棟等人罪。朱由校已經放過熊、王，讓他們“戴罪候處”。高、胡二人在遼沈之戰時為逃將，此次又逃，令“錦衣衛拿解來京”。接著，二月十一日，大理寺少卿馮從吾、太常寺少卿董應舉、太仆寺少卿何喬遠三人聯名上疏，要求逮捕熊、王，“以申國法”。朱由校雖然知道熊廷弼的策略應該是對的，但又深恨熊廷弼辜負他的厚望，竟然沒有稍做抵抗就放棄了關外之地，於是在十三日，批準逮捕王化貞，只是將熊廷弼革職，回家聽候處理。但熊廷弼不願回家，擔心一離京師，受到東林黨政敵攻擊，加罪於己，他留京可以隨時辯駁種種不實和誣陷之詞。

　　這天，王承恩帶著兩個小太監來到熊府。說是熊府，其實是熊廷弼典租的一處小房子，門口門子也沒有，小太監上前敲門，熊廷弼的長子熊兆珪開了門問道:“不知公公有何事?”

　　王承恩道:“奉聖諭，著王承恩問熊廷弼幾句話。”

　　熊兆珪道:“公公請。”然後在前面引王承恩來到熊廷弼的書房。熊兆珪在門前輕聲道:“大人，王公公奉旨問話。”

　　書房門“吱呀”一聲打開，熊廷弼滿面愁容地拱手道:“公公請。”王承恩進了書房，站在上方，熊廷弼一拂前襟就要跪下，王承恩道:“不用了，站著回吧。”

　　熊廷弼這才站直身子，低頭聆聽。王承恩說道:“熊廷弼，想當日朕送你前去遼東，殷殷相語，猶在耳旁，遼東事種種，爾可有愧?”

　　熊廷弼“撲通”一聲跪在地上，嘶聲大叫:“皇上，臣有愧呀！臣罪該萬死，請皇上將臣斬殺，傳首九邊，以儆效尤。”

　　王承恩清了清嗓子道:“朕知道你會說有愧，現在說有愧有什麽用呢?當時為什麽不去廣寧，你不是有五千兵嗎?”

　　熊廷弼連連叩頭:“當日大軍已敗於沙嶺，臣只有五千兵，如果前往廣寧，則城破事小，遼民無辜，盡皆淪為奴手，臣思前想後，隻得先護民入關再說。”

　　“你一定會說你是想護送遼民入關，那朕在這裡要你摸著自己的良心來說，當時你是不是怕了?王化貞敗了，你是不是很高興?”

　　熊廷弼停頓了一下道:“皇上，臣當時兵少將缺，而建奴敗大軍於沙嶺，臣心畏懼，故不敢前。到於王巡撫之敗，臣只有痛心，歎國事多艱，不敢有幸災樂禍之想，臣此言出於內心，如有虛假，則子孫後代皆為奴也。”

　　“駱養性說他曾經提醒過你，不可相信孫得功，可有此事?”

　　“確實有此事。”

　　“那為何你不疑孫得功?是誰讓你覺得孫得功可信的?”

　　熊廷弼思考良久道:“臣接錦衣衛傳報後，派屬下佟仆年去查過孫得功，他回報說孫得功忠君愛國，一切如常，所以臣以為錦衣衛情報有誤，致使釀成如此大禍，臣愧對皇上呀。”

　　王承恩轉身就走，熊廷弼跟在身後低聲道:”請王公公稟報皇上，臣有罪，願受國法懲處。“說罷向熊兆珪使了個眼色，熊兆珪拿出一個托盤遞到王承恩身前。

　　王承恩看著托盤上堆滿的銀幣，笑笑道:”皇上說過，一文不取顯得假，取得多了是為貪，一塊錢當跑腿費了。“說罷取了一個銀幣，在手裡顛了兩下，大笑著向外走去。

　　熊廷弼看得目瞪口呆，

問熊兆珪:”現在京師裡內官們收錢都是這個樣子嗎?“　　熊兆珪搖了搖頭道:”大人，兒子才來不久，也不知道是不是這樣，不過上次塗公公之事，可是在周報上大肆宣揚了幾次的。“

　　王承恩回去將熊廷弼的回答說了一遍，問道:”聖上怎麽要奴婢收一塊錢呢?“

　　朱由校笑道:”不能讓你空跑呀，一塊錢你收了心裡會舒服一些，而他出了又不會心痛，這樣不是兩方都好嗎?但朕說過的，收錢超過一塊就去見塗文輔，這一點你平時也給我看著點，特別是東廠那邊，不能太相信人的自覺性，一定會有人碰在刀口上的。“

　　王承恩現在有一批手下，專門在宮內探聽消息，這是朱由校不想讓東廠蒙蔽自己的一招棋。王承恩回道:”聖上放心，奴婢會看緊的。聖上真是天生聖明，連熊廷弼會如何回答都一清二楚。 “

　　朱由校說道:”少拍馬屁，他能說什麽，原因其實朕也知道，私心也是有的，也確實會擔心遼民。將那個佟仆年抓起來，讓錦衣衛給我好好查查，這人只怕有些問題。“

　　朱由校逮捕王化貞而放過熊廷弼，這讓東林人坐不住了，張鶴鳴首先開炮了，他公然說:“化貞功罪相當，廷弼有罪無功。”而左光鬥等人則是揪住朱由校說過的功罪一體，認為不應該逮捕王化貞，而隻將熊廷弼革職，應該將兩人都下獄問罪。

　　這次朱由校已經下定決心，不再受這些大臣的蠱惑了。不過既然自己說過功罪一體，那就讓你們搞吧，他下旨由三法司確審廣寧一案，熊廷弼和王化貞於三法司聽問。並召來魏忠賢，吩咐他，熊廷弼和王化貞一案，東廠要全程監視，任何消息都不可放過，每天都要報告。

　　現在首要的問題是要找一個人去收拾遼東的亂攤子，兵部尚書張鶴鳴生怕皇帝找他的麻煩，自請去遼東，皇帝準了。孫承宗已經是禮部右侍郎了，劉一燝在三月受人攻擊於是請辭，朱由校一直不喜歡他，自然就準了，這樣內閣就只有三個人了，多名大臣上書建議內閣應該要加人了，在皇帝同意後，大臣們進行了會推，孫承宗的名字排在第一，徐光啟的名字排在第五。朱由校問過方從哲，方從哲說按規矩應該從前面開始選，也就是說如果要選徐光啟，就應該把前面四個都選上才行。於是皇帝隻好下旨:升孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士入閣辦事。張鶴鳴加封太子太保，並賜給了尚方寶劍，經略遼東。