負責這一運動的耕者有其田衙門主官楊漣的功績讓朱由校讚不絕口。他將工部的屯部和水部從工部中分離，組成新的農部，負責天下農業水利之事。而楊漣被任命為農部尚書，以原工部郎中陳所聞為農部左侍郎，管理農政農事，以原工部郎中左光鬥為農部右侍郎，管理天下水利之事。

　　 六部突然變成七部，自然讓很多人都頗有微詞。在此事未成之前，朱由校已經將消息透露給了閣臣和六部，結果通政司收到大量奏折，要求皇帝守祖宗之故例，不可隨意修改原有各部。

　　在大朝會上，朱由校說道:“三省六部，古已有之，如今六部尚在，三省呢?唐時還有政事堂呢，現在有嗎?內閣以前也沒有吧，現在呢?朕登極詔中說道，朕要除舊布新，革故鼎新，現在不過改一小小工部，就開始要朕守舊製了，按你們的意思，那就是什麽都不能動了，那還除個什麽舊，布的什麽新?”

　　除舊布新，革故鼎新幾乎是每個皇帝的登極詔中都會有的一句話。只是一直以來都是皇帝說說而已，大臣聽聽罷了，現在朱由校要來真的了，大家就覺得如果如此，那就會國將不國。這讓朱由校極其惱火。

　　好在閣臣都支持皇帝的舉措，其實大家都覺得六部每一部管轄范圍過大，尚書職權太過，而且容易出現部內扯皮現象，將六部分拆，有利於突出閣臣位置。所以閣臣與皇帝一拍即合，都同意分拆工部。

　　楊漣一躍而為尚書，左光鬥也成為右侍郎，讓很多東林人喜不自勝，覺得皇帝還是離不開東林人。然而楊漣卻在此時宣布，以後各位臣僚拜訪，只要不以同道自居，漣歡迎之至，但如果以黨派同道相訪，則敬謝不敏。

　　這話的意思是明顯了，東林人如果想以同道之名而來聯絡感情，那還是免了罷。這其實是退出東林黨的意思，這讓東林黨人很是無奈，便有人諷刺楊漣忘恩負義。

　　這讓楊漣更加不屑，於周報上登了一則聲明:東林乃大家交流學術之所，並非是朋黨相助之地。若王洽這樣的無君無父之徒，漣實羞於曾經與其為伍。楊漣之官職，乃自己習經書，過科舉，辦實事，聖君明見萬裡，乃賜之以為國盡力也，不知漣忘本在何處?從今以後，以黨派之名，以同志之稱者，皆楊漣之所惡，大家都相忘於江湖最佳。

　　這則聲明報社是收了他錢的，只是沒有廣告那麽貴。王承恩發現了一個新的利潤增長點，特意在周報上做廣告:本報承接刊登聲明，價格若乾，規矩如何。一時有人登聲明征友，有人登聲明割席斷義，大家玩得不亦樂乎。

　　陳所聞為萬歷四十七年進士，資歷本來遠弱於左光鬥。但他對農學很有興趣，自己十六歲的兒子就在研究院農事科。他在工部原來是負責屯部這一塊的，農部重點顯然要放在農事上，而水利方面朱由校有意以後獨立出來，成為一個專門的水利部。所以朱由校將他升為農部左侍郎，而擅長水利的左光鬥隻好屈居右侍郎。

　　可是左光鬥不這麽想，他覺得自己資歷高，而任工部郎中後做事也認真負責，最後卻在陳所聞以下(品階一樣，左高於右)，便以為是為東林出身所累。他一咬牙，便欲效楊漣登出聲明，反出東林。結果被他弟弟左光明勸住了。

　　左光明道:“楊漣因李三才之事和東林人生分，特別是與王洽兩兄弟一直不和，早有反出東林之意，此時刊登聲明，順理成章。而三哥此前一直與東林人牽扯不清，便是與楊漣也有過不同意見。此時效楊漣而行，則天下人會以為三哥是想阿諛皇上，只怕會得不償失。不如平日裡與東林斷絕，不再與他們摻合，慢慢地就淡了斷了，皇上自然也會看在眼裡。”

　　左光鬥對他作一揖道:“多謝八弟提醒，為兄太過於在意，反而沒有八弟看得分明。”

　　左光明回了一禮道:“三哥，我們農事科實習期盡，愚弟在三哥這裡學到了很多東西，我們來的時候教授說過，實習後如果要行水利之事，便要一人負責一條江河的治理，到時弟便是三哥麾下之將了，到時還要多多指教，有錯便要指出，不要顧及愚弟的面皮。”

　　左光鬥笑道:“這個放心，有功不會埋沒你的，有錯也不會給你遮掩，對了，陳左侍郎的公子也在你們農事科，和你不是一級的嗎?他好象沒有在實習之列呀。 ”

　　左光明道:“陳公子年紀尚小，教授不放心他到地方來實習，而是讓他和幾個年紀小的同窗去整理徐教授，哦，就是徐閣部的農書，說這本書非常重要，是以後農部的指導性書籍。”

　　左光鬥道:“徐閣部在萬歷三十五年丁憂時，便開始試著種各種作物，而萬歷四十一年時，又在天津墾殖五年，寫了許多與農事有關的文章，他認為以前的農書語焉不詳，早就想要寫一部包羅所有的農書，只是自皇上登基後，便一直受重用，輾轉於戶部吏部及內閣，自然是沒有足夠的時間來寫書了。如今既然有農事科的學生幫助，只怕很快就能成書，到時為兄就可以拜讀大作了。”

　　左光明道:“徐閣部一直受皇上重用，現在還是閣臣兼任天官，如此重職，有明一朝實在罕見。聽說是因為在陛下潛邸時便與其熟識，所以才會有如此際遇。”

　　左光鬥看了他一眼道:“光明，當今皇上不是一位以親近與否來決定重用程度的皇帝。兄弟這兩年尋思，陛下有一喜一惡，喜者，擅長於做事，做實事的人，惡者，空談而又拉幫結派也。為兄以前便是爭國本，爭三案，且以東林為重，便是犯了皇上大忌，所以便被趕出朝堂。然為兄又精於水利，做得實事，便被皇上委以北方水利之事。”

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