該劇延續《新特種兵1》結尾，當女兵們得到新情報後，她們把這情報交給了新官上任的教官手裡，然而這個教官並不知這情報是抒寫著女兵們的未來，為了找回情報小組，女兵們在政府的同意之下，成了一支展翅高飛的鳳凰，大多數人都稱之為“鳳凰戰隊”。
又過了幾年，鳳凰戰隊不斷地完成使命，將情報中的隊員全部救回到軍營裡，通過情報小組的告知，有個幕後黑手一直操控著雇傭兵的行動，他的勢力比鳳凰戰隊還強悍一些，鳳凰戰隊聽到這句話後，立刻向教官申請組織一支新隊伍，這個隊伍是輔助性的戰隊，不管鳳凰戰隊怎麽拚搏，他們就是鳳凰戰隊的一支救援部隊。
幾個月後，鳳凰戰隊的隊員損失慘重，就連自己的隊長都保不住，後來副隊長繼承隊長的職位，不料副隊長的行為惹怒整支隊伍，使鳳凰戰隊開始分裂，而這一切都在情報中記載著，教官眼看鳳凰戰隊要解散，特意跑到軍旅辦公室找首長談判，首長聽完教官的話之後，批準教官再訓練出一支暗殺部隊。