1565年9月，他再次勝利歸來，女工授予他一枚獎章以資褒獎。

　　月2日，他第三次出海。

　　女王借給他王室海軍戰船“Y穌”號和“米尼翁”號。

　　他的表弟弗朗西斯·德雷克也參加了船隊。

　　霍金斯首先在幾內亞海岸附近，捕獲、購買了500多名黑人，然後駛往西印度群島，把他們秘密地賣給當地的西班牙殖民者。

　　不料，在返航途中，船隊遭遇颶風。

　　於是，他避人西屬港口桑約安港。

　　恰巧，西班牙新上任的墨西哥總督恩裡奎斯，也率領艦隊進港躲避風暴。

　　幾天后，恩裡奎斯向霍金斯發起突然襲擊，殺傷了300多名英國船員，擊毀了“Y穌”號。

　　霍金斯和德雷克猝不及防，隻好率殘部倉促逃走。

　　他歷經艱辛，才於1569年1月回到普裡茅斯。

　　正當尼德蘭和海盜問題，攪得英、西關系不得安寧之時，西歐政局也發生了變化。

　　月5日，弗朗西斯二世逝世，他的弟弟查理士九世(年在位)繼承法國王位，並暫由其母攝政。

　　1561年8月，瑪麗·斯圖亞特回到蘇格蘭。

　　1567年，她和情夫布恩華爾伯爵，合謀暗殺了她的第二任丈夫達恩裡勳爵。

　　1568年5月，瑪麗·斯圖亞特因此被廢黜，逃往英格蘭避難，從此被伊麗莎白拘禁。

　　她的年僅13個月的兒子，繼位蘇格蘭國王，稱詹姆士六世。

　　對腓力二世來說，來自法國的威脅已經不存在了，可以放心大膽的吞並英國。

　　他向伊麗莎白求婚，但遭到拒絕，遂改變對英政策，利用瑪麗·斯圖亞特造伊麗莎白的反。

　　1568年，發生的另一件事，終於使英、西關系走向緊張。

　　霍金斯的兄弟、普裡茅斯市長威廉·霍金斯，也組織了私掠船隊，不時搶劫西班牙財寶船。

　　為了不把英國女王牽涉進去，他們的船隻，都懸掛著尼德蘭抵抗領袖，威廉·范·奧倫治的旗幟，

　　12月，私掠船把一支，滿載金條的西班牙船隊，趕進了罕威、普裡茅斯和南安普頓等，英國港口內。

　　船上的錢財屬於熱內亞銀行，準備交付給，正在安特衛普的西班牙將領阿爾伐公爵，作為鎮壓尼德蘭起義的軍費。

　　伊麗莎白設法奪取了這批餉銀，將其中一部分，轉送給歐洲大陸上的新J諸候。

　　阿爾伐哪受過如此奇恥大辱，就把留在尼德蘭的英國船只和貨物一律沒收。

　　伊麗莎白也毫不示弱，照樣沒收了留在英國的西班牙船只和貨物。

　　正在此時，傳來了“Y穌”號被西班牙擊毀的消息，更是火上澆油。

　　失去餉銀的阿爾伐公爵，一方面禁止尼德蘭與英國通商，另一方面，隻好征收極其繁重的捐稅，結果，激起尼德蘭人更猛烈的反抗。

　　而英國海盜，則繼續大肆搶劫，西班牙在美洲殖民地的財富。

　　就這樣，從1568年起，英、西關系逐漸緊張。

　　腓力二世支持英國的TZ教徒，伊麗莎白也開放英格蘭，供荷蘭新J叛徒避難。

　　從月起，英國國內外的TZ教勢力，就開始議論英國最後一個TZ教公爵，諾福克公爵與瑪麗·斯圖亞特的婚事，並展開一系列陰謀活動，企圖擁立瑪麗·斯圖亞特為英國女王。

　　1571年，腓力發動了李多費陰謀，想用阿爾伐所屬的6000人，支持英格蘭境內的TZ教叛變，並在英國重建TZ教的X仰。

　　但伊麗莎白發覺了這個陰謀，鎮壓了貴族叛亂，並於1572年6月，處死了諾福克公爵。

　　於是，英國與西班牙的矛盾更加尖銳。

　　由於腓力二世正在對土耳其人和荷蘭人作戰，所以一時間無暇顧及英國。

　　伊麗莎認為腓力的克制只是暫時的，一旦他騰出手來，就會設法剝奪她的王位。

　　因此，她著手加強英國的防禦，開始重建一度曾被忽視的英國海軍。

　　霍金斯奉命重建海軍，他對戰船和火炮進行了改革。

　　霍金斯設計的快速艦，取消了高聳的前後船樓和艦首的撞角，這種戰船重量輕，航速快，機動性強，威力更大。

　　他還在戰船上，安裝了射程較遠的長炮，又叫寇非林。

　　當時軍艦上普遍使用的火炮有三種:加農、寇非林和皮裡爾。

　　皮裡爾是一種落伍的火炮。

　　它射程較短，且只能發射20磅的石彈。

　　加農和寇非林則是戰船上的主要裝備。

　　這兩種火炮的特性如下表:加農口徑為7.25英寸、彈重50磅、最小射程340米、最大射程2000米。

　　寇菲林口徑為5.25英寸、彈重17磅、最小射程400、最大射程2500米。

　　西班牙人的戰術目標為，先使敵船喪失戰鬥能力，然後再攀登上敵船進行白刃格鬥，所以，船上多裝備加農炮。

　　英國人的目標，卻是在遠距離擊沉敵船，或迫使它易幟投降， 所以盡可能地多裝備寇非林。

　　霍金斯的改革，為英國人戰勝西班牙艦隊奠定了基礎。

　　他的表弟德雷克，在年和年，兩次遠航美洲，奪取了豐富的戰利品。

　　僅1573年春，他在巴拿馬地峽，就搶劫了5噸黃金和數不清的奇珍異寶。

　　他回到普利茅斯時，受到空前熱烈的歡迎，被譽為“自由英國的旗手”。

　　1577年，德雷克得到樞密院的默許，決心要打破西班牙在太平洋的獨佔地位。

　　他率領5艘船隻，開始做周遊世界的航行。

　　一路上，他在未設防的美洲西海岸奪取大量金銀，接著突襲了凡爾巴萊索，搶劫了塔拉巴卡，

　　捕獲了西班牙最大的運寶船“卡卡弗哥”號，還駛入了舊金山灣，以伊麗莎白女王的名義，將其收為英國領土，定名為新阿爾賓。

　　1580年9月，他返回英國，帶來了價值約50萬英鎊的財物。

　　這些財物，相當於英國王室一年的全部收入，伊麗莎白女王則分到16.3萬英鎊。

　　她還親自訪問了，駐扎在普利茅斯港口的德雷克艦隊，並在德雷克的旗艦“金雌鹿”號的後甲板上，封他為爵士。

　　西班牙駐英國大使，要求伊麗莎白賠償德雷克造成的損失，結果一無所獲。