多鐸很快就從李自成手中奪取了河南的開封和洛陽，但是他沒有繼續攻打汝寧和歸德兩地，這兩地由明朝河南巡撫陳潛夫和總兵高傑駐守。

　　高傑剛剛從南京返回歸德府，為了增加河南的防禦，朱由檢將剛剛打造好的十門火炮劃給了高傑的河南軍。

　　高傑當初是李自成的手下，後來因為和李自成的一個小妾有染，為了防止事情暴漏之後，被李自成處死，於是高傑帶著李自成的這個小妾直接逃走了，投奔了明軍，後來因為戰功一路做到了總兵的位置。

　　高傑不是明軍中唯一的一個李闖出身的將領，此時在山東的楊彪和宋企郊兩人，都是李自成的手下。

　　還有一個就是李岩，此時李岩已經跟隨朱由檢來到南京三個多月了，李岩身上的傷已經痊愈了。

　　在朱由檢的一番安撫和勸慰之下，李岩同意為朱由檢效命，朱由檢隨後就給了李岩一個參謀的職務。

　　參謀這個職務非常特殊，是朱由檢設置的，這個時代還沒有專業的參謀，朱由檢非常清楚參謀的重要性。

　　尤其是在後世的現代軍隊中，很多專業的事務，都是由參謀負責的，這也避免瑣碎的事情分擔將領的作戰經歷。

　　朱由檢成立了大明帝國參謀部，李岩被任命為總參謀官，負責對錦衣衛收集的情報進行分析，同時為朱由檢作戰提供幫助，制定作戰計劃，為皇帝和樞密院出謀劃策。

　　這也是朱由檢建立的第一個專業的軍事輔助機構，參謀部將直接取代內閣對軍事的參悟，將具體的軍事作戰計劃和大明軍事行動提供謀劃的事情全部承擔了。

　　雖然朱由檢設置的參謀部是個全新的機構，但是位置非常重要，並且直接對皇帝負責，也就是說裡面的官員都是皇帝任命，內閣和吏部無權過問。

　　同時朱由檢還恢復了樞密院，任命江陰知府閻應元為樞密使，總領樞密院的軍隊政務，朱由檢明確樞密院為作戰指揮機構，負責調動大明軍隊，統禦將領作戰，直接接受皇帝指揮，也就是戰時的總司令部。

　　樞密院和參謀部兩個部門全部都歸屬皇帝直接負責，這也直接將兵部的權利大大削弱。

　　兵部現在負責新兵的招募和訓練，還有將領和士兵的軍功賞罰，軍籍的管理，軍官的培訓，還有軍械物資的製造，已經和直接統兵打仗沒有任何關系了。

　　朱由檢隨後將錦衣衛並入了參謀部，鞏永固也直接在參謀部擔任參謀一職，直接負責情報的收集。

　　朱由檢的一番任命，立刻將大明朝的兵權完全獨立出來了，最重要的兵權完全掌握在皇帝手中。

　　尤其是樞密院直接歸屬皇帝指揮，樞密院有統禦將領帶兵作戰的權利，這樣各地總兵就直接接受樞密院的指揮，其實也就是接受皇帝的直接指揮。

　　一改之前大明內閣和宦官專權，乾預軍隊指揮作戰的局面，大大地提升了軍人的地位和作戰的職能，軍人也有了一個安心的機構，以後不會有外人指手畫腳，他們直接接受樞密院的軍令，其實也就是皇帝下達的作戰命令。

　　而且皇帝的作戰計劃都會出自參謀部，參謀部也直接對皇帝負責，這個環節都避免了內閣文臣和宦官的插手。

　　本來朱由檢也想將兵部獨立出來，但是兵部的職責中有很多都是需要內閣協調的，兵部和工部也有交際，兵部的軍械大部分都需要工部來製造，而且軍事物資也涉及到很多機構，如果單獨將兵部獨立出來，

後來的協調合作將會非常困難。　　於是朱由檢就將兵部繼續留在了六部之中，由皇帝本人和內閣一同統禦，這樣也可以方便協調物資的調配。

　　隨著朱由檢的一番改革，明軍的管理立刻規范起來，同時朱由檢還對明軍一線作戰部隊將進行了整編。

　　各地方的部隊統一由總兵統領，暫時按照原來的編制方式執行，但是南京的二十萬新兵則是全部改用全新的編制。

　　朱由檢對作戰單位進行了全新的設置，之前衛所設置的有仕長，鎮撫，百戶，千戶，指揮使等官職，然後就是參將，總兵之類的，最高的就是總督，也就是總督府。

　　朱由檢認為此時大明的衛所制度已經荒廢了，於是徹底改變了軍隊的編制，將軍隊編制而分為班，排，連，營，團，師，軍，集團軍。

　　對編制進行了改革，隨後朱由檢又開始實行全新的軍銜制度，遵循軍銜製指揮原則，誰的軍銜高，就由誰來指揮作戰。

　　此時在西洋世界，已經出現了現代軍銜制度，朱由檢也就直接參照執行了，從普通士兵開始，分為一等兵，二等兵，三等兵，四等兵，五等兵，其中五等兵是最低一等。

　　這是朱由檢根據士兵服役年限制定的，朱由檢制定的士兵服役年限一般為五年，所以就設置了五個等級。

　　士兵上面是士官，分為三等，分別為上士，中士，下士。然後就是尉官，分為上尉，中尉，少尉。上面的校官分為上校，中校，少校。將軍分為上將，中將，少將，最高的為元帥。

　　朱由檢也製作了對應的軍銜，於是朱由檢整天都在忙碌著南京軍隊的改革，將全新的一套軍銜制度推行進入了軍隊之中。

　　於是南京招募的二十萬軍隊，加上之前的各地守衛部隊，一共二十五萬，劃分為四個軍，

　　分別為第一軍，第二軍、第三軍、第四軍，分別任命四位軍長，也是之前南京轄區的四個總兵，授予少將軍銜，每個軍下設三個師，設置上校指揮。

　　朱由檢用各地送到南京的老兵和軍官，共計上千人，還有從新兵裡面選拔出來的考核甲等的優秀士兵，組建起了這二十五萬軍隊的軍官階層。

　　其中實力最強的當屬指揮南京守衛任務的李守榮的第一軍，麾下六萬軍隊全部都是精銳。

　　各軍統一聽命樞密院的作戰指揮，至於各地方的軍隊，朱由檢則沒有令他們整改，暫時按照原有的編制訓練作戰。

　　朱由檢知道明軍想要走的更遠，就必須要接受現代的軍事體制，如果繼續使用原有的體制，不僅會限制明軍，最後還會導致明軍墮落腐敗。

　　大明朝的衛所制度就是如此，最後很多衛所荒廢，士兵成為了軍官的私人財產，甚至給軍官乾私活，當初的京城的京營就是如此，很多士兵都成為軍官的奴隸，整日去給軍官乾私活掙錢，今天去跑一趟貨，明天蓋個房子。

　　所以朱由檢直接廢掉了原有的編制，全面采用現代軍製，同時令樞密院統兵，軍隊遵循軍銜指揮原則，一切聽命於軍銜最高的人，同時執行嚴格的考核制度，制定軍官的上升通道，定期舉行軍官招募考試，讓普通士兵都有機會參加，只看成績和武藝，不再看出身。

　　還有一個重要的改革就是軍餉的改革，以前軍隊的軍餉都是有上官發放，但是這也往往會讓軍隊成為上官的附庸，也就是說誰直接發錢，誰就是主人。

　　朱由檢將軍餉的發放全部收回，統一由不統兵的兵部來發放，每個士兵按月就可以到兵部領取一張軍餉券，和銀票差不多，然後隨時都可以去府庫兌換糧食，而且朱由檢明確規定，軍餉券就有錢幣價值，可以從大明治下的錢莊兌換銀兩。

　　朱由檢在南京城折騰了兩個多月，才將這套全新的制度落實完成，成果也非常明顯，軍官士兵面貌煥然一新，軍隊士氣立刻得到了提升。

　　但是朱由檢的改革也直接觸動了很多傳統官員思維底線，他們認為朱由檢這是在顛覆祖宗宗法社稷。

　　其中反彈最大的當屬東林人，他們認為朱由檢這樣的改革將直接讓皇帝掌控兵權，這是對文官集團最大的威脅，從此之後文官將無法指揮控制武將，這是文官最不願意看到的局面。

　　尤其是東林人，整天上書勸阻朱由檢的改革，認定樞密院當歸屬內閣統禦，同時廢除參謀部，因為一個參謀部就將他們這些文官事情拿走了。

　　在文官眼中，士大夫治天下才是正道，所以軍國大事一切都應該是文官士大夫來制定， ，那些武將只是附庸執行的人。

　　但是現在冒出來一個參謀部，將分析敵情，制定作戰機會，為皇帝出謀劃策的事情全部都承擔過去了，那他們這些文官還幹什麽?

　　不僅是東林人，朝堂上面的很多官員都對朱由檢的這種軍隊改革很不滿，甚至認為可能會讓將軍隊失控，或者是讓樞密院成為另外一個內閣，和內閣對抗。

　　就是一向沉穩的范景文，都對朱由檢的改革提出了異議，他認為朱由檢的改革太過冒進，讓樞密院和參謀部的權利過大，很可能導致軍隊失控。

　　其實朱由檢完全明白這些文官的勸阻是為了什麽，因為他們不願因看到武將和他們平起平坐，從宋朝開始，武將就是文官集團的附庸，這已經延續了數百年。

　　但是朱由檢直接改變了這一切，樞密院和參謀部直接對皇帝負責，皇帝和文官鬥爭了兩百多年的大明朝，此時皇帝一下子掌握兵權了，這不僅讓皇帝權利更加巨大，還讓武將也有機會和文官們平起平坐了。

　　這些都沒有說動朱由檢，朱由檢還是在兩個月內完成了改革，將南京地區的二十五萬軍隊全部整編完成，然後開始訓練作戰。

　　朱由檢非常清楚，現在必須要重用武將，如果大明朝繼續讓這些文官掌權，在那裡紙上談兵，最後真的就要滅亡了。

　　看到皇帝“執迷不悟”，不滿的東林人已經無法忍受，不僅是因為朱由檢的軍隊改革觸動了文官集團利益，更重要的是朱由檢來到南京之後，沒有重用東林人，所以他們坐不住了，他們要行動了。