朱由校跑完十裡地負重越野後，退到演武場看台上休息。旁邊侍候的魏進忠魏公公給皇上捏腰捶腿，端茶送水。內閣首輔孫承宗在調度軍隊隊列，進行下一輪的長跑測試。

　　皇帝這樣做完全是為了效仿後世的軍隊的負重越野長跑。長跑可以鍛煉人的意志力和耐力，朱由校希望能培養出一只有戰鬥力能打苦戰的部隊。十裡地的負重長跑，朱由校的要求是兩刻鍾，也就是在三十分鍾之內跑完。朱由校把計時工具都帶到武教場來測時，皇帝借助脈輪的力量不到二十分鍾就跑完了。在後世的部隊，這也可以算是拔尖的水平了。這次長跑比賽也可以說是給士卒分層次的比賽，只要是能跑進兩刻鍾的士卒，今晚可以享受兩葷兩素的大餐，鹹菜乾糧無限量供應。跑不進兩刻鍾的士卒在三刻鍾之內跑完，夥食照舊，還是一葷一素，鹹菜乾糧分量加倍。如果三刻鍾都沒有跑完的話，這些士卒就要做好退役的準備了。皇帝會給他們發一筆遣散費，從軍屯裡分出一些土地給他們耕種，名義上還是軍戶，但是實際上就等同於老百姓了。

　　皇帝這樣做的目的就是裁掉軍隊裡的老弱病殘，戰爭的勝負並不在於人數的多寡。兵不貴多而在精，朱由校是知道這個道理的。起初，皇帝剛登基的時候，京軍有九萬多人。底層士卒年齡在四十歲以上的人裁掉，有特殊技能的例外。比如說喂馬喂得好，射箭射的好，識文斷字的老卒可以讓他們當教官教知識。再就是裁掉一部分身體有疾病或者殘疾的士卒，這麽一裁員京軍三大營就只剩下七萬五千多人。根據這個長跑比賽的結果，最終留在軍營的可以打仗的士兵只有六萬余人。

　　孫承宗現在的任務是管理京軍的訓練和軍資供應，到了明年年初軍伍訓練進入正軌，皇帝會招募兩萬年輕的新兵來補充京軍，那個時候他會更加忙碌。孫首輔熟讀戚繼光戚將軍所寫的《紀效新書》和《練兵實紀》，對於現在軍隊的訓練他投入了很多自己的想法。

　　首先是要搞好組織編制，明確責任關系。沒有編制的士兵就是烏合之眾，烏合之眾是不能打仗的。營將管把總，把總管哨官，哨官管哨長，哨長管隊長，隊長管士兵。從積極方面講，就是說各級都可以選擇他們平素熟悉的認為能夠擔當這種責任的下屬;從消極的方面講，被選擇的下屬一旦作戰時畏縮、退逃，平時惹事生非，挑選的人也要承擔一分責任。這就使得軍隊上上下下緊密聯接在一起，有利於步伐統一，共同對敵。戚繼光在南方抗倭時組建戚家軍以十二人為一隊，四隊為一哨，四哨為一官，四官為一總，四總為一營，基本上是四進製。不僅如此，戚繼光的編制還是對應陣法的。戚繼光這種軍隊編制和明軍的傳統編制是不一致的。第一，明軍的傳統編制沒有和戰鬥隊形結合起來;第二，明軍的傳統編制基本是五或十進製，如十個小旗為一個百戶所，十個百戶所為一個千戶所，五個千戶所為一衛。相比之下，孫承宗更喜歡戚繼光的軍隊編制，各級聯系更緊密，指揮更加靈活。

　　其二是準備好的武器。軍隊編成了，沒有武器依然不能打仗，因此必須給每個士兵配備武器。在配備武器時，孫承宗認為應該講究人和武器的完美結合。就是讓不同年齡、不同體格和不同素質的士兵使用不同的兵器。這樣既能充分發揮士兵的長處，又能充分發揮武器的威力。比如說年力老大的士兵使用大盾，年少便捷手足未硬的士兵使用藤牌。

　　其三是練號令。選好了兵，編成了隊伍，配備了武器，軍隊已經組成，但還不能打仗，因為沒有經過訓練。明太祖洪武皇帝朱元璋就講過:“刃不素持，必致血指，舟不素操，必致傾覆，弓馬不素習而欲戰者，未有不敗者。”訓練首先是練號令。指揮軍隊靠的是旌旗金鼓，所謂“夜戰多火鼓，晝戰多旌旗”。擂鼓要進，鳴金要止;旗指東則東，指西則西;有令則進，有禁則止。只有這樣，全軍步伐一致，萬眾一心，共同對敵，才能奪取戰爭勝利。不然，幾千、幾萬軍隊毫無秩序，亂成一團，必定吃敗仗。現在陛下招募了大量的秀才學生到軍營裡教士兵們讀書寫字，正好就把旌旗金鼓號令的具體條款，刊印發給士兵研讀並背誦。軍營還要定期考核士卒號令是否記熟。如果一條記不下來，就要罰打一板。記熟號令還不夠，號令還要保證絕對執行。如擂鼓該進，就是前面有水有火，若擂鼓不住，便往水裡火裡也要前去。如鳴金該退，就是前面有金山銀山，若鳴金不止，也要依令退回。違反號令的話，如果沒誤事，就執行杖打;如果誤了大事，就只能軍法從事。

　　其四是練習技藝。武藝包括使用火器的技術和使用領兵器的武藝，總之是殺敵的本事。士兵不會武藝，就強迫他們上戰場，那就是讓敵人屠戮他們。孫承宗認為首先要向士兵講明，練武藝是和他們切身利益甚至生死密切相關的，從思想上激發士兵練武的熱情。還有就是要讓將領或者教官耐心的事無巨細的把武藝傳授給士卒。士兵學會武藝以後，還要接受考核賞罰。技藝練得如何，要定期考核。考核要考對敵的真本事。火器要設立靶子，冷兵器要對打。制定嚴格的標準，分上、中、下三等。武藝沒有精進的士卒，第一次可以免責，第二次就要受罰，總是原地不動的士卒就要被裁掉。 不僅對被考核的士兵進行賞罰，就是士兵所在各級單位的各級軍官，也要根據所屬士兵考核成績的好壞而受賞或受罰。其所屬部伍考核總成績被評為中下等以上的受賞，被評為中下等以下的受罰。在這種嚴格的賞罰制度下，技藝練得好壞和上上下下每個人的切身利益都掛上鉤，不僅士兵要不斷提高自己的技藝，軍官也要十分關心自己士兵技藝的提高，技藝水平怎能不迅速提高呢?

　　其五是練習陣法。在陣法方面，孫承宗了解的不如當年戚繼光的高徒沈有容。等沈有容來到京城，讓他訓練京營陣法。

　　最後是練膽。士兵選好，編組成軍，又進行了號令、武藝、營陣的訓練，是不是就可以打仗了呢?應該說是可以打仗了，但勝負就很難說了，因為還有一個關鍵的問題就是士氣。一仗是勝還是敗，在很大程度上取決於士氣。士氣時高時低，不會始終高漲。要始終保持高昂的士氣，將領就要治氣。孫承宗認為士氣是來自於士兵的內心。練士兵的心氣，總的來說，最重要的是選拔能自身做出表率的將領。榜樣的力量是無窮的，將領自身做好了，對士兵就是一種無聲的教育和感化，士兵就會跟著學。相反，上梁不正下梁歪。如果將領沒有為國為民的獻身和勇敢精神，盡管你講得頭頭是道，士兵也不會相信，不但不信，而且還會產生反感，根本達不到教育的目的。

　　孫承宗把他的六點想法，寫成奏疏呈遞給皇上。又跟皇帝當面討論了很久，皇上非常高興，並批準了他整治京軍三大營的全部要求。