匆匆趕來救援的三位城門守將，卻發現總督馬士英都已經死掉了，他們跟朝廷作對肯定不會有什麽好下場。　　於是，幾人紛紛上前拜見史可法，表達了對皇上、對大明朝廷的忠心。

　　史可法滿意地點了點頭，然後命令全城戒嚴，進行軍事管制，並開始搜捕馬士英叛賊余黨。

　　將總督府的戰場打掃乾淨，戰後事宜安排妥當後，史可法親自出城，去位於城北的鳳陽大營釋放刑部尚書張慎言。

　　看到史可法出現，已經被看守士兵折磨得筋疲力盡的張慎言不甚唏噓，歎道要不是史可法及時出現相救，恐怕他就要忍不住撞牆自盡了。

　　張慎言全身是傷，都是被馬士英派來的看守折磨的，但還好都是皮外傷，沒有內傷，養一段時間就好了。

　　史可法對他寬慰了一番，道皇上會記得他的功勞的，請他安心養傷，回到南京繼續為皇上效忠。

　　然後，史可法再回到城內，坐鎮鳳陽府處理軍務，安撫民心。

　　雖然戰鬥只在總督府一隅之地發生，但城內軍隊的調動廝殺聲還是驚醒了無數睡夢中的鳳陽老百姓。大家整個後半夜都沒有睡踏實，生怕發生了什麽叛亂，讓鳳陽府陷入戰亂，老百姓就沒什麽好日子過了。

　　還好，史可法及時派人貼出的告示告知了大家，只是馬士英等一小撮人犯上作亂而已。叛亂已經被兵部尚書史可法率領官兵平定了，讓大家不要驚慌，照常生活。

　　天亮後大家打開門，看到街上沒有任何混亂，加上史可法貼的告示，也讓大家放下了心，開始照常過日子。只是暗地裡議論一下馬士英堂堂總督，怎麽就成了叛賊，被朝廷給剿滅了呢。

　　六月二十四日早上，史可法親筆簽署的軍令向四面八方的傳了出去。史可法下命令讓鳳陽城外的各大軍營、轄下各縣衛所的主要軍官必須於六月二十七日前趕到鳳陽城向他報道，並且不得帶一兵一卒。逾期不到者，視為馬士英叛賊余黨，予以剿滅。

　　三天過後，接到史可法軍令的鳳陽中都留守司轄下各大軍營、衛所的軍官都趕到鳳陽府向兵部尚書史可法報道了。只有潁川衛指揮使馬士嶺帶著親人家眷，在數十名親兵家將的保護下，連夜離開潁川，向北方逃跑，投靠大順去了。

　　因為，馬士嶺是馬士英的族房堂弟。聽到堂兄馬士英被史可法當叛國賊殺了，馬士嶺自然不敢自投羅網，跑來見史可法。

　　不僅不敢來見史可法，他反而當機立斷，帶著親人家眷連夜逃跑了，生怕被史可法當馬士英的同黨抓起來。

　　一個小小的衛所指揮使逃跑，當不得史可法去追捕，只是派了另外一個軍官前去接收了潁川衛的指揮使職務，履行潁川衛的防衛工作。

　　馬士英叛黨集團的覆滅，給江北其他三鎮總兵造成了極大的震懾。

　　江北四鎮總兵手中掌握的軍隊，加起來有近二十萬人，佔到南京朝廷現有正規軍的一半，實力相當雄厚。高傑、劉澤清、黃得功三人得到馬士英的傳信，邀他們結成聯盟，擁兵自重、共同進退，三人也是有點蠢蠢欲動的。

　　不料，接到馬士英的信還沒幾天，三人都還沒考慮好呢，馬士英就被是史可法殺掉，總兵劉良佐也被俘虜，即將押往南京判刑了。

　　這一下，高傑三人自然不敢再妄動，紛紛上書朝廷，表達了他們對朝廷、對皇上的耿耿忠心。從今往後，三鎮總兵唯朝廷之命是從，朝廷讓他們幹什麽，

他們就幹什麽，絕無二話。　　這些表面文章，只能去哄小孩子，楊毅和史可法都是不信的。

　　高傑三人不過是因為局勢不明朗，本著小心謹慎的思想暫時向朝廷表示屈服而已。如果朝廷沒有當機立斷，除掉馬士英，表現得軟弱可欺的話，這三人恐怕就要跟著造反了。

　　現在除掉最大的毒瘤馬士英，抓到違法亂紀、夥同叛亂的劉良佐，能讓其他三鎮總兵暫時屈服，也算達到了楊毅的目的了。

　　鳳陽只是因為中都的名義，加上抵抗大順軍南下的原因，臨時設置了一個總督的官職。當馬士英叛黨被剿滅後，總督的設置就可以取消了。

　　崇禎十七年六月二十九日，崇禎皇帝下達聖旨，任命在剿滅馬士英叛黨一役中立下大功的金運虎為鳳陽總兵，總領鳳陽府軍務。其他參加平叛的官兵如饒勁銜等人，各有提拔賞賜。

　　七月初三，史可法將鳳陽府所有軍務交代給金運虎後，押著劉良佐、黃道權等叛黨成員返回了南京。一同返回的，還有傷勢養得差不多的刑部尚書張慎言一行。

　　經過刑部和大理寺幾天的審訊，劉良佐和黃道權等人最終承認了違法亂紀、倒賣軍糧、跟隨馬士英謀圖叛變的事實。

　　崇禎十七年七月十四日，南京大理寺宣判劉良佐、黃道權等馬士英叛黨成員死刑，秋後問斬。

　　各叛黨罪犯的家人，三族以內成年男性發配西南邊疆充軍;成年女性強製進入工部、戶部的國營工廠作坊做工服役;未成年孩童，強製分配給九族以內親屬撫養。

　　並且，三族以外、九族以內的親屬，要在官府的監督下生活、勞作，不許擅自離開家鄉。

　　這些，都是在楊毅的干涉下形成的判決。

　　如果按明朝當時處理犯上作亂的叛黨反賊的例行做法，劉良佐等人三族以內的親屬就要全部被斬首示眾，九族以內親屬全部充軍服役，連孩童也不能幸免。

　　楊毅覺得這種處罰太過殘酷，就進行了干涉，隻追究了劉良佐等主犯的刑事責任，他們家屬的連帶責任被大大減輕。雖然還是比後世的刑罰嚴苛，但對明朝的人來說，楊毅此舉就已經當得起“仁慈君主”的評價了。

　　原來的崇禎帝朱由檢大權獨攬、獨斷專橫、性格暴虐，經常撤換、斬殺大臣，給人一種“暴君”的感覺。現在楊毅以崇禎帝的身份做出這樣的指示，連叛黨反賊也不大搞株連了，也算是給崇禎帝挽回了一些名譽。

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