在突圍中，一發炮彈突然命中了施琅急行中的座船船倉。倉內的舵手被當場轟成了渣滓碎肉，炮彈起落間濺起的火星將船倉內的火藥點燃了，一陣連環爆炸後，整艘船頓時陷入了漫天大火之中，由於事發倉促，準備不足，火勢迅速蔓延，將船帆也連帶著燒著了，船上的清兵們救援不及，沒了船帆的輔助，船的航速越來越慢，立馬被後面尾追的明軍船隻圍上了。　　站在甲板上的施琅已經清楚地認識到了這場最終較量的勝負，他拒絕了手下提出的乘小船繼續突圍的建議，仰天長歎一聲，拔劍自殺。終為明軍所敗！施琅帶著滿腔的不甘，隨著他已經被大火燒毀了的旗艦一起沉入了這片讓他折戟沉沙的北江中。一個未來幫助清廷攻下台灣，覆滅鄭氏政權的絕世梟雄，在穿越者的蝴蝶效應下還沒來得及嶄露頭角就離開了歷史的舞台，也算造化弄人了。

　　先鋒和統帥的相續死去，清軍水師已經沒人領導成了一片散沙，在明軍船隊的連番攻擊下他們終於成功發展成了大潰敗。

　　經過一番搏鬥，此次清軍參戰的全部八艘大型戰船中，除了五艘一開始即被火船搭住焚毀，還有包括施琅座船在內的兩艘大戰船則在突圍中被明軍火炮擊沉或觸礁被擊沉。

　　明軍在廢掉了清軍水師七艘大戰船的同時還活捉了一艘大戰船。在追擊過程中，明軍的船隻圍上清軍的那艘大戰船後，紛紛跳幫而上，與船上的清兵展開肉搏戰，奮力廝殺，最後將船上的清兵連同那艘大型戰船成功作為戰利品擄獲，實現了對清軍的大型戰船俘獲為零的突破。加上被明軍俘獲的，清軍水師中的八艘巨無霸全部熄火了。

　　其他的中小型戰船在追擊過程中不少直接被明軍的火炮擊沉，船上上千名清軍葬身北江，此時天空被火焰映紅，江水也幾乎被鮮血染紅，炮火與硝煙將原本寧靜的江面燒成了沸騰的地獄，其場景之恐怖不可名狀，所幸的是一切都結束了，明軍水師勝了。

　　隨著招降令的頒下，除了二十幾艘中小型戰船僥幸逃掉外，其余被圍住的戰船不是被俘獲就是投降了明軍。

　　此次北江水戰，明軍水師共擊毀清軍七艘大型戰船、擄獲一艘，擊毀中型戰船五十余艘，俘獲二十余艘，小型戰船無數，俘虜清兵八百余人，燒死與淹死的不計其中。除此之外還繳獲紅夷大炮十門，弗朗機火炮八門，虎蹲小炮四十余門，鳥銃四百余杆，弓箭、刀槍、火藥等無算，遺憾的是沒有軍國利器鐵甲，只有皮甲幾十副。

　　明軍一方，幾次水戰下來，共陣亡軍士三百二十二人，重傷三百五十余人。傷亡主要是之前派勇士乘火船衝鋒時，還有交戰初期，前鋒水師被圍殺造成的，戰船上，損失了一艘大戰船，十四五艘中型戰船，還有三十余艘小戰船，大多是交戰初期，前鋒被清軍主力水師追逐圍困那會兒損失的。

　　好在水戰勝利，俘獲了不少清軍的船隻，其中有不少還是完好無損的，可以快速補充到水師部隊中去，只要讓水師營兵們操作幾天，立馬就能形成戰力。

　　永歷元年，清順治四年(1647年)四月下旬，歷時幾日的水戰終於在北江橫石磯以明軍水師取得大捷為最終結果，畫下了圓滿的句號。在這場水戰中，水盜出身的統製官余龍大膽試用了新式火攻戰法大破精於水戰的清軍施琅部水師，僥幸之余效果確實顯著，天子論功行賞，余龍位居首功，特賜昭毅將軍印，以資鼓勵。在這之前陸師都統製焦璉已因屢立戰功，

被賜龍虎將軍印，副統製吳繼嗣被賜定國將軍印，至此余龍成為天子親軍中除了此二人後第三個被賜將軍印的大將。　　軍隊稍稍休整了一兩天后，朱由榔授令余龍指揮明軍水師馬不停蹄，趁勝前進！

　　清軍統帥李成棟此次派來圍剿的四千水師雖然幾近全軍覆沒，但陸師主力還在，明軍的一萬侍衛親軍論野戰暫時還不是李成棟軍的對手，所以直接指揮侍衛馬步軍前往清遠解圍並不穩妥，搞不好被李成棟來個圍城打援，清遠的義師沒救成，又把侍衛親軍搭進去就慘了，但是清遠義師又必須要救，截斷糧道和歸路雖然能迫使李成棟撤軍，但是誰知道，他是攻克前撤還是攻克後撤呢?萬一他憋著一股氣，一定要攻下清遠後再撤呢?

　　所以還是用水師輔之以一定的陸師充當陸戰隊救援保險一點，現在製江權在明不在清，北江上已經是明軍水師的天下，清軍留在清遠的一千余人的水師已經不足為患，何時進攻，選在哪裡進攻都由已經牢牢掌握了戰爭主動權的明軍水師說了算了。

　　朱由榔覺得如今己方水師士氣正旺，正好趁次機會擴大戰果，一舉將清遠殘余的清軍水師解決了，徹底斷掉李成棟的一隻臂膀。

　　幾百艘大小戰船，載著五千水師，兩千陸師沿著北江一路直上清遠，到了清遠附近的回岐鎮時，才開始出現清軍的營寨和碼頭，明軍不管三七二十一，把它們全部打下了，清軍的主力水師覆滅，導致這些據點的防禦也變得十分薄弱，被明軍輕而易舉的一個個拿下了。

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