上千艘船隻浩浩蕩蕩的行駛在長江之上，前後距離拉了數十裡。逆流而行，速度不是很快。好在雖是冬季，卻依然有風，獵獵北風吹來，吹在桅杆上的縱帆上，帶動著船隻向西而進。船行八面風，說的就是這種情況。
正月七日，任思齊所乘坐的“公主號”抵達江陰城外江面，遙望南方，數裡外殘破的江陰城牆依稀可見，回想幾個月前的這場歷時八十余的激戰，任思齊不由得心潮起伏。閻應元等人到了崇明，他屬下的江陰鄉兵也被編入了軍中，成為了崇明的一員，閻應元也被任命為鎮將，此次也跟著一同出征。
正月十五日，先鋒船隊到達了鎮江江面，受到了鎮江和江北瓜洲清軍的兩面夾擊。茅十八指揮著船隊奮力迎戰，擊潰了江上的清軍水軍，擊沉燒毀了百余艘戰船，打的清軍龜縮在水寨中不敢出來。薛雨來親自率領手下水軍攻上北岸瓜洲，殺入了清軍水寨，殺死殺傷清軍三千多人，繳獲了紅衣大炮二十余門。這是洪承疇下令從南京運來的火炮，為的是建立炮台封鎖長江，誰知還未等發揮作用，就被崇明軍繳獲，實在是崇明軍出兵時機選得太好，大過年的誰想到會有敵人從江上進攻！
擊潰了瓜洲的守軍之後，茅十八指揮所有船隻逼近了南岸，船上所有火炮衝著鎮江城展開了猛烈的轟擊。
鎮江卡在南運河匯入長江之處，北面通過瓜洲直達揚州，地理位置無比重要。要想攻伐南京，就必須打下鎮江以為基礎。
鎮江的守將是綠營總兵馬得功，原是南明靖國公黃得功手下的悍將，在阿濟格攻打蕪湖之時，和田雄一起投降了滿清，仍被任命為總兵。
馬得功手下有綠營兵五千余人，大部分都是跟隨他多年的精銳，戰力強悍。可是看著江面上龐大的船隊，馬得功頓時生出了陣陣的無力感。他手下的士兵在精銳，可也無法開到江上和明軍作戰！
僅有的百余條戰船已經被明軍擊沉，鎮江現在陷入了只能挨打不能還手的境地。明軍船上的火炮實在是太過厲害，隔著七八裡的距離仍能準確的擊中鎮江城牆。
茅十八手下船隊的主力是一百艘三桅帆船，每艘船的船頭都安放著一門紅衣大炮，而他的旗艦飛魚號更是一艘西式帆船，船上的大炮有二十四門之多。這次為了攻伐南京，任思齊已經下了血本，把所有積存的實力都拿了出來。
上百門紅夷大炮的輪番轟擊，威勢驚天動地，聲震九霄，鎮江城牆被轟擊的堆碟齊飛，千瘡百孔，城上的守軍被炮擊的聲勢嚇得魂飛魄散，身邊同僚的骨斷筋傷更使得他們膽戰心寒。上百門紅衣大炮的同時轟擊，這在大明的歷史也很少見到，哪怕是多鐸攻打揚州江陰，也只是調集了幾十門的紅衣大炮參戰。
紅衣大炮不是普通的虎蹲炮佛朗機小炮，可是重量達五千斤的巨炮，這種火炮每一門鑄造的價格都需要數千兩銀子，其重量又決定了只能安放在城頭，不方便隨意移動。所以對一般的城池來說，城牆上可能會有幾十門甚至上百門火炮，可是真正的紅衣大炮卻是極少的。
誰能想到崇明軍竟然把紅衣大炮搬上了戰船，並且一下子就是上百門之多！為了迅速的攻佔鎮江，任思齊幾乎把所有的紅衣大炮都撥掉給了茅十八軍中。
火炮繼續轟鳴著，鎮江城頭的清軍根本不敢露頭，炮彈越過城牆落入城中，房倒屋塌整個鎮江城被砸的千瘡百孔。
在火炮的掩護之下，數百隻沙船進入了運河，

在運河東岸放下大隊的崇明軍步兵。
鎮將陳名揚帶著五千士兵，向著鎮江城攻去。
運河邊到處都是屋舍樓宇，運河和長江的交匯處非常的繁華，哪怕是鎮江城外依然熱鬧的像集市一樣。今天更是元宵佳節，使得各處更是熱鬧非凡。
崇明軍來的太快太突然，百姓們驚慌過後發現是明軍打了過來，無不欣喜萬分。相對於異族的殘暴統治，被逼著剃發易服，他們更加的懷念前明的日子。而此時距離江南淪陷不到一年，所有的百姓心裡上還沒有完成身份的轉變，他們依然還認為自己是明人。現在朝廷的軍隊打了過來，豈能不激動萬分。
百姓們簞食壺漿，迎接著崇明軍的到來，也有熱血的青壯男人，取出家中的鋼叉鐵鏟， 追隨在崇明軍的身後。
鎮江城中，城內的百姓也騷動了起來，有百姓不斷的暗中聯合。平日裡懾於清軍的淫威，大部分人不敢異動，現在有強大的王室從江上而來，再不動手還等些什麽！江上帆桅林立的情形給了他們極大的信心，崇明軍強大的火力更使得他們信心百倍。雖然有很多百姓的房頂被炮彈擊中，也有親人被炮彈砸傷，可是卻沒有多少人抱怨。
感受著城中的人心浮動，馬得功知道大事不妙，江中的明軍實力太過強大，城中的百姓又人心浮動，鎮江是守不住的。
既然守不住當然不能送死，馬得功本就不是忠貞之輩，他為了榮華富貴當了漢奸，現在又豈會為滿清盡忠?
判斷了形勢之後，迅速的集結軍隊，打開了東門倉皇逃將出去。西門明軍已經從運河上了岸，馬得功根本不敢和明軍交戰。
陳名揚從運河上了岸後，根本沒有清軍前來阻截，輕而易舉的進入了鎮江城，這才知道守將馬得功竟然逃跑了！
馬得功既逃，鎮江知府李衛國主動投降，鎮江城又重歸大明旗下。
正月十七日，任思齊率領崇明軍主力抵達鎮江城，派遣閻應元率一鎮士兵攻打丹陽金壇，阻住蘇常各府清軍救援南京之路。然後下令主力步兵下船上岸，沿著陸路向南京進發。因為鎮江再向上的長江江面變得很是狹窄，加上水流湍急，乘船的速度遠沒有步行快。
任思齊親自帶著四萬步兵沿著陸路向南京進發，由茅十八統帥著船隊沿著長江逆流而上，水陸並進，向著南京攻去！