1500年前，人們在火星上建立了墨涅洛菲城。為了探究火星人的起源，為了尋找他們最初的家園，巴多賈研究院在共和國的操縱下發射了第四枚探索衛星。而共和國內部由於長期的腐敗導致了嚴重的叛亂。最終反抗軍佔領了都城，墨涅洛菲迎來了新君。鄰國撒多幕因為墨涅的動亂趁機發兵但最終失敗了，墨涅新君卜亞不顧所有人的反對決心徹底征服撒多幕。然而這一舉動激怒了周邊其他的兩個國家，三國同盟軍攻入了墨涅洛菲。卜亞決心實施人類回歸計劃，返回地球並且利用巨型重兵器毀滅火星以完成他對全人類的獨裁統治，而就在這個時候第四枚探索衛星傳來了地球和之後那段消失500年的歷史真相。