本書中的新世界，世界觀大體分為神秘側與科學側兩大陣營。

　　然而兩大陣營並非完全對立的存在――當這個世界中的人類面臨著共同的威脅時，其團結與凝聚會讓所有企圖侵略奴役他們的敵人感到震撼。

　　新世界AD1999年所發生的一切就是最好的寫照，面對接踵而至的無數滅世危機，神秘側與科學側攜手合作，共同進退，使面臨毀滅的人類煥發了新生。然而，在這來之不易的和平時期，屬於人類內心的黑暗，似乎又開始了不安的湧動......

　　――神秘側:

　　“魔法少女議會”:AD1932，由當時最為強大的十三位【魔法少女】構成的組織，目的為反抗孵化者以及其製造的魔女。

　　組織的每一位成員都為在當時某一領域的巔峰之人――某一國的領袖，軍界、政界要人，科學家等等，可以說是集合了人類中的精英。所有成員都已經知曉了魔法少女與魔女的真實，因此決意從孵化者的手中拯救人類。

　　可惜的是，由於孵化者暗中的挑撥，組織內部出現了背叛者。議會陷入了第二次世界大戰的泥潭之中，曾經的同伴劃分陣營，互相猜忌甚至殺戮使議會分崩離析。等到人們醒悟之時，“議會”僅存的成員為席德拉(希特勒)、席德林(斯大林)、達姿、朱莉、妮娜五人。

　　然而AD1945，在廣島、長崎與【魔女之夜】的戰鬥中，由於孵化者的操控，身為議會領袖，最為強大的二人――席德拉、席德林在那裡相繼隕落，議會隨之完全解體。

　　――神秘側“三極”:

　　1.神聖光明同盟(羅馬正教/俄羅斯成教):神秘側中最為龐大的組織，總部為意大利梵蒂岡。

　　最初為人類對抗【長生種】(參考詞條)，由教會為主體構成的同盟，有著無數的魔法師戰鬥員，甚至聖人坐鎮。而在【長生種戰爭】期間，三教精銳所構成的戰鬥組織【AX】，其成員才為神秘側真正的巔峰戰力。人類成功擊敗長生種，並迫使其退守西伯利亞的異空間內。

　　同盟現在明面的最高領導者為羅馬教皇馬太.利斯，事實上教皇本人卻為“神之右席”所掌控。

　　羅馬正教在世界上擁有20億信徒，在113國擁有教會，是世界最大十字教教派，自稱為最正統的十字教教派。亦是神聖同盟的核心。現在，在神之右席的操控之下，同盟的大部分成員對科學側存有強烈的敵視。不過，教會中也有著想要借助科學力量的革新派存在。

　　俄羅斯成教位於俄羅斯的十字教分支，專長幽靈狩獵的教會組織，目前也在監視著在西伯利亞異空間內的【長生種】。最高領袖是至高主教克蘭斯・R・圖阿魯斯基。

　　2.英國清教:英國清教是位於英國的十字教分支，英國的國教，英國三大派系中的“清教派”。內部派系林立，勢力複雜，表面上最高領導者是英國女王，但實際上的領導者是最大主教蘿拉・斯圖亞特。

　　總部設在倫敦的聖喬治大教堂。其核心是英國清教下屬“第零聖堂區”的必要之惡教會。本為神聖光明同盟的一員，後來因為政治與觀念等原因而退出。

　　3.【尚未出現】

　　――科學側:

　　――科學側“三極”:

　　1.SCP基金會:

　　全稱Special_Containment_Procedures_Foundation，組織隱秘地運作於全球，SCP基金會受各個主要國家政府的授權和委托，且其本身運作不受司法管轄權干擾，目標為收容“有異常特質的生物及物品”。許多這些“生物”或“物品”既可對人產生物理危險，又可對世界范圍的人群產生心理影響，動搖他們的個人信念，干擾他們的日常生活。

　　目標為尋找超自然事物並基於其原理發展新科技【以科學進行對神秘力量的解析】，收容有潛在威脅的事物。發展安全措施來應對未來出現的危險事物。【對於可能威脅人類的物品以及生物進行適當的處理和收容，必要時將其銷毀】觀察，扣留，收容任何阻止其完成上述目標的人或事物。

　　同時，是沒有人知道它到底在什麽時候，被什麽人所建立，甚至總部又在哪裡的謎之組織。被稱作【高等特工】的成員，活躍在世界各地，秘密地處決對人類危害存在。

　　2.學園都市:由統括理事長亞雷斯塔.克勞利建立，佔據東京都西部三分之一的都市，科學勢力的代表。

　　都市中居住著230萬人，其中八成(180萬)以上是學生。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。

　　【學園都市】是一個由二十三個學區構成的巨大的教育機構的集合體，以發掘超能力而提供特殊的教育課程，主要靠從外部招收學生。除了教育機構，還有面向學生研究設施，生產、商業設施，國際展示場，國際機場等等在都市內生活的所需要的生活設施都齊備。都市由「統括理事會」全權管理，由於技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體制非常嚴格，對人員進出有嚴格的限制。都市不存在警察，取而代之的是從學生中挑選出的風紀委員(Judgement)和教師自願參與的警備員(Anti-Skill)維護治安，甚至可以組織成軍隊。名義上是日本一部分，實際上幾乎是國中國。

　　3.【尚未出現】