又經過一整天的反覆斟酌，蔣介石到16日晚才最終下定決心，同意照白崇禧的意見行事。他對自己改變態度的解釋是:“此雖違反我意，但事既如此，則應撤消其番號，將葉項交軍法會審，徹底解決，以立威信，而振紀綱”。因此時“若無最後製裁決心，則以後中共看破我心理，彼更可藉外力要脅，而俄國之已允撥武器者，其亦必以此作為容共之要求。以後我之國權全操之於人矣。故乘俄械將運到未到之時，以表示我對中共製裁之決心，決不因俄國有大炮二百門、飛機二百五十架等大量武器接濟之故而有所遷就。”

1月17日，國民黨以政府軍委會發言人的名義，宣布新四軍“違反軍紀，不遵調遣，且襲擊前方抗戰各部隊，實行叛變”，故撤銷新四軍番號，將新四軍軍長葉挺交軍法審判。由上可知，皖南事變及其撤銷新四軍番號的做法，實際上不過是事到臨頭，蔣介石為安撫強硬派軍人，和刻意表現強勢的一種應變措施罷了，並不是蔣有計劃的步驟。對此，亦可以證之這時與蔣態度相近的張治中1945年11月7日的回憶。張在給蔣的上書中勸蔣不宜對中共動武時特別提到幾年前的皖南事變，稱:“三十年春間解決‘新四軍’事件時，以職之判斷，覺鈞座對當時之措施實未必讚同，事實上等於事後之追認。”

很明顯，蔣介石對皖南事變的發生並沒有足夠的思想準備。其對軍方的剿共方案一拖再拖，一壓再壓，就是力圖避免過早地引發大規模的軍事衝突。其後雖批準軍方的作戰計劃，也仍舊是以新四軍不遵從北移命令為前提的，並非要蓄謀消滅皖南新四軍。因此，蔣事變後更不讚成進一步擴大事態，甚至對白崇禧的辦法也一直態度猶疑。其最終雖不得不追認事變的結果，表現強硬，內心裡卻正如毛澤東此前所估計的那樣，“實則他們很怕內戰，很怕根本破裂國共合作”，極力想要縮小事變的影響范圍。