1931年5月27日，廣州中央執監委員非常大會成立，通過國民政府組織大綱，推舉包括唐生智在內的十七人為政府委員，28日唐生智聯合陳濟棠、李宗仁等成立廣州國民政府。6月2日廣州非常會議常委會成立軍事委員會，唐生智為常委，兼戰地委員會主席。9月6日唐生智自韶關赴湘南，以湖南宣撫使名義進軍湘南，12日到郴州，直逼衡陽，14日粵桂軍進攻衡州，被第四路軍陶廣部擊退，16日粵軍自湘南後退，18日唐生智、李揚敬自湘南回抵韶關，適逢“九一八”事變發生，國難當頭，寧粵雙方為一致對外舉行和談。10月18日唐生智、張發奎等作為廣州代表自香港赴上海，與胡漢民、張靜江、陳銘樞等會談，廣州方面終於與南京攜手言和，12月3日被上海“國民黨四大”選為第四屆候補中央執行委員，15日蔣介石又一次因政治原因辭職下野，17日唐生智等由上海進南京，29日被中央政治會議特任為軍事參議院院長。1932年1月1日，唐生智被任為國民政府軍事委員會委員兼軍事參議院院長，並無實權。6月23日，孫科、唐生智自上海赴廣東，調停陳濟棠、陳策之爭。1933年4月29日任全國航空建設委員會委員，11月25日任軍事長官懲戒委員會(主任委員朱培德)委員。1934年12月5日中央政治會議決議，特任唐生智為訓練總監，留居南京。

1935年4月2日唐生智被國民政府任命為陸軍上將，敘第一級。6月任軍事委員會執行部主任，專負籌劃抗日準備工作，主張“抗日持久”，主持起草了上海、南京抗戰計劃，負責領導構築江浙各線工事。從這時起，唐生智從思想上開始走上抗日的正確道路。11月22日選選為國民黨第五屆候補中央執行委員，12月2日選為中央政治委員會委員。12月28日改任軍事委員會第一廳主任兼任訓練總監部總監，位置雖尊，仍無兵權。

1936年6月1日“兩廣事變”爆發，11日何應欽、唐生智等聯名電陳濟棠等令前隊停止待命，26日再電勸陳濟棠、李宗仁、白崇禧退兵。7月9日給予國民革命軍誓師十周年紀念勳章，13日任國防會議會員。8月3日電勸李宗仁、白崇禧離桂北上就職，他身患重病，不能起床，拖延成嚴重的胃病。11月12日給與一等寶鼎勳章。12月12日夜，蔣介石被張學良、楊虎城扣於西安，13日中央常務會議及政治會議加推唐生智等六人為軍事委員會常務委員，14日程潛、唐生智、朱培德等電促張學良“猛醒”，24日西安事變和平解決。所以說，唐生智在反對國內內戰的關鍵時刻，還是做出了正確的選擇。