5月21日，唐生智所部第三十三團團長許克祥發動“馬日事變”，唐生智公開表示擁共反蔣，電請武漢政府派員查明處理，並自請處分。5月24日唐生智自駐馬店電湖南省政府，指示緩和農工軍人衝突辦法。6月4日擊敗了向武漢進襲的夏鬥寅、楊森，6月5日唐生智派周斕到長沙代理省府主席，許克祥走湘潭，旋率部赴零陵，入粵北連縣。6月11日唐生智、張發奎部均由河南撤回武漢。6月13日，武漢中政會命唐生智全權處理湖南事件，15日唐生智被武漢國民政府任為第四集團軍總司令，轄第一方面軍(唐生智兼總指揮)、第二方面軍(總指揮張發奎)。6月20日唐生智在漢口演說，指長沙馬日事變之不當，必須討伐蔣介石，25日唐生智自武漢回長沙，26日下令停止湖南黨部及各種民眾團體反共活動，查懲“馬日事變”首要以肅軍紀，許克祥記過一次。6月30日唐生智在長沙改組省政府、省黨部，排斥反共救黨派，並抑製共產黨活動，暗示共產黨人退出武漢政府和國民黨中央。7月3日武漢第四軍、第十一軍、第二十軍、第三十五軍向下遊移動，準備東征，6日唐生智從長沙回到武漢，此時武漢政府所轄軍隊達十四個軍之多，為唐生智軍事最強盛時期，但他得勢後專橫跋扈，程潛、朱培德先後又倒向桂系把持的南京政府。

1927年7月15日，武漢政權汪精衛叛變革命，程潛、張發奎、朱培德、賀龍軍分向湖口、九江、南昌集中，準備分路攻安徽浙江，南京方面之第二十七軍王普等部亦開往安慶，第二十六軍周鳳岐，第三十一軍鄭紹虔部進向浙西。16日馮玉祥電唐生智化除意見，集中力量先滅奉魯勢力，武漢東征軍事仍未停，以“反共倒蔣”為口號，23日馮玉祥再電勸唐生智全力北伐。8月6日，唐生智、程潛、朱培德等電何應欽、李濟深等，請合力討蔣。8月8日，唐生智以第四集團軍總司令名義通電討蔣，謂其“縱容共黨、跋扈專橫、自立政府、擅開會議、壓迫武漢”，令第四集團軍夾長江東進，第八軍和第三十六軍沿長江南岸，三十五軍和第一師沿長江北岸，進至蕪湖、合肥、蚌埠一線，並約同孫傳芳北洋軍共同進攻。8月12日，前第九軍軍長彭漢章(黔軍袁祖銘舊部)在漢口被唐生智槍斃。8月13日蔣介石下野，武漢失去東征借口，15日武漢政府決遷南京，汪兆銘、唐生智等到九江，電邀南京何應欽等前往會商，並電孫傳芳，所部即由九江東進，會師南京，李宗仁、何應欽聯名請武漢方面中止東下，20日唐生智等武漢要人自漢口到九江，與南京代表胡宗鐸會商，22日寧漢首腦在廬山會商，唐生智聲言即進兵蕪湖，李宗仁力持不可，最後決定唐部暫停東進。9月1日許克祥軍因唐生智軍攻擊，退出永州。9月6日唐生智部江右軍劉興率第三十六軍入蕪湖，南京第三十七軍陳調元部東退，8日唐生智在安慶演說，痛詆蔣介石，否認寧漢合作，11日唐生智到蕪湖，白崇禧等邀其來南京，唐不允，13日回漢口，並將“決川”、“浚蜀”兩艦帶去，汪精衛也因不滿權利分配回到武漢，15日唐生智在漢口通電調停馮玉祥、靳雲鶚之戰(注8)。9月15日，南京舉行中央執監委員臨時聯席會議，選唐生智等為國民黨特別委員會委員，17日被選為國民政府委員、軍事委員會主席團成員，22日武漢政治分會成立，唐生智為常任委員，唐表示如南京對彼不滿即武力周旋，23日江右軍劉興部進駐東西梁山。