在隨後的臨時政府總統府會議上，就如何處理那些參與暴亂的士兵和軍官進行了激烈的討論，蕭震雷雖然不想參與同盟會內部的爾虞我詐，但他現在的身份是陸軍次長和參謀總長，身為軍隊最高負責人之一，他必須要就此事發表意見，並且要以公正的態度對待此事才能維護自己在軍隊中的威望。

　　 就在不少人提出要對那些參與暴亂的所有士兵和軍官處以極刑的時候，他站出來道:“大總統、諸位同仁，我反對將所有參與暴亂的軍官和士兵都槍決，要知道這次參與的士兵和軍官達數千人，他們是各地派來的增援北伐的軍隊，我們要處決他們是不是應該與各地軍政府進行一下溝通，商量一下?再說，也並不是每一個士兵都是主動自願參加的，我相信絕大多數士兵和軍官是被裹脅的，如果全部處決，則要殺數千人，這與屠殺何異?”
　　蕭次長，你要知道你是一個將軍，你維護軍官和士兵，我們表示理解，但是不能包庇縱容那些暴亂士兵和軍官的罪行，可你是一個統兵之人，比我們更應該明白軍紀軍法的重要性，這次可是死了數百百姓，被搶了兩千多家店鋪，房屋被焚毀無數，難道這些被害百姓和被侮辱的婦女不需要討個公道嗎?”。

　　 蕭震雷聞言冷冷道:“我說過不再追究此事嗎?我只是說不能把這件事情擴大化、搞誅連，如果有的人罪不至死也要殺，那我們豈不是成了屠夫?還有。諸公，我要強調一點。這畢竟是軍方的內部事務，我們軍方會自行處理。與你們這些政客無關，你們管好自己的事情就行了，我和黃總長會進行善後處理，必定會盡快給大總統、社會各界和廣大民眾一個交代！”

　　 孫文聽了蕭震雷的話也覺得把這件事情拿到這麽多人面前討論有些不妥，這會給某些人攪亂政局的機會，如果單方面交給軍方處理就簡單得多了，只要能給受害者、社會各界和廣大民眾一個交代就行，他扭頭看了看黃興，問道:“克強。你的意見呢?”

　　 黃克強作為軍方首腦人物，當任在心理上也是站在軍方這邊的，而且說到底這件事情的最終起因還在於他這個陸軍總長沒有解決好這些各地軍隊的吃飯穿衣問題，否則不可能發生這種事情，再說他也認為這次暴亂應該由軍方內部自行解決，這也是為了維護軍方的利益，如果以後軍隊方面出了什麽事情，那些文官每次都要插手管一管，長此以往文官的地位又會凌駕於武官之上。又會與歷朝歷代相同，他不願意看到武將被文官壓製。

　　 “就如蕭寰宇所說，這些軍人發生暴亂，是我們軍隊內部事務。理應由我們軍方內部自行解決，我和蕭寰宇作為陸軍部總長和次長，自然會就此事給大總統、社會各界和廣大民眾們一個滿意的交代。至於諸位，還是想想怎麽籌措軍費。然後將這些地方軍隊遣返回去吧，否則這種事情遲早還會發生！”

　　 有人立即道:“我們如果能夠想到辦法籌錢。早就有辦法了，何必等到現在?再說了，這籌措軍費是你們陸軍部的事情，與我們各部有何關系?”

　　 “就是！”有人立即附和。

　　 蕭震雷聽了心中冷笑，臨時政府竟然有這種人存在，真是奇葩，他氣極而笑道:“真是滑天下之大稽，如果軍費需要我們陸軍部自行籌集的話，那麽我們這些當兵的還需要臨時政府幹什麽?還需要你們這些人幹什麽?我們直接帶兵去搶好了，或者軍隊自己去做生意好了，我相信只要我們軍方拉得下這個臉面，全天下任何人的生意也沒有我們軍方做的好，誰敢跟我們軍方搶生意得先問問我們手裡的家夥答應還是不答應！可我們是軍隊，是國家的軍隊，我們的使命是守衛疆土、抵禦外辱、保境安民，不是強盜，軍隊當然要由臨時政府來養，否則我們憑什麽服從臨時政府的指揮和領導?”

　　 眾人被辯駁得鴉雀無聲，孫文見狀隻得不能在這件事情繼續拖延下去了，再拖下去只會造成軍方和臨時政府這邊的矛盾加深，於是立即道:“好了，軍方的事情就由軍方自行處置，我相信黃克強和蕭寰宇會對此事給我、社會各界和廣大民眾們一個滿意的交代，這件事情就到這裡，現在我們就如何籌措這筆遣散費來商議一下。就如蕭寰宇所說的一樣，這件事情的根子還在於各地軍隊返程沒有足夠的開拔費，軍隊再回去的路上要吃喝拉撒，這些都需要錢，如果不給他們開拔費，他們也許會自行離去，但是誰能保證他們在返程的路上餓極了不到處燒殺擄掠?所以必須要盡快籌措到一筆軍費遣返他們，諸位都想想辦法，此時刻不容緩！”

　　 這段時間孫文和陳琪美這些同盟會的首腦人物們也認識到臨時政府這個家不好當，真正不好當，勞心勞力不說，還不討好，說不定背後還有人罵他們無能，可不是無能麽，否則臨時政府怎麽會天天扯皮，正經事一件都沒乾?

　　 面對這樣一個爛攤子，這也是臨時政府內部很多人都堅決要求南北議和，並由袁世凱來出任大總統一職的原因，孫文等人在這段時間內也是心力交瘁，對於孫文而言，只要共和了，他當不當這個大總統無所謂，而且他也發現臨時政府財政窘迫是導致臨時政府機構運轉不靈的主要原因，可是他又沒有錢，去哪裡搞錢呢?他沒有辦法，在國外募捐這麽多年也沒有募捐到多少錢，這回國更是沒帶來一文錢，哪裡還有辦法去搞錢?還不如把這個爛攤子丟給袁世凱，只要清帝退位、老袁是真心共和就行。

　　 散會之後。黃興和蕭震雷回到了陸軍部，兩人坐在辦公室裡喝著茶。黃克強問道:“寰宇老弟，對於昨夜之事。你有什麽具體的解決辦法?這件事情不能拖，越拖越對我們陸軍部不利，必須要盡快拿出一個解決的方案公布出來”。

　　 蕭震雷何嘗不知道這一點，但是這事急不得，必須要調查核實清楚，否則就成了濫殺無辜，他抽著煙思索了一會才抬頭道:“黃總，我認為不能一竿子打翻一船人，更不能把所有參與暴亂的士兵和軍官全殺了。我建議立即成立此次事件調查工作組，由蔣方震任調查組組長，直接向你我負責，立即著手對參與暴亂的軍官和士兵進行調查，搞清楚是哪些人指揮和帶隊的，誰都在暴亂中殺人或者侮辱了婦女，調查結果出來之後，我們要遵循幾個原則，第一。此次事件的主要人物一個都不能放過，不論牽涉到誰，犯事之人是誰的部下，都要一查到底。對於那些人的直接上級，我們還要追究他的領導責任，第二。凡是參與此事暴亂、並且殺過百姓或侮辱婦女的士兵和軍官視情節輕重予以判決，殺了百姓的。一律要槍斃，主動侮辱婦女的。也要槍斃，不是自願而是被同伴脅迫進行的，可以考慮酌情考慮減輕處罰，其他只是參與暴亂、並沒有搶劫、殺人或者侮辱婦女的士兵和軍官可以考慮進行勞動改造教育，等他們都有認識到自己的錯誤，並且有了悔過之心再釋放，你認為如何?”

　　 黃興聞言考慮了一下，認為蕭震雷這麽處理還是很客觀公正的，並沒有一點點偏袒或估計打擊報復的意思，於是點頭道:“我認為可行，既然這樣，你就搞一份報告出來交到大總統那裡，看大總統的意思，如果他同意，就按照這樣辦理，盡快把這事解決！”

　　 蕭震雷聞言苦笑道:“黃總啊，說實在話，我心裡一點沒底，就算我們把這事這個解決，但實際上的問題還是存在，如果不盡快解決誠外那些各地軍隊吃飯穿衣的問題，說不定很快又會出大事，到時候我們能不能及時解決?如果被亂軍突擊到總統府，你想過後果嗎?”。

　　 黃興聞言額頭上的皺紋變得更深了，他思索良久道:“今天的會議上對於軍費方面的籌款還是沒有找到一個可行的辦法，這樣下去不行，這樣吧，我還是去找一招陳英士，怎麽說他也是上海軍政府都督，看他能不能再從上海工商界想想辦法！”

　　 蕭震雷點頭道:“這樣最好！”

　　 經過三天的活動，黃興終於從陳琪美那裡弄來了一筆六十萬元的款子，蕭震雷得知消息後立即來找黃克強，將這三十萬元全部提走，各部政客們還想著從這筆款子裡撈點油水，畢竟很多人直到現在還沒有拿到薪水。

　　 蕭震雷拿到這筆錢之後是一分錢也不給臨時政府其他各部，各部總長和次長們紛紛去孫文那裡告狀，蕭震雷理都不理，在他看來這些錢還不夠賠償那些死難百姓家屬和受到損失的商戶們以及被侮辱婦女的，可也不能全部把這些錢用來賠償，還必須從中拿出一部分作為各地軍隊的遣散費用。

　　 很快蕭震雷以臨時政府陸軍部次長的身份發布了有關此事事件的最終處理結果，第一，首先對在此次事件中的受害者家屬(包括被侮辱婦女)和受損失的商戶及民眾進行公開道歉並賠償，由於臨時政府財政狀況不佳，所以賠償不會太多，軍方會根據受害者和受損失的實際情況進行賠償。第二，嚴肅軍紀，從即日起成立憲兵隊，對任何在南京的軍隊都有執法權，防止軍人擾民的事情發生，一經發現嚴懲不殆！第三，根據調查結果，針對參與此次事件的軍人做出處理決定一下懲處:第一，對以許大彪為首的策劃者和指揮者一共二十二人處於死刑;第二，對於在此次事件中主動開槍、用刺刀殺死平民百姓的一五十一名軍人處以死刑，第三，對於在此次事件中主動侮辱婦女的一百九十二命士兵處以死刑;第四，對在此次事件中隻搶劫、沒有殺人放火或侮辱婦女的六百多名軍人予以五年刑期勞動改造;第五，對此次事件中不是處於主動或自願的一千一百名士兵予以一年勞教。第五，對於各省派來參加北伐的軍隊，陸軍部決定予以遣散回原省，至於如何遣散，遣散費的發放問題將另行公布！

　　 這份通報讓蕭震雷一下子得到了全城百姓的擁戴，也讓他在國內外的聲望高漲。南京城內民眾們都很感動，特別是那些受害者家屬和受損失的商戶們，因為從古至今，沒有哪一個朝代會因為自身的錯誤而給平民老百姓進行道歉和賠償的，且不說賠償了，能道歉的也幾乎沒有，雖然有漢武帝這樣的皇帝下過罪己詔，但也只是承認自己的錯誤，並沒有向百姓們道歉，更何況現在蕭震雷不僅代表陸軍部道歉，而且還要進行賠償，直到現在為止，中外都沒有過這樣的先例。

　　 進行賠償之後，接下來就是要對參與嘩變的軍人進行懲處了。

　　 這天下著淅淅瀝瀝的小雨，已經連續兩天了，絲毫沒有停止的跡象，但蕭震雷還是下令照常執行槍決。

　　 法場在城外一片荒地，背靠一座土丘。這天上午，南京城內和周邊地區無數民眾舉著油紙雨傘或穿著蓑衣來到了執法現場，法場周圍圍了十數萬人，整個南京城都快空了一半。

　　 或許早就預料到會是這麽盛大的場面，蕭震雷安排了一團的軍隊在法場周圍警戒，並從外面到法場之間預料了一條可以通行卡車的道路，在兩側每隔幾米釘上木樁，再在木樁上綁上繩索，防止圍觀的民眾湧入道路上阻礙交通，而在道路兩側每隔幾米就有一個士兵持槍站崗維持秩序。

　　 不久，二十多輛大卡車裝載著數百人經過通道抵達了法場，那些將要被執行死刑的參與嘩變的軍人押送下來。

　　 蕭震雷披著一件雨衣，頭戴大蓋帽從汽車上下來，幾個軍官跟在他的身後，他來到一排排死刑犯面前看了看，然後立正敬了一個軍禮，“在執行槍決之前，我要感謝你們在中華民國成立之初所作出的貢獻，各地光複你們功不可沒，你們是功臣，但是你們卻又違反了軍紀，作出了一個軍人最不應該做的事情——嘩變，而且傷及無辜眾多，殺你們不是我們的最終目的，而是要維護軍紀的森嚴　　”。

　　 不少人痛哭起來，有的人直接被嚇得癱在地上，十幾分鍾後，法場上響起了一排排響聲，數百名嘩變軍人被槍決。