關於洪門起源眾說紛紜，最早可以追溯到祟禎十四年。崇禎十四年洪英偕門人南下改投明閣部史可法。其時史閣老正在揚州抵抗清軍，命洪英到燕就偵察虛實。他一路聯系抗清志士顧炎武。王夫之，博青主，黃梨洲等人，共同創建漢留組織，從事抗清活動。自史閣老在揚州殉難，洪英就來到了AH蕪湖，投奔明將黃得功。黃得功戰敗以後自刎，部眾潰散。洪英奔走招撫黃得功部下兩萬多人，繼續武裝抗清。但是由於由於雙方兵力懸殊，屢戰屢敗，於祟禎十八年死於三汊河。

　　此後，洪英的兒子洪旭與洪英門人蔡德忠等又到杭州投奔明潞王，不料潞王降清，他們又投奔鄭成功。祟禎十七年清兵佔領南京，此後南方各地雖然繼續有抗清武裝，但是逐步被清軍剿滅了。

　　順治十八年，蔡德忠追隨鄭成功據守台灣。鄭成功為了加強將士團結，開立金台山，明論堂，這就是洪門最早的山，堂組織。為了發展大陸上的反清秘密組織，鄭成功派蔡德忠，方大洪，胡德帝，馬超興、李式開等化裝到FJ興化府莆田九邊山少林寺投主持智通為僧，此五人在洪門被稱為前五祖，所以世傳洪門的祖師是和尚。

　　少林寺僧精於武藝，名聞全國，各地慕名而來習武者甚眾，形成一個武藝傳習所。康熙時，鄭成功的侄子鄭君達和妻子還有妹投居少林寺。曾率領僧眾一百多人人組成僧軍，應清廷招募，出征西魯，凱旋而歸，僧眾並不居功，仍請回寺修道，清帝大加賞賜，除留用鄭君達為總兵外，其余聽任回寺。後清帝聽信讒言，派兵圍攻少林寺，由於內奸出賣，少林寺被焚，僧眾逃出十八人，蔡德忠，方大洪，胡德帝，李式開，馬超興無人得以逃脫。

　　蔡德忠等人逃出少林寺後，中途遇清兵追捕。幸有吳天成、林大江等五位勇士掩護其逃脫，此五人在洪門中被稱為中五祖。此後吳天成等人隨同蔡德忠等逃至GD，途遇清兵追捕，又被惠州寶珠寺和尚吳天佑、洪太歲等五人救護脫險，此五僧洪門中稱為後五祖。

　　後來蔡德忠等自GD經JX到達HB，其中萬雲山萬雲寺的主持萬雲龍和陳近南結義，共圖反清複明。萬雲龍原是明潞王部將，在SD起義失敗至此，陳近南是翰林院學士，HB人，因反對清帝焚燒少林寺，力諫無效辭官雲遊。雍正九年，曾在SC雅州組織漢留，開立精忠山，之後回至HB故鄉，當他來到白鶴洞後，仍舊從事反清活動，把白鶴洞變成了一個反清義士聚集的場所。就在白鶴洞研究道教，自號白鶴道人。他同情少林寺僧眾的遭遇，為圖替僧眾報仇，改裝江湖算命先生，結交天下豪傑，途遇蔡德忠等，就迎至家中，把他們安頓在附近的下普庵紅花亭。白鶴洞位於HB神龍架，重山峻嶺，地勢險要，易守難攻。這兒風光秀麗，白鶴翩翩，仙氣很濃，故稱白鶴洞。白鶴洞裡面又有一洞，既深又寬，可容幾百人。神奇的是洞裡還有一個天然形成的亭子，裡面有巨型紅花開放，又稱紅花亭。陳近南經常組織各地的洪門義士在這裡舉行秘密會議，商討反清大計。久而久之，陳近南便成了湖廣一帶的洪門主持人，這紅花亭三字也成了洪門人士間開會兩字的暗語。

　　雍正十二年，由陳近南主香，在紅花亭同盟結義，以先來者為兄，後來者為弟。當時從各方來會者，有FJ的吳天成，方惠成，張敬之等，GD的吳天佑，吳廷貴，洪太歲等，JX的黃昌成，鍾玉英以及明朝的遺臣志士。其中有個朱洪竹，據說是明祟禎帝的孫子，大家都以為他是明代正統，擁戴他為盟主，並以‘洪’字為結盟之姓，把洪字拆成‘三八二十一’，作為會中暗號。以‘紅花亭’為兄弟出身之地，結盟日為兄弟誕生之日，這次集會稱為‘洪家大會’，洪門的名稱即由此而來，‘漢留’組織也由此演化為洪門團體。

　　洪門團體形成後，進一步組織軍隊，由陳近南統率，派蘇洪光為先鋒，寶珠寺僧吳天佑等五人為中軍，勇士吳天成等五人為後備，由HB的襄陽進軍，連戰皆捷，但到了武昌，被清軍於成龍所敗，萬雲龍戰死，朱洪竹失蹤。陳近南不得已，退守襄陽，三月余不得進展，由是改變戰略，分散部眾，到各地自行開山立堂，以圖日後發展，再行分合，臨別時並以一詩作為日後相會時的證詞，其詩詞是‘五人分開一首詩，身上洪英無人知，此事傳與眾兄弟，後來相會團圓是。’

　　乾隆十四年，洪門GD惠州高溪廟集商量舉義，其時陳近南已逝世。由吳天佑等五人主持。其後吳等相繼去世，乃進由蘇洪光主持。他改名天佑洪，定其組織為三合會，以天為父，以地為母，以日月為姐妹，取義是把天時，地利，人各三者合而為一。天佑洪率領三合軍攻打清軍，攻佔不少名城，聲震東南七省。後有明總兵周遇吉之侄周豪率部韓龍，韓虎，李昌國等先後來歸，遂以史可法之侄史鑒明為軍師，女俠關玉英為女軍統領，尊朱洪竹為先皇，聲勢浩大，自襄陽起兵入蜀。其時清廷蜀督王春美看到三合軍勢大，難於正面抵禦，就設計派其心腹符四，田七向三合軍詐降，天佑洪誤信為真，安置符四為三合會的四排，田七為七排，充當三合軍的副軍師。行至CQ與清軍作戰時，符四，田七在三合軍內為清軍內應，因之三合軍內外受敵，遭致大敗，天佑洪作戰時為流矢所傷，全軍潰退白虎山，符四和田七均被拿獲處死，此後洪門中禁用四，七排，就是這個起因。

　　後來為了整肅內部，修改內章，訂立三十六條，十禁，十刑等規律，建立嚴格的賞罰制度。不久天佑洪傷重去世，由蘇洪宇，林烈統三全軍繼續抗清，邊佔數縣，後被清軍包圍，關玉英往援戰死，又以失敗告終。適逢蜀督王春美調GD，蘇洪宇晚間潛入督府把王春美刺死，本人在混戰中被害。至此，林烈勢孤力薄，難以維持，乃將所部遺散，改向全國各地發展，開山立堂，采取遊擊方式繼續抗清，並把洪門組織推廣到海外華僑社會。

　　嘉慶十一年，GZ開立‘築青山’，主其事者為林懷明。次年，林在HN衛輝的起事，從獄中劫出會首李文成，當時曾有SD泰安的幾個州縣響應，其後又有林清在BJ起事，他本來與HN的會眾約期共同行動，但因約期有誤，林清先期約集了兩百多人從宣武門入城，分頭進攻東華門，西華門，並有太監作內應，但被宮內護衛發覺，林看形勢不對，立即退走，事敗。其後HN會眾起事，亦告失利。會眾不得已分散四方，HN各地的起義軍始平息。

　　道光二十八年，FJ泰寧的郭永泰從漁人手中獲得鄭成功開山時訂立的規律。這是鄭成功的孫子鄭克爽被清軍圍困緊急時，把規律和重要文書裝入鐵箱裡沉於海底的。此後洪門中就把它稱做海底，通用於各地的洪門團體。

　　洪秀全發動的太平天國運動， 從道光三十年十二月金國村起義至鹹豐三年攻破南京為止，原有三合會參加在內，同時各地三合會會眾看到洪秀全起義勝利，了紛紛發動，如道光三十年間，兩廣三合會在各地起義，至鹹豐四年佔領了肇慶，佛山，東莞等地，GD省城幾被包圍。FJ方面，人眾佔領過廈門。SH方面，在鹹豐三年九月，GD人劉麗川，FJ人李鹹池等起義，攻戰SH，他們的組織名為小刀會，屬於天地會的一個支派，以後接受太平天國領導，到了鹹豐五年，劉麗川在戰鬥中壯烈犧牲，縣城始為清軍所陷。

　　光緒十二年，三合會三千多人，在GD惠州府寧山起義，有石工四百多人人應援，不幸被清軍擊敗。光緒二十四年，在三合會首領李立亭，洪振年在GX起義，除梧州，桂林外，席卷全省，活動是個多月，被清軍鎮壓。

　　哥老會成立於清乾隆年間，原是三合會的又一名稱，興於HN及ZJ，長江沿岸各省次之，會員極眾。

　　洪門在海外華僑中發展頗廣，在南洋群島及美洲都有組織。1893年孫先生在美國檀香山結識在三合會首領鄭士良，由鄭介紹參加洪門組織，此後改組致公堂，創建興中會，開立大陸山，並派會員鄭弼臣，陸皓東，陳少白等分赴各地聯絡江湖志士，進行革命活動。

　　光緒二十六年，興中會，三合會，哥老會三方面首領集議於香港，合組興漢會，公推孫先生為首領，至此洪門與孫先生的革命組織結合了起來。