正史中，脫古思貼木兒在大明的持續打擊下，勢力漸漸衰退。特別是在洪武二十一年，大將藍玉帥十五萬大軍偷襲北和林，擒獲脫古思貼木兒嫡系及官員家屬七萬余人。脫古思貼木兒僅僅帶著數十人逃離戰場，投奔了阿裡不哥系的也速跌兒。

　　1388年也速迭兒殺死脫古思帖木兒，自己當上了蒙古大汗，稱卓裡克圖汗。也速迭兒是元世祖忽必烈之弟阿裡不哥的後裔。阿裡不哥曾與忽必烈爭奪皇位，最後失敗。一百多年後阿裡不哥的子孫也速迭兒起兵殺死了忽必烈的後代並作了大汗，這在蒙古汗統上是一件大事。因為在此之前，無論蒙古統治階級內部的政治鬥爭如何激烈，忽必烈家族的汗權從來沒有動搖過。也速迭兒襲殺脫古思帖木兒這件事表明，隨著蒙古貴族退回草原，社會經濟嚴重衰退，加之對明朝戰爭的失利，統治階級內部的鬥爭更加激化了。

　　但是，耶速迪爾剛即汗位就離開人世;其子恩克卓裡克圖繼位時間也同樣很短。1393年，忽必烈系額勒伯克從阿裡布哥系恩克卓裡克圖手中奪回了汗位，從而結束了耶速迪爾父子稱汗的局面。然而在額勒伯克統治時期，阿裡布哥系坤帖木爾舉兵，殺死額勒伯克汗，汗位再次轉到阿裡布哥系手中。永樂元年(1403年)，窩闊台(忽必烈與阿裡布哥之叔父)系貴利赤又登上汗位。貴利赤汗的領地在甘肅河西一帶，他為了佔據和林，在阿魯台太師的支持下同衛拉特部巴圖拉(馬哈木)丞相屢次作戰。1403年大敗對方，佔據兀魯班答迷河流域，並不斷向東南推進，曾一度控制了哈密，毒殺了明朝所封的忠順王安克帖木兒。不久，貴利赤汗與太師右丞相馬爾哈咱、太傅左丞相也孫台、太保樞密知院阿魯台之間產生矛盾。也孫台被部下殺害，馬爾哈咱往歸衛拉特，阿魯台遷居海拉爾河，貴利赤汗卻又被部下所殺。

　　窩闊台後裔爭奪汗位也絕非偶然。早在至正二十年(1360年)窩闊台系陽翟王阿魯輝帖木兒就已經向忽必烈系汗位繼承人妥歡帖木兒公開挑戰，阿魯輝帖木兒的舉反雖然很快被鎮壓下去，但窩闊台系並沒有因此放棄爭奪汗位的鬥爭。貴利赤汗的即位，使窩闊台後裔終於在一時間如願以償。

　　1408年(明朝永樂六年)，忽必烈系本雅史裡在貴利赤汗舊臣阿魯台太師支持下即汗位。本雅史裡汗即位之前，由於戰亂曾跑到帖木兒帝國避難。帖木兒死後，他離開撒馬爾罕(今烏茲別克斯坦城市)前往蒙兀兒斯坦，1407年在阿魯台的支持下，回歸蒙古本土即位。蒙古汗位由窩闊台系手中再次回到忽必烈系手中。本雅史裡汗與知院阿魯台，東面征服了兀良哈，西面控制著河西、哈密等地。衛拉特部馬哈木為了保存自己勢力，支持阿裡布哥系德勒伯克即汗位。1415年，馬哈木等又擁立阿裡布哥系額色庫即位。1426年(明朝宣德元年)，合撒兒系阿岱在阿魯台支持下奪取汗位，汗位由阿裡布哥系轉移到合撒兒系手中，蒙古皇族內部的鬥爭又增添了新的內容，由原先忽必烈系與阿裡布哥系、窩闊台系之間的鬥爭，又增加了與合撒兒系的鬥爭。

　　瓦刺。就是蒙元時期的斡亦刺，居住在今蒙古西部和蘇聯境內的薩彥嶺、唐努山一帶，被稱作西蒙古。成吉思汗時被分為四千戶，在明代稱四萬戶。明初統治瓦刺的首領叫猛可帖木兒，他死後，瓦刺由馬哈木、太平、把禿字羅三人分領。當東部蒙古大汗由於遭受明朝的軍事打擊和統治階級內訌而日益衰敗時，戰亂較少的瓦刺乘機崛起，企圖奪取整個蒙古地區的統治權。在這場鬥爭中，瓦刺和東蒙古是對立的兩方，而明朝扶此抑彼，起著推波助瀾的作用。

　　西域諸地。在哈密、赤斤蒙古、沙州等八衛地區，也有不少蒙古族，一些衛的首領由蒙古貴族――元朝宗室後裔擔任。西域諸地位於東西交通要道，與瓦刺、東蒙古、土魯番、明朝都有著密切的政治、經濟、軍事關系，特別是哈密，各方勢力曾為爭奪它而展開長期和激烈的鬥爭。

　　在哈密以西有別失八裡(今新疆吉木薩爾縣北，後遷至伊犁河流域，更名亦力把裡)和土魯番，其統治者為察合台後裔，和明朝長期保持著朝貢關系。土魯番向東擴展勢力，曾三次佔據哈密，與瓦刺、明朝都發生過戰爭。

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