小智他們繼續朝著圓朱市為目標，來到了一處岩石遍布的峽谷，峽谷的盡頭有一座建築物，這裡正是阿露夫遺跡

　　“那是什麽骨頭啊?”，走進了阿露夫遺跡後，小霞指著岩壁上的一處問道

　　“看上去有點像化石翼龍啊”，小智看了看後說

　　“你這麽一說，還真是呢”，小霞和小剛仔細看了一下後又說

　　“說起來，不知道我的化石翼龍在噴火龍山谷過的好不好啊，那裡除了它之外，都是噴火龍，希望它不會感到孤單吧”，小智想起了自己的化石翼龍碎碎念道

　　“你在說什麽呢！小智。在噴火龍山谷，你的化石翼龍可不是獨自一人啊，還有噴火龍陪著它呢，噴火龍在還是火恐龍的時候除了妙蛙種子之外相處時間最多的就是你的化石翼龍了，雖然時常會打起來，但不是有句話叫做‘越吵架感情越好嗎’，我想他們它們真正的感情是很好的”，小霞看到小智好像思念起了化石翼龍，然後因此又在想念著噴火龍，然後又開始擔心他倆的狀況，於是安慰道

　　“是啊，你的噴火龍和化石翼龍就如小霞所說的一樣，看似一直在打架，其實它們的感情很好”，這個時候，小智背後傳來了聲音

　　“大木博士?”，小智他們轉過頭，才發現原來是老熟人大木博士

　　“哦，好久不見了”，大木博士打了招呼，“曾經在研究所的時候，火恐龍就很有骨氣的找對自己相性不好的化石翼龍戰鬥來增強自己的實力，為此沒有少惹化石翼龍生氣呢，於是他倆便時常戰鬥起來，只不過最初的時候每次都是以火恐龍的敗北告終。石英聯盟之後，火恐龍進化成了噴火龍，你們在橘子群島旅行的時候，它進化後的屬性面對化石翼龍更加不利，但依然還去挑戰，最初的時候化石翼龍隻以一點優勢贏了，不過噴火龍每經歷一場戰鬥都會變強，後來已經可以與化石翼龍鬥的旗鼓相當了，他們既是勁敵也是朋友啊，就像你和小茂的關系一樣呢”，隨後大木博士又開始解釋曾經在研究所中的噴火龍與化石翼龍

　　“誒，原來我們旅行的時候，在研究所中還發生了這樣的事情啊”，小智聽到了大木博士的說明後感歎道

　　“真不愧是小智的噴火龍呢，那中越戰越強的姿態，即使明知對方比較強，也不放棄戰鬥的姿態，確實可以讓人感受的到呢”，小剛說

　　“對了，博士，你到這裡有什麽事情嗎?”，小霞突然問

　　“是我的學生邀請我來，說是有很大的發現，你們和我一起去看一下吧”，大木博士說完後還邀請了小智他們一起去，小智剛好也想要知道自己其他神奇寶貝的近況和身上菊草葉心情不好的原因，當然也就同意了

　　在一起去的路上，小智得知了大家都在用自己適合的方法進行著特訓，而妙蛙種子在小智旅行的時候，解決了研究所中的水系神奇寶貝與草系神奇寶貝的紛爭問題，所以現在相當於管理者，而傑尼龜則是協助妙蛙種子的助手，時不時也會去幫忙特訓一下小智的其他水系神奇寶貝，還有就是疑似仙系的皮可西和會說話的耿鬼則是比較悠閑，而且時常待在一起，比雕也經常會去操練一下真新鎮外面森林裡的比比鳥和波波們，以防以後再被大嘴雀群們襲擊，哈克龍有時也會去幫忙，而且已經學會了祈雨絕招，而給他們提出最適合自己的特訓課程的就是那隻閃光的貓頭夜鷹

　　至於菊草葉心情不好的原因，大木博士也告訴了小智，之前小智將它傳送回去的時候，來到研究所之後看上去就好像很生氣的樣子，後來又在研究所裡的行動又受到了妙蛙種子和傑尼龜的限制，好不容易有段時間趁妙蛙種子他們沒發現，獨自在裡面玩耍了一會，卻又被小智叫回來了了

　　“啊，大家都很努力呢，不過關於菊草葉的事，我是不是想錯了呢?”，小智在路上聽完大木博士所說之後，獨自一人說道

　　本來小智認為這隻菊草葉的關系可能沒原著裡的菊草葉對小智那麽依戀，所以把它放回去也覺得應該沒什麽大問題，但是從它回去那個時候心情就不好可以看出來，它好像並不怎麽想要離開，也許這隻菊草葉的感情與原著是一樣的，只是表達方式不一樣罷了，原著裡是先傲後嬌，自己這裡則是一直傲，想到這裡，小智覺得之後有必要和菊草葉好好談一下了

　　“大木博士，太好了，你終於來了”，不過此時已經走到了峽谷盡頭的屋子中，然後看著一位刺蝟頭叔叔高興的迎接著大木博士

　　“好久不見了啊，佐竹同學，給你們介紹一下，這是在彩虹大學選修我課程的佐竹同學”，大木博士回應了之後又對小智他們介紹自己學生的名字

　　“博士，他們是?”，佐竹看著小智他們問

　　“他們分別是我們真新鎮出發的小智以及他的同伴小霞和小剛，你說有大發現，我就把他們都帶來了”，大木博士解說道

　　“大木博士，過來一下”，而佐竹則是把大木博士拉到一旁，偷偷說，看來是想要盡量保密這個大發現啊，“這件事如果發表出去的話，會引起顛覆學術界的大風暴，所以我才找博士秘密商量的”

　　“沒事的，讓他們拓展見聞也是成為神奇寶貝大師重要的一步啊，而且小智曾經也為我們這些研究者提供了一些材料啊，比如說鳳王的照片，本已滅絕的化石神奇寶貝化石翼龍，稀少種的龍系神奇寶貝迷你龍&哈克龍，閃光神奇寶貝的貓頭夜鷹，巨大的大岩蛇，水晶大岩蛇，還有小智的耿鬼也幫了我的研究不少忙”，大木博士這樣說道

　　“什麽?化是神奇寶貝！好吧，這次就破例吧”，聽到了其中的化石神奇寶貝後，佐竹又讓小智他們參與了進來

　　“那是在幹什麽?”，小剛發現一位工作人員拿著一個噴水裝置衝洗骨頭

　　“他正在用水衝洗化石上的泥土和不純物質，那些用刷子是刷不掉的”，佐竹解釋道，“哎，最近水源一直不穩”，突然發現一起拿有一會不出水，佐竹抱怨道

　　“水源是哪裡?”，大木博士問

　　“是在後面森林深處，那裡有豐富的地下水”

　　“佐竹研究的是神奇寶貝古代史”，大家一邊參觀這個研究所，大木博士同時還擔任解說

　　“是的，怎麽樣，這裡有很多古代神奇寶貝的化石，我想見過古代神奇寶貝的你們應該能理解吧”，佐竹在展示著這裡的化石

　　“是的，大家都認為生命是從兩百萬年前產生的，根據是發現鐮刀盔的那個地層，不過我則是認為應該是更早的”，佐竹此時帶著大家來到了一處鐮刀盔化石所在地

　　“我記得你畢業論文就是這方面的”，大木博士也說

　　“時的，我一直認為的海洋神奇寶貝起源學說一直沒變”，佐竹也說道

　　“海洋神奇寶貝起源！”，小霞聽到後激動了起來，“我最喜歡水系神奇寶貝的神秘感了，原來所有的神奇寶貝都是從海洋起源的，這麽說神奇寶貝們都和水系神奇寶貝有關了”，小霞繼續說道，不過這回因為太過激動，被小剛逆襲揪走了

　　“接下來，帶大家來到兩百萬年前的世界”，隨後佐竹帶著大家來到了某處房間裡，就看到一處小小的棲息地，還看到一隻化石翼龍正在飛著，“這裡是依照古代神奇寶貝的只是，采用先進的電子技術紡織的兩百萬年前的世界，那隻化石翼龍也是這樣製作的，我們把這裡做成古代神奇寶貝公園，重建古代神奇寶貝生活的環境，因為還要調整，所以還沒有對外開放”

　　“那個石頭在發光”，繼續前進的途中，大家來到了水邊，小霞看著發光的石頭吃驚的說

　　“那個是發光青苔，太古時代的海邊也有很多這種東西，這是根據化石分析了解的”，佐竹解釋著

　　“啊，這是菊石獸和多刺菊石獸，不過這就是大發現嗎”，小霞看著出現的兩隻菊石獸和一隻多刺菊石獸說

　　“你們居然認識這些神奇寶貝！”，看到小智他們認出來之後，佐竹非常不可思議

　　“哦，在我曾經收服化石翼龍的時候，小剛他也收了隻化石盔，而小霞則收了一隻多刺菊石獸，而且我們在橘子群島旅行的時候也看到過化石神奇寶貝，所以我們才會不這麽吃驚”，小智出來解釋

　　“沒想到在這裡也會有絕種的化石神奇寶貝啊”，大木博士蹲下去和菊石獸他們握著手打招呼

　　“大木博士，之前是在哪裡發現的，如果曾經有這麽多的化石神奇寶貝被發現，現在應該早就被報道出來了才對啊”，佐竹急切的問

　　“關東地方的大傻谷，不過後來我發現如果發表出去會給那裡的化是神奇寶貝們帶來困擾，所以我便開始一個人默默研究著化石翼龍，還有他們說過曾經在橘子群島的時候，也有一座完全由化石盔化石組成的島，在一個滿月，它們集體復活，不知何去何從了”，大木博士解釋

　　“原來世界上會有這麽多地方有著化石神奇寶貝啊，雖說大家都發現了地點，但是得知了會引起轟動，讓化石神奇寶貝們感到困擾，所以才選擇沉默不語，希望它們能夠一直平安生活下去啊”，佐竹終於知道了

　　隨後交談完畢了之後，大家都來到監控室那裡看著菊石獸他們的一舉一動，不過，一段時間過後，他們發現了不對勁

　　“佐竹主任，不好了，設施內所有的供水都中斷了”，就在這時一名研究人員進來對佐竹說

　　“去水源看一看吧，拜托你，陽陽瑪，幫我查探一下”，隨後五人往水源處趕去，小智也放出了陽陽瑪出去尋找，隨後不久陽陽瑪回來了，然後帶著小智他們趕了過去

　　“火箭隊！”，來到水源處，看到兩人一貓，小霞立刻喊

　　“你們到底是什麽人?”，佐竹下車後問

　　“……(火箭對台詞)，這裡的水我們要拿出去賣掉當我們的資金，還有這裡的菊石獸、多刺菊石獸可是多的捉不完，我是不會給你們的”，武藏說完後還做了個鬼臉

　　“火球鼠，就決定是你了”，小智派出了火球鼠

　　“海星星，上吧”，小霞則是使用了蚊香蛙

　　“阿伯怪(雙蛋瓦斯)，去吧”，武藏和小次郎也同時放出了自己的神奇寶貝

　　“雙蛋瓦斯，煙幕”，“阿伯怪，毒針”

　　“小霞， 使用高速星星”，小智提示道，“恩，知道了”，小霞也應答到

　　“火球鼠(海星星)，高速星星”

　　雙蛋瓦斯從嘴中散發出一道濃密的黑煙，在這之中又突然出現幾道毒針向小智他們這邊襲來，不過小智提示著小霞使用高速星星，於是火球鼠和海星星兩隻神奇寶貝分別釋放出好幾道閃著光芒的黃色星星，並且穿過煙幕，無視煙幕的遮擋，命中了對方的雙蛋瓦斯與阿伯怪，這也正是因為高速星星是必中技這一點啊

　　“阿伯怪，用衝擊絕招給我反殺”，“雙彈瓦斯，你也是用衝擊”

　　“火球鼠(海星星)，躲開後，使用噴射火焰(泡沫光線)”，小智和小霞同時說道

　　阿伯怪和雙蛋瓦斯雖然還在一直承受著高速星星的攻擊，但是因為自己訓練家的命令，振作了起來，迎著高速星星對著小智他們的神奇寶貝衝了過去，不過，在他們快要擊中對方的一瞬間，海星星旋轉起來，躲到了一旁，火球鼠也是跳到了它們旁邊，分別使出了自己的絕招，然後之間泡沫光線包圍了火球鼠的噴射火焰，卻沒有將其熄滅，而是兩種絕招合為一體，共同擊中了火箭隊他們，於是火箭隊他們這次再一次飛走了

　　‘好討厭的感覺’

　　趕走了火箭隊之後，佐竹也打算不報道這裡菊石獸的事情了，認為他們就這樣平平穩穩才是最好的選擇，而小智他們也離開了這裡，繼續朝著圓朱市前進