最後自來也與綱手在辦公室與鳴人聊天打屁了一會就離開了，而鳴人自己在辦公室等待著結果。很快的追擊的人就回來了。基本與原來一樣，不過有卡卡西和暗部的忍者暗中照拂，小強們並不像原來傷的那麽重。另外君麻呂已經不在了，最後大蛇丸居然派了藥師兜出來接應，在小櫻和李與兜戰鬥了一段時間之後，卡卡西就現身出來了。兜那個狐狸自然也不會再繼續不討好，於是就閃身離開了。佐助的追緝行動也到此為止了。至於團藏秘密派出的暗部，則是一早就被卡卡西他們攔了下來。最後由水戶和小春出面，團藏也只能咬著牙將他們抽調出來，另外又補派了一些人出去執行常規任務去了。

　　鳴人則是坐在辦公桌後面聽著卡卡西匯報這次行動的經過，在卡卡西離開之後，鳴人也去了醫院探望了了一下受傷的小強們。自此為止，在鳴人的記憶裡前期的大事件基本都已經結束了。接下來是三年的潛伏期，直到最後曉開始站到舞台前為止。當然期間還是會有不少的插曲。

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　　時間匆匆過，轉眼間自鳴人擔任火影一來已經過去了兩年。期間木葉的一切工作都在平穩的進行著，自上次中忍考試以來所受的損失，總算是慢慢的恢復了過來。在這兩年的時間又有許多優秀的忍者開始展露頭角，忍者學校也有新的血液加入。而中忍考試也已經又舉辦了四屆，眾小強也全員晉升中忍了，尤其是寧次，只要在積攢一段時間的經驗就可以晉升上忍了。這兩年中，砂隱那邊，手鞠和勘九郎已經是上忍了。而去年的這個時候，鳴人已經參加過我愛羅就職風影的慶祝儀式了，順便又與砂隱重新簽訂了同盟協定。

　　在這兩年間，鳴人在木葉已經有了不小的威望。期間團藏倒還是不死心搞了幾次小動作，不過在被鳴人狠狠的打擊了之後，就老實的多了。尤其是最後一次，鳴人發現團藏居然在暗中搜羅火影直屬暗部的資料，那一次鳴人真的是怒不可遏，直接一個人打到了根部。那一次如果不是水戶和小春來的及時恐怕團藏的性命都難保。等到水戶和小春趕到的時候，團藏右手的寫輪眼已經閉上了四隻，右眼的止水的眼睛也已經被鳴人挖了出來。

　　團藏的伊耶那歧之術確實很是麻煩，但是鳴人的感知力卻是可以輕易的感知到團藏施術的間隙，而以鳴人那鬼魅的速度，在這施術的間隙足夠鳴人發動好幾次攻擊了。最後在損失了三隻血輪眼之後，團藏開始準備使用止水的眼睛，不過卻在準備發動瞳術的那一瞬間，被鳴人直接將止水的眼睛挖了出來。而後鳴人看準了團藏伊耶那歧馬上就要做好下一次發動準備的時候，再一次給予了團藏致命的傷害。這麽一來，團藏為了保命，不得不發動伊耶那歧之術，而這麽一來也永遠失去了奪回止水眼睛的可能。畢竟止水的眼睛能力實在太過BUG，這一次團藏就是靠著別天神之術才操縱了鳴人直屬暗部中的一人，這才弄到了暗部的資料。這種大殺器，就算鳴人自己不怕，也絕對不能再將它留在團藏手中。

　　就在鳴人準備繼續發動攻擊的時候，水戶和小春匆忙趕到，阻止了鳴人的行為，並且一再的為團藏做保證，最後鳴人還是放棄了行動。畢竟現在在根部之中，團藏的影響力確實是無人能比，而且團藏對根部的殘忍的控制手段，也決定了鳴人就算想要控制根部，恐怕在相當長的一段時間內也無法做到。而且很容易會引起騷亂。最後鳴人再經過了一番思考之後，又狠狠的警告了一下團藏，這才平息了這次事件。而經過這次的打擊以後，團藏也不得不老實了許多。另外，鳴人在警告了團藏一番之後，還順帶打劫了團藏的庫存，在給團藏留下了補足右手和右眼的寫輪眼之後，將團藏保存的其他的寫輪眼還有培育的初代的細胞全部封印帶走。

　　而後鳴人就借著這個機會研究了一下寫輪眼和初代的細胞。鳴人首先研究了初代的細胞。跟鳴人當初想象的差不多，初代的細胞活性的確是強的超出想象，鳴人一直以為自己的細胞活性就算比起初代也差不了多少，可是在觀察了初代的細胞之後，才發現自己還是太自大了。哪怕是鳴人現在的細胞活性，比起初代還是差了一籌。不過這也不是什麽難以接受的，鳴人在當初拿到綱手贈送的項鏈的時候就有了心理準備。畢竟鳴人自己的查克拉可是做不到像初代那樣，能夠直接凝聚實體化成結晶的程度。“看來自己與千手柱間還有宇智波斑之間仍然有著不小的差距啊。”鳴人在心裡感歎著，終於收起了最後的一點自大和傲慢，開始重新審視自己。

　　最後鳴人決定在自己的身上移植初代的細胞。雖然初代的細胞活性要比自己強出很多，但是終歸只是離體的組織細胞，沒有了主動意識。如果面對的是初代本人，鳴人只能是老實的退卻，但是如果只是一些離體的細胞，那麽鳴人有絕對的信心。最終，初代的細胞在經過開始的對鳴人的身體的抵抗和侵蝕之後，就被鳴人的細胞完全的吞噬掉了。鳴人的身體在吞噬了初代的細胞之後，也開始了新一輪的進化，隨著新一輪的煉髒換血，鳴人的整體又向更高的層次前進了一步。

　　並且在吞噬了初代的細胞之後，鳴人終於可以使出木遁了。原本鳴人成為火影之後，也特別的研究過木遁，並且也找大和探討過。不過大和本人也對自己的木遁一知半解的，所以鳴人也只能自己摸索了。不過無論鳴人怎麽實驗，都無法使出木遁。本來照鳴人自己的預測，自己有著水，土查克拉屬性，細胞活性也足夠強，使用木遁應該是水到渠成的才對，可是事實卻是剛好相反。現在在吞噬了初代的細胞之後，鳴人才發現木遁根本不是自己想象的那麽簡單，這個木遁忍術恐怕是和神樹有關系吧。在掌握了木遁之後鳴人就隱約有著這樣的感覺，不過鳴人本身的力量層次還遠遠達不到那個水平，最後實在是想不明白也只能不去浪費腦細胞了，反正以後隨著力量的提升早晚會明白的。

　　除此之外，在鳴人吞噬了初代的細胞之後，終於也清晰的感覺到了，在自己的體內，或者說靈魂之中，阿修羅的存在。自己這一次的提升如此的順利，恐怕也是有著阿修羅的功勞在裡面。說實話，鳴人對於自己體內有著另一個靈魂的存在是十分的反感的，總會讓人有一種自己不是自己了的感覺。不過在鳴人仔細的感知了一番之後，才發現這個阿修羅好像只剩下了本能的意識，而這個也根本算不上是靈魂。經過鳴人的初步判斷之後，斷定這恐怕是一種類似心靈之光的存在。

　　這下鳴人不由得再一次為前人的成就而驚歎。雖然有著後世轉生者的灌溉和澆築，但是這心靈之光的主人也是需要何等的力量層次和堅定的意志，才能夠讓自己的心靈之光歷經滄桑而不泯滅。同時鳴人對於傳說中的六道仙人更是期待了，能夠歷經滄桑而保持自我意識和力量，這是一種什麽境界，恐怕已經遠遠超過了四階中級，早就已經達到了四階高級的程度了吧。在察覺到了阿修羅在自己體內的恐怕是類似心靈之光的存在後，鳴人也是放下了心，這東西對自己百利而無一害。而且哪怕是自己有想法，以自己如今才三階的境界也是拿它毫無辦法。

　　至於寫輪眼的研究，鳴人也確定了寫輪眼心靈寫照之瞳的稱號，確定了寫輪眼確實是依靠心靈之力進化的。而萬花筒寫輪眼各不相同的能力，恐怕也是每個人不同的心靈之力的體現。至於萬花筒寫輪眼會逐漸失明，恐怕也是因為身體無法及時修複眼睛的損耗，沒有辦法及時補充瞳力的緣故。在遠遠達不到四階的境界，甚至是連門檻都沒摸到的時候，就已經初步的體現出了每個人不同的心靈之光，仙人之眼確實是有著自己的獨到之處。鳴人已經不會再小看這個世界了，這個世界雖然沒有像前世那樣系統的修煉體系，但是這個世界顯然也有著自己獨特的發展方向。

　　最後鳴人還是沒有移植寫輪眼。如果鳴人移植了寫輪眼恐怕會直接進化到永恆萬花筒的層次吧，畢竟鳴人的心靈之力何等強大，雖然只是有個心靈之光的種子，沒有具體的表現。但是相比那些宇智波的忍者開啟萬花筒的時候還是要強的太多。不過鳴人並不想這麽做。因為一旦開啟了萬花筒，就代表著初步確定了自己心靈之光的方向。鳴人現在還是三階境界，未來的發展顯然還是有著廣闊的天地，鳴人可不想用這種揠苗助長的行為提前圈定了自己的發展道路。

　　最終鳴人還是決定按照原來的計劃進行提升和修煉。吞噬了初代的細胞之後，雖然鳴人的整個層次又向上進化了，但是本身的實力卻是提升不大，只是原有的忍術威力有了一定提升，而且還學會了木遁。但是在鳴人這個層次上這樣的提升根本不算什麽。於是在這一次的進化之後，鳴人原本就已經十分緩慢了的提升，算是徹底的進入了一個瓶頸。不過鳴人對此並不感到失落， 只是繼續提升著自己對已有力量的掌握。畢竟瓶頸下的每一點提升都算是基礎更進一步牢固的表現，在將來突破之後也會帶來難以想象的回報。

　　在解決了團藏的問題之後，又在研究和修煉方面取得了巨大的成果。鳴人那段時間可是心花怒放，見了誰都笑呵呵的，一度讓小櫻和雛田認為鳴人是不是勞累過度以至於精神都有了恍惚。經過了鳴人好一番解釋，小櫻和雛田才明白了怎麽回事，少不得又是給了鳴人一頓白眼，雖然雛田本身的眼睛就是白的。而那個時候，鳴人，小櫻還有雛田之間，也早就正式確定了關系。大家都是明眼人，對於三人之間的關系也都是心知肚明。哪怕是日足也沒有去幹涉鳴人和雛田的關系，只是淡淡的對鳴人說，既然雛田自己決定了，那他們年輕人的事就讓他們年輕人自己決定好了。當然也不忘了威脅一下鳴人，不要辜負了雛田。而小櫻那對粗線條的父母則是完全不在乎女兒的三人戀情，只是說女兒願意就好，當然也單獨的和鳴人談過話，哪怕是再粗線條的父母也不可能忽視了自己的孩子。於是從那之後，鳴人，小櫻和雛田更是除了任務和工作之外成天黏在一起了。如果不是三人都還未成年，恐怕早就已經結婚在一起了。

　　從那次暗部泄密事件之後，木葉內部算是徹底的穩定了下來，直到這兩年結束為止，木葉一直都處於一個飛速發展的階段。而整個忍界，雖然暗地裡暗流洶湧，但是表面上依然是一片風平浪靜。時間就這麽慢慢的流淌著。