公元2015年，繼“第二次衝擊”之後，世界又面臨著新的威脅。
　　恐怖的入侵者們大肆屠滅人類，它們是一種似人的巨大機械戰鬥群，所到之處簡直是一片煉獄，幸存下來的人們終日在惶惶不安中度過，並將入侵者稱為”使徒”——上帝派來的使者。
　　人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，NERV組織以最精密的技術，花費巨資研究出一種以駕駛員的神經直接控制的”泛用人形決戰兵器”。
　　這種高科技產物將駕駛員與機器做了精細的契合，籍由意志及身體的反映來控制EVA。不過由於當時這些技術還在研發階段，所以有許多障礙還無法立即克服。而且因為並不是每個人都能自由的駕駛EVA，駕駛人選一直是NERV最頭疼的地方。
　　 NERV分部——D國基地
　　數百名身著白色製服的研究人員正在忙碌著，當一切準備妥當之後，他們看著屹立在眼前的紅色作戰裝甲——EVA二號機，眼中露出了灼熱的光芒。
　　“冷卻完畢。”
　　“完成右手腕重新固定...”
　　“機體內所有接觸無誤...”
　　“停止信號，插頭已經排出...開放脊椎傳導系統...”
　　“準備連接...開始第一次接觸...”
　　.....
　　EVA二號機，這座人形作戰機甲有近百米的高度，從任何角度看上去都足以震撼人心。
　　駕駛中有一名少女，她叫明日香，是一個混血兒，一頭金黃色的長發，穿著紅色戰鬥服，精致的臉龐，略帶嫵媚。
　　她今年只有十四歲，便從全球數億人口中脫穎而出，成為與EVA二號機適配程度最高的準駕駛員。
　　她臉上並沒有多少緊張的神色，隨著考核的推進，雙眸越來越亮:“能夠從這麽多人之中成為eva的操縱者，然後與使徒戰鬥將它打敗，而借此得到大家認同的話，這就是我最幸福的事。”
　　“母親，你會支持我的，對麽?”
　　明日香與二號機淵源頗深，她的母親惣流?今日子?齊柏林是EVA計劃D國分部的科學家。
　　當她4歲時，今日子參加了的二號機的連結實驗，雖然從實驗中存活下來，但是卻發瘋了。
　　今日子將明日香的娃娃當作是自己的女兒，而拒絕承認明日香才是自己的女兒，最後上吊自殺身亡，這件事給明日香幼小心靈造成了極大的打擊，她性格傲嬌好勝卻又非常脆弱，沒有安全感。
　　“初步接觸沒有問題...雙向回路開通...”
　　“同步率69.2%....諧波全部正常...”
　　“沒有失控現象！”
　　一陣歡呼聲從基地中響起，他們這些科研人員為了EVA付出太多了，在過了如此漫長的時間之後，終於找到了一個同步率(即駕駛員與EVA之間的協調性、溝通和連接性。理論上在0%至100%之間浮動，當同步率數據越高時，協調性就越好)如此高的駕駛員！
　　在解除同步之後，明日香剛準備從駕駛艙離開，卻突然聽到了一道電子女音在腦海中響起。
　　叮！恭喜你加入超神次元聊天群。
　　“聊天群....什麽東西...母親，我是太思念你了麽?”
　　明日香搖了搖頭，