永歷元年三月，清兵已攻陷平樂，瞿式耜估計敵人必然要爭奪桂林，一面調度糧草，一面把駐在黃沙鎮的焦璉部隊調回桂林。

　　為鼓舞士氣，瞿式耜甚至把自己俸銀也湊上去犒賞將士。

　　第二天上午，清兵突然襲擊桂林，一度攻入文昌門，瞿式耜沉著指揮，依靠焦璉、白貴等部隊奮勇廝殺，清兵全面潰退。

　　永歷二年二月，聯明抗清的原大順軍將領郝永忠(即郝搖旗)，在靈川戰役中受挫後退到桂林，受到當地駐軍的歧視，發生兵變。

　　郝永忠縱兵大肆掠奪，殺太常卿黃太元，當時瞿式耜不在桂林，瞿式耜的家也被搶掠，家人拿出何騰蛟的令箭，才混出城去。

　　三月初瞿式耜回城後，立即著手料理善後事宜，首先安定人心，加強戰備，督師何騰蛟也帶兵來保衛桂林，再敗清兵。

　　永歷三年，何騰蛟殉國後，瞿式耜兼任督師，一度陸續收復靖州、沅州、武岡等府縣。

　　無奈南明朝中上下爭權奪利，猜忌傾軋，能征善戰的廣西本地部隊又長期戰鬥，得不到休整，大大削弱了戰鬥力。

　　永歷四年正月，南雄被清兵攻破，不久全州再度陷落，嚴關失守，前線潰退下來的官軍竟然沿途擄掠，秩序大亂，駐城將領也不戰而逃。

　　瞿式耜氣憤到極點，捶胸頓足說:“國家把高官厚祿養這些人，現在竟這般行徑，可恥！可恥！”。

　　形勢越來越壞，十月初，清軍兵臨城下時，桂林軍民已經四散而逃，就連瞿府男女仆從也全走散了。

　　他的侍從武官備馬請他出城暫避，勸他說:“大人是國家棟梁，一身關系國家安危，突圍出去後，還可號召四方愛國志士，再乾大事。二公子歷經千難萬苦，正從常熟趕來看望大人，只需暫避一下，父子就能見面了。”

　　瞿式耜擺擺手說:“我是桂林留守，我沒有守好這個地方，對不起國家，還顧什麽子女！”

　　隨後他整整衣冠，端坐在衙門裡。

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　　翰林院學士、廣西總督張同敞，是瞿式耜的學生，見局勢已無法挽回，從靈川隨潰兵逃回桂林，聽說城裡人已走空，只有瞿式耜沒走。

　　張同敞平時十分敬重瞿式耜，立即隻身泅水過江，趕到留守衙門見瞿式耜說:“恩師，形勢這麽危急，你怎麽辦?”

　　瞿式耜說:“我是留守，有責任守好這地方，城存與存，城亡與亡。今天，為國家而死，死得光明磊落，你不是留守，為什麽不走?”

　　張同敞聽後說:“恩師，以前戰敗，只要我不跑，總有部隊跟隨我，以圖再起;而這次竟全部跑光，再無一兵一卒敢於再戰，可見人心已然散盡了，我不死還能做什麽呢?要死，就一起死！恩師，你難道不允許我和你一起殉難嗎?”

　　說完就在旁邊椅子上坐下來，和瞿式耜一起飲酒。

　　東方漸漸發白，清兵衝進衙門，要捆綁他們，瞿式耜說:“我們不怕死，坐等一夜了，用不著捆綁。”

　　遂與張同敞昂首闊步走出衙門。

　　孔有德一心想收降瞿式耜，關押至今，屢遭嚴詞拒絕，終於失去了耐心。

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　　“別山，這是我寫的絕命詞，明天你托那位余將軍想法帶出去罷，日後若是傳至皇上耳中，也算是老夫以明厥志了。”

　　瞿式耜把一張書稿隔窗遞給張同敞，目光深邃的道。

　　張同敞接過書稿，朗聲讀到:

　　“從容待死與城亡，

千古忠臣自主張;三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香！”　　“恩師大義！”張同敞凜然道。

　　“別山，你是快槍手，也吟一首吧?這是你我最後時刻唯一能夠留給這個國家的了。”

　　“學生豈敢落後，也已擬就一篇，就請恩師最後為學生斧正一次吧。”

　　張同敞眼含熱淚，輕聲吟道:

　　“一月悲歌待此時，成仁取義有天知;衣冠不改生前製，名姓空留死後詩。

　　破碎山河休塟骨，顛連君父未舒眉;魂兮懶指歸鄉路，直往諸陵拜舊碑。”

　　“好！別山……我生平最愛山水佳景，此地頗佳，你我可以安心去矣！”

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　　師生二忠良知道大限將至，正笑對生死，忽然瞥見余成帶了幾個緊身裝束的人悄然摸進洞中。

　　余成上前跪於瞿式耜身前，急聲說道:

　　“督師大人，總督大人，卑職位卑能鮮，連日目睹大人們被困受辱，卻無力施救，心如刀絞。今日終有援兵來救，請大人等速速破囚而出，回南寧行在與皇上會合，征召四方志士，再圖大業。”

　　“余將軍，你身在曹營心在漢，老夫知曉。”

　　瞿式耜聞言稍一愣神，喟然說道，“然局勢已然如此，老夫縱然出得牢籠，又有何能力挽大廈於將傾?唯有為社稷盡忠而已。”

　　“督師大人，實不相瞞，現有忠勇義軍強力來援，我大明複興有望，我等隻望大人蛟龍歸海，登高一呼而已，還望大人明鑒哪。”余成見此淒聲說道。

　　瞿式耜聞言沉吟片刻，沉聲問道:“余將軍，此話當真?”

　　“在下大明抗清義軍首領林嘯，見過兩位大人。”

　　沒等余成答話，林嘯跨步上前，一臉正色地道，“在下戎裝在身，不便行禮，望大人見諒。我等由海外歸國效力，現已屯兵欽州，萬事俱備，不日即可發兵勤王護駕，聽聞大人被囚，特領輕騎來救，眼下形勢急迫，詳情不及細說， 還請兩位大人速速隨我等出城要緊。”

　　瞿式耜和張同敞將信將疑，相視一笑。

　　稍頃，瞿式耜終於點頭。

　　這段時間他想通了，有機會逃出去的話他不想就這麽死了，他要繼續為國效力，如若不濟，早晚戰死疆場而已。

　　張同敞是頗為信任余成的，當下也一點頭，既然連死都不怕了，管他真假，出去再說吧。

　　當下，兩人走出余成早已打開的牢門，正要出洞，卻見余成和莫原煒上前，拿出兩根繩子，莫原煒帶著歉意說道:

　　“兩位大人被囚多日，恐體力不支，張大人尚且有傷在身，還是由卑職等背負大人下山吧。”

　　眾人不由分說，把兩位大人捆在莫原煒、余成身上。

　　捆扎停當，林嘯帶頭閃出洞口，眾人魚貫而出，余成帶著兩名隨從親信緊隨其後。

　　下山辦法林嘯早已計劃好，眾人摸至一處峭壁前，在一棵古松後摸出一捆粗麻繩，一端系於樹根。

　　張晨楓把大狙背於身後，抓緊麻繩試了試，沿著山壁慢慢蕩下山去，悄然落地後迅速摸至狙擊陣地，打開夜視儀，警戒清兵軍營方向。

　　隨後，劉旭磊，何守信，莫原煒，余成等逐一沿繩溜下山來，林嘯帶著余成的兩名親兵斷後。

　　不料，莫原煒雖身材魁梧，力氣很大，身手卻遠不及余成靈巧，地形也不及余成熟悉，背著瞿式耜使他下山動作有些笨拙，不小心踩到一塊松動的斷層石岩。

　　石岩骨碌碌滾下山去，發出的響聲雖說不大，但在萬籟俱寂的深夜，顯得相當突兀。