浣熊市地下某處基地。

　　“什麽?蜂巢失去控制了?”

　　“BOSS，紅皇后系統被未知程序篡改，為了防止影響其他基地智腦，已經切斷與各基地智腦的聯系。另外這是紅皇后失控前傳來的圖像。”

　　“通知伊薩克博士啟動蜂巢內部的暴君消滅所有人！”

　　“BOSS，那復仇女神計劃是否終止?”

　　“蠢貨！這種克隆體我們不是還很多嗎！模擬實驗換一個愛麗絲不就完了！”

　　“是BOSS！”

　　……

　　袁英看著乖巧的紅皇后，叫小緣快速在腦中播放了下劇情。

　　生化危機開始簡單的講述了安布雷拉(保護傘)公司。21世紀初，保護傘公司已經成為了全美最大的營利性組織，並且它在經濟、政治上的觸手伸及各個角落。表面上它是全球首屈一指的電腦技術和醫療保健品的供應商。但是很多它的雇員都不知道，它的主要利潤來源於軍事技術、基因研製以及生化武器。在一個尋常的日子，公司地下研究基地突然病毒爆發！愛麗絲身為地面保安人員，被基地防禦機制所噴發的神經性毒氣感染而暫時失去了記憶。這時公司認為是人工智能電腦“紅皇后”出了什麽問題。於是立刻派特遣隊前去關閉“紅皇后”。特遣隊必須在規定的時間回到地面，否則他們將被封死在地下。

　　特遣隊在地面建築中遇到了愛麗絲和馬特，馬特是反生化武器者，前去尋找並接應自己的妹妹。遇見特遣隊後馬特自稱是警察。於是特遣隊將二人帶在身邊繼續任務，眾人又在通往地下蜂巢的電車上遇到了同樣被神經性毒氣感染的史賓斯。

　　特遣隊在研究基地找到了“紅皇后”控制室，然而“紅皇后”一直通過攝像頭監控著他們。在通往控制室的通道中，紅皇后啟動了激光防禦系統。用激光殺死了隊長和另外3名隊員。破解了防禦機制之後，當愛麗絲他們正在重啟了“紅皇后”時，“紅皇后”的全息像出現懇求地對他們說:“若我失去電力，你們將會使失去主要系統能量。”卡普蘭沒有理會，按下了重啟開關。這時“紅皇后”憤怒的說道:“你們都將會死在這裡”。

　　紅皇后失去系統能量之後，被她關起來的喪屍都跑了出來。剩下的人開始了他們的逃亡之路。一名特遣隊員傑迪死亡，蕾恩也感染了病毒。喪屍衝散了大家。走散之後愛麗絲恢復了記憶，想起來自己是線人！本來要幫助馬特的妹妹拿到病毒，並把保護傘公司的醜事公布於眾。愛麗絲在辦公室遇到了去找妹妹的馬特。馬特和愛麗絲重新和大家在控制室會合，找到了地下通道。在地下通道中卡普蘭和大家走散了，在回去的路上愛麗絲突然想到了病毒和血清在哪裡。可是當他們來到實驗室時，卻沒有發現。這時，史賓斯恢復了記憶。原來是史賓斯偷走的病毒和血清並把病毒釋放到基地裡的。病毒感染了地下工作者，使他們變成了喪屍。黑心的他想拿到病毒在黑市上賣掉。他搶到手槍並把其余的人關在了實驗室中，獨自去電車拿血清解毒。此時被“紅皇后”釋放了的舔食者出現，將史賓斯殺死。汲取他的DNA並且完成了進化，變的更加凶猛。實驗室內紅皇后要求愛麗絲殺死感染的蕾恩， 就把出實驗室的密碼給他們。外面舔食者正在撞擊強化玻璃試圖進入實驗室，時間也所剩不多了。愛麗絲最終沒有下手。

這時實驗室的門打開了。原來是卡普蘭，為了開門他燒掉了紅皇后的智腦。最後活下來的人坐上回地面的電車，給感染的蕾恩注射了血清之後，舔食者卻出現在了電車的外面。舔食者殺死了卡普蘭又抓傷了馬特。馬特通過打開車下門殺死了舔食者。蕾恩由於感染時間過長，血清沒有效果，也變為了喪屍，後被馬特殺死。這時電影並未就此結束。在他倆剛出門口的時候，保護傘科學小組突然出現抓住了已經感染病毒並且正在變異的馬特和取得病毒樣本的愛麗絲。　　之後保護傘公司重新打開蜂巢，迎接他們的卻是湧出成群的喪屍。影片結尾愛麗絲躺在空蕩蕩的實驗室中，身上插了數個針管，蘇醒的愛麗絲拔掉身上的針管，她來到街區發現城市已經變成一片廢墟。

　　。。。。。。

　　“主人！您請吩咐！”

　　袁英看著面前乖巧的紅皇后，心中給小緣點了一百個讚。這簡直太BUG了。現在整個蜂巢都在小緣的控制當中了，袁英要做的就是找到愛麗絲他們就行了，哦對！還要阻止這幫人把紅皇后破壞了。

　　袁英回頭看了眼計時器，還有2小時28分。這夥人應該進去才二十多分鍾，現在追上去還來得及。

　　“紅皇后，拖住入侵的先遣隊！”

　　“是，主人！”

　　吩咐完紅皇后，袁英趕忙施展凌波微步沿著鐵軌追了下去。