朱由樺遍觀南明諸鎮，把第一個目標鎖定在了武昌左良玉身上，鑒於東林和左良玉政治上的曖昧關系，朱由樺決定先從東林入手……

　　十一月初，皇帝一改對東林黨的謹慎克制之態，任命戶部尚書阮大铖兼任右副都禦史，負責查處北都淪陷時變節的朝臣，清算漢奸。

　　阮大铖眼見報仇有望，欣喜若狂，立即召集親信舊人楊維垣、虞廷陛、郭如暗、周昌晉、虞大複、徐複陽等人齊聚府邸，加班加點，連夜籌備起來，將變節的叛徒分為三類:一類是免強投敵，尚存一絲廉恥;第二類是投機分子，十分無恥;第三類是禽獸不如，毫無廉恥。代表人物分別是魏學濂、周鍾和龔鼎孳。

　　魏學濂是東林元勳魏大中的次子，在學術上有一定的名聲，崇禎十六年考中進士，此後常慷慨發表政見，引起關注，崇禎親自接見了他並打算任用他，就在這時，李自成攻克了北京。後來魏學濂被李自成錄用為戶部司務，並加入對李自成歌功頌德的行列。

　　周鍾是複社領袖，和魏學濂同年考中進士，但是周鍾的成績更好，高中榜眼，並被授庶吉士，庶吉士屬於翰林院，品級不算高，卻屬於皇帝近侍，明代有不少尚書和大學士都是庶吉士出身，可以看做是內閣輔臣的後備人才。北京淪陷後，此人先是認賊作父，以榜眼拜倒在舉人牛金星門下，又按照牛金星指示，寫了一篇《士見危致命論》，號召別人像他一樣改換門庭，牛金星對這篇文章表示讚賞，周鍾沾沾自喜，逢人便誇“牛老師知遇”。

　　周鍾還勸李自成早正大位，寫了一篇《勸進表》，文中鼓吹李自成“比堯舜更多武功，較湯武尤無慚德”，貶抑崇禎為“獨夫授首”，吹捧李自成“四海歸心”。其溜須拍馬，忘恩負義的醜惡嘴臉躍然紙上。

　　更為可恨的是，他還寫了一篇下江南之檄，勸李自成早下江南，底定天下。崇禎死後，屍體被草草安放在東華門外的一副原本用來安葬窮苦的人的薄皮柳木棺材中，周鍾幾次從先帝遺體前經過，不僅不哭不拜，竟然連馬也不下，徑直打馬而過。

　　周鍾的無恥程度另人發指，但還到不了空前絕後的程度，因為還有一個人比他更無恥，此人就是大文豪龔鼎孳。

　　龔鼎孳與錢謙益、吳偉業並稱“江左三大家”，少年聰慧，十八歲考中進士，任湖廣蘄水知縣，後因才能出眾，調任兵科給事中，給事中屬於言官，龔鼎孳在彈劾別人方面毫不含糊，他創造了“一月書凡十七上”的紀錄，其中有“大奸本乎大貪之疏，政本關系安危、已誤不容再誤之疏、糾論怙惡之疏……庇貪誤國之疏”等著名諫章，前後彈劾過周延儒、陳演、王應熊、陳新甲等權臣，直聲滿於朝垣。然而當自己面臨選擇的時候，他的表現比誰都要無恥，“闖來則降闖，滿來則降滿”，氣節淪喪，至於極點。不忠必定不孝，在父親去世奔喪之時龔鼎孳仍然放浪形骸，夜夜狂歡。

　　這三人爭著向李闖諂媚，向別人吹噓那些為李自成和大順政權歌功頌德的句子是自己想出來的。然而他們沒有想到的是，李自成這麽快就完蛋，作為叛徒，他們的處境很尷尬。

　　這三個人只是典型代表，類似還有不少，史可法的堂弟史可程也投降了李闖，此君不僅在大順政權中任“偽官”，還寫信給史可法勸他也投降。這讓史可法很為難，為了保護黨人和弟弟，他請求新皇給變節的朝臣以出路。

　　除了史可程，複社的一群小白臉楊汝成、項煜、陳名夏等人也變節投降過李闖，其中有不少人參與了當年驅逐阮大铖的活動。

　　當年在那次運動中阮大铖就像一個過街老鼠，被東林和複社子弟們圍著追打，他狼狽地逃到南京郊外，很長時間不敢再拋頭露面，這給他造成了極大的精神創傷。然而當年那些驅逐他的“正人君子”中有許多人成了漢奸、叛徒和賣國賊，成了極其可恥的貳臣，成了人民公敵。

　　因此當南京的複社子弟們為他們那些不爭氣的社友的無恥行為痛心疾首，咬牙切齒的時候，阮大铖笑得露出了後槽牙。疾風知勁草，板蕩時識誠臣，在阮大铖看來，東林和複社的文豪和“正人君子”們關鍵時候的表現似乎說明了兩點:一是學問越大越無恥;二是以君子自居的往往是真小人。現在是揭開這些偽君子們的偽裝的時候了。

　　經過一番周密的籌備，崇禎十七年十一月初，大理寺頒布了對從賊官的懲處條例。

　　條例規定:罪重者磔、斬，罪輕者絞、流，一體抄家，所得贓款濟軍北伐。

　　以下五種情況當處以斬刑:一是從賊一起攻打北京的;二是邀賊入京並為賊撰寫文告的;三是擔任偽順三品以上官職的;四是所有降賊的督撫和總兵;五是所有主動助賊策劃奪取地方的翰林院官員和科道官。其它十一種從賊官將受到較輕的懲處，主動自首的，將寬大處理。為了搜捕叛徒，錦衣衛聯合禦營親軍，緹騎四出，展開了轟轟烈烈的抓捕行動。

　　數千人行動起來，煙塵滾滾，雞飛狗跳，聲勢頗為驚人，城內的百姓得知了變節人士的名單後，俱都怒火填膺，高喊著誅殺漢奸、國賊等，蜂擁而至，一路緊隨，搜捕大軍裡不斷有百姓和愛國士紳加入，幫助朝廷緝拿叛徒。

　　隨著行動的迅速展開，雷演祚、楊汝成、項煜、魏學廉、周鍾等人先後被投入大獄，也有一部分東林叛徒如陳名夏、顧杲等人見機快，在社友的暗中庇護下，連夜喬裝打扮，倉皇地逃出南京，這些出逃的人懷著仇恨的心情一部分選擇北上投韃，還有一部分人投入左良玉的大營中尋求庇護。

　　當錦衣衛緹騎到湖廣向左良玉要叛徒的時候，叛徒陳名夏、顧杲等人在左鎮庇護下公然聚眾拒捕。錦衣衛被迫空手回京複命。

　　十一月初八，早晨，朝霞剛剛穿破雲層，南京各城門便緩緩開啟了，商賈百姓們從打開的城門湧進，爭先恐後的向城中菜市口匯聚。

　　涉案的幾十個判了斬刑的叛徒已全部被押解到菜市口臨時搭建的帳篷內，恐懼、緊張而又好奇的百姓們紛紛趕來看熱鬧，有些精明的小商販乘機擺起了各種小攤，專門向圍觀的百姓們賣水賣飯賣零碎雜物。

　　菜市口正中一千禦營親軍單列圍出了一個巨大的法場，將所有趕來的人群隔離在外圍。

　　包圍圈之內，三十余名精選的刀斧手紅布包頭，手執厚背大砍刀，整肅排列。

　　法場中央一個臨時堆砌的高台上，坐著負責監斬的都禦史阮大铖。還有大理寺，刑部的諸位官員，他們低著頭，彼此用眼神交流著，神色間頗為慌亂迷茫，顯然也是受驚不小。

　　午時三刻一到，刑部官吏走到高台前，大聲下令:“將人犯押進法場——！”

　　身側禦營軍校一擺手中令旗，圍成圈的禦營兵們立時讓出一個門，涉案人犯一個接一個的被押進法場。

　　他們穿著黑字白底的囚衣，腳上套著鐵鏈，緩緩蠕動著走向法場中央。法場四周的百姓們鴉雀無聲，他們第一次看見這麽多穿著囚衣的朝官大臣們，第一次看見戰場方陣一般的威武嚴整的刀斧手，每個人的心中既激動又害怕。那些東林複社出身的朝臣們再也沒有了平日裡的狂妄浮躁之氣， 個個垂頭喪氣，面色煞白。

　　此刻，當他們從一片人山人海中穿過，走進殺氣彌漫的法場，法場上豎起了一排排木樁，每個木樁上都寫著一個名字，名字上打了一個鮮紅的大叉時，他們不自覺的生出了一種深深的恐懼，雙腿發軟的癱在了地上。

　　法場外的萬千民眾大聲唾罵著那些變節的叛徒，盡皆拍手稱頌，大呼禦史阮大人執法如山，乃當世包青天。一些沒有變節的東林複社子弟們，懷著複雜的心情，看著那些給他們丟盡了臉面的社友們。

　　午時三刻一到，阮大铖帶著一絲復仇成功的快意，狂笑著吩咐:“開始！”

　　軍士得令，高呼:“人犯就樁，驗明正身！”

　　片刻之後，有禦營軍校快步走上高台，報道:“稟憲台大人，三十四名人犯全部驗明正身，無一錯漏！”

　　阮大铖點頭:“鳴鼓行刑！”

　　軍校令旗揮動，鼓聲大作:“行刑手就位！”

　　三十四名行刑手整齊分列，踏著赳赳武步，分別走到各個木樁前站定。

　　“舉刀！”

　　“唰”的一聲，三十四柄厚背大刀一齊舉起，在陽光的照射下反射出刺眼的亮芒。

　　“斬——！”

　　一片刀光閃過，鮮血噴濺，直達丈許，三十幾顆人頭同時落地，沒了頭的胸腔隻微微掙扎了幾下便一動不動，鮮血順著脖腔緩緩流出，刑場上瞬間形成一片血灘，在煌煌陽光下，血腥味迅速彌漫，人們惡心嘔吐，顧不得拍手鼓掌叫好，紛紛四散逃開。