然後勳階的名存實亡，各種複雜難明的認旗，自總兵以下，各副將、參將的將旗也各有不同。
　　非但各級軍校之間沒有什麽明顯的標識，炮兵、騎兵、鳥銃兵等各個軍種也無法區分，甚至用來指揮的旗語也是各營間就不大相同。
　　這還是戚繼光整理過後，兵部也按戚繼光的規矩改良後的結果，由此可見大明的營伍制度有多麽混亂，清廷的綠營軍製就是大明鎮戍製的改良版，軍製改革都走在大明的前面了。
　　所以軍製改革已經刻不容緩，目前江北、江西正在大力整頓裁撤降軍，重組軍隊，具體營製還未確定下來，正是改革軍製的絕佳時機。
　　朱由樺就此事與內閣和吏、兵等部數十位重臣結合當前的形勢，整整商議了三天，終於草議出了一個方案，將大明的爵位、武將的勳階、營製、軍職、旗幟號令等等進行了一系列改革。
　　首先大明的爵位，大明的異姓封爵為:公、侯、伯，凡三等，以封功臣及外戚，皆有流有世。功臣則給鐵券，封號四等:佐太祖定天下者，曰開國輔運推誠;從成祖起兵，曰奉天靖難推誠;余曰奉天翊運推誠，曰奉天翊衛推誠。武臣曰宣力武臣，文臣曰守正文臣。
　　新的大明勳位不再是簡單的公、侯、伯三級，鑒於軍中已有不少侯、伯之爵，所以不能簡單的撤銷了事，爵位送出去了，就不能隨便收回，否則朝廷信譽不存，不利軍心穩定。只是若只有公侯伯三級爵位又顯得太少，王爵更是要慎重賞賜，非特殊情況，不賜予活人，一般為死後追贈。
　　朝廷馬上就要和韃子決戰了，到時候武將將會擁有很多立功的機會，為了避免武臣以後面臨功高震主，升無可升的局面。
　　朱由樺君臣將爵位從公侯伯三級，擴充成九級，從高到底依次為親王、郡王、國公、郡公、郡侯、縣侯、縣伯、縣子、縣男。新爵位不與官員品秩掛鉤。
　　其中親王為皇室獨有之爵，無皇室血統者不得授予，郡王則為文武功臣的最高榮譽，對國朝非有力挽狂瀾之巨功者不授，郡王和國公兩爵為功臣獨有之爵位，宗室子弟無巨功者不得承襲。
　　考慮到清軍南下在即，大戰一觸即發，大明不能自己先亂了，需要一個穩定而團結的內部，所以此次改革的主體和對象暫時隻限定於武臣和武事，宗室待遇不變照舊，勳貴待遇不變照舊，文臣士大夫待遇不變照舊。
　　爵位分流爵、世襲和世襲罔替三種，流爵一代而撤，世襲逐代削減，世襲罔替可每代傳之，與國共休。爵位是榮譽性質，沒有治民實權，根據級別的不同，有一些對應的特權，也有一些公有的特權如有爵位在身的，入仕考核合格可優先提拔，勳官不跪權臣，可面奏直陳皇帝等等，還有不同數量的土地，俸祿賞賜，但不裂土、不分茅是原則，文武有功之臣皆可賞賜，這一點有別於祖製授武不授文。這項制度的改革對大明的文武大臣來說都是一個很大的福利，所以皇帝的這個提議，內閣諸臣幾乎沒有一點阻撓就一致通過了。
　　已封出去的侯爵自動列為縣侯，伯爵自動列為縣伯，待遇不變，甚至還有額外特權，五等八級的新爵位體系又給他們留下了足夠的可晉升空間，大明原來的勳貴世家隨著北都的淪陷，死的死，降的降，大半沒了。彰武朝以後又封了一批新的勳貴，如江北四鎮之流，也死的死，降的降，沒剩下幾個了。勳貴的總數量一直控制在一定的范圍內，不會太多也不會太少，在穩固皇權的同時，盡量減小對社會秩序的衝擊。
　　大明對爵位的封賞一向謹慎，在原本的歷史上哪怕是隆武朝官職泛濫成災的時候，爵位依舊沒有泛濫，大明各省內有爵位在身的武臣依然不多，且大多是伯爵，得到侯爵之尊位的只有忠貞營的李過、高一功和福建的鄭芝龍等寥寥數人。
　　其中鄭芝龍還被清廷幽禁到北京去了。歷史上大明爵位開始泛濫成災要到永歷後期了，那時候別說國公滿街走了，連一字親王都封出去好幾個，那也是被逼得實在沒辦法了，可惜再高再多的爵位，也不過是垂死掙扎，挽救不了逐漸敗亡的國運。
　　繼勳位之後，大明的武將散階也重新進行了調整，與品級掛鉤，作為寄祿之用，散階是資歷和功勞的體現，類似於近現代的軍銜。重建散階體系，目的是確定武臣的具體級別，明確尊卑，方便指揮調度。
　　同時將散階與軍職分離，為方便整頓地方軍隊減少阻力，給裁撤掉軍職的中高層將校授予對應品秩的散階，雖奪實權，退居二線，但是待遇不減，以慰其心。溫和改革的代價就是破財，得有錢才能實施的下去。中樞沒錢就去整頓各省的鎮戍軍隊最後只會逼得大家一起造反，弄得天下大亂！
　　新的大明散階分為將軍、校尉、都尉三大階，其中一到三品為將軍，四到六品為校尉、七到九品為都尉。
　　具體是正一品鎮國大將軍、從一品輔國大將軍;正二品武威上將軍，從二品振威上將軍;正三品昭武將軍，從三品宣武將軍;
　　正四品定遠校尉、從四品懷遠校尉;正五品寧遠校尉，從五品致遠校尉;正六品明遠校尉，從六品廣遠校尉;
　　正七品忠顯都尉、從七品忠信都尉;正八品忠捷都尉，從八品忠勇都尉;正九品忠節都尉，從九品忠毅都尉;
　　軍校一共九品十八級，其中正一品鎮國大將軍非特例不授活人，可死後追封，武職最高從一品輔國大將軍。
　　軍士則根據武藝高低和入伍年份及實戰經驗，共分四級，從高到低分別為銳卒、勇卒、戰卒、守卒。
　　守卒的要求是十五歲以上，五十五以下，身體未有殘疾的男性。月俸銀八錢，月糧五鬥。
　　戰卒的要求是二十以上，五十以下，身體未有殘疾，正卒月俸銀一兩三錢，月糧八鬥。
　　勇卒的要求是二十以上，四十五以下，身體未有殘疾的男性，月俸銀一兩八錢，月糧一石。