淘汰老弱兵痞，留下精壯充實軍伍，超出七萬實兵的部分或給錢糧遣送回鄉，或編入屯田隊入廣西、雲南等地屯墾，為軍隊提供軍糧，算是廢物利用了，廣西、雲南現在人煙凋敝，地廣人稀，有的是地給他們開墾。
　　在原本的歷史上張獻忠在川北被清兵射殺後，孫可望與李定國等率大西軍余部南下攻佔雲貴一帶，屯田練兵三年，兵力狂增數倍，這才有了與清兵決戰的資本，有了兩蹶名王的輝煌。
　　通過整編，劉澤清、劉良佐、許定國等部直接縮編到了三四千到七八千人不等，每個營頭都安插了大量禦營老卒充作軍官，在平左之戰中立下重大功勳的禦營軍將都得到了提拔。
　　黃得功和高傑部比較特殊，待遇不但沒有降低，反而每年各增餉二十萬兩，不過有得到也必然將有付出，朝廷向其軍派了兩個督軍使和兩個鎮撫使，專司負責軍紀整頓和後勤轉運，及所部千余輔兵，督兵。
　　其中入了黃得功部的督軍使為原長江水師營督軍使張家玉、入了高傑部的督軍使為原忠武鎮督軍使陳邦彥，兩人的官銜不變，屬於平調性質，他們要能力有能力，要魄力有魄力，兩鎮有他們監督，將極大增強朝廷對這個強藩的控制力，兩鎮以後再想為所欲為，難矣。
　　對於其他可以整編的大小藩鎮，朝廷就整頓的非常徹底了，所有原鎮總兵副將的親信部屬不是被處決就是被調離了，取而代之的是大量禦營忠武鎮將校。
　　原忠武鎮甲營遊擊、馬雄副手劉承俊升參將，負責統帶許定國的四千余部，移鎮揚州，歸堵胤錫直接轄製。
　　忠武鎮乙營遊擊、閻應元副手陳明遇升參將，負責統帶劉良佐余部六千余人;移鎮淮安。
　　忠武鎮乙營遊擊騎將李三石，功勳著著，連升兩級，為副將，負責統帶劉澤清余部一萬余人。移鎮滁州、和州。
　　而原來駐守在三省樞紐之地——徐州的高傑部則移鎮河南歸德府。
　　原來駐守在滁州、和州一帶的黃得功部，則移鎮徐州。
　　通過移鎮、摻沙子和整編軍伍、卡後勤糧餉等等手段，極大的加強了朝廷對江北四鎮余部的控制力，並提升了軍隊的凝聚力。
　　而且一旦整編成功，朝廷將省下至少一半的軍餉和軍糧，七萬大軍的糧餉，軍械開銷，每年大概需要花費白銀一百余萬兩，糧米七十萬石，較原來一百五六十萬兩白銀少了許多。
　　在江北整編工作進行的如火如荼的時候，朱由樺也在京師對禦營進行整編。加上成軍不久的兩萬禦營新軍，此刻的禦營總兵力突破了三萬大關！
　　朱由樺深深的知道，想要驅逐韃虜，收復中原，手中就必須要有一支真正忠於天子，忠於朝廷的嫡系軍隊，強乾弱枝才能維護紀綱，保證中央集權的穩定。
　　歷史上的南明之所以沒能和南宋一樣，堅持個百多年，最主要的一個原因就是缺少一個強有力的中樞。中樞贏弱，紀綱不存，各地的疆臣，兵頭不聽號令，各自為戰，且互相鄙視，誰也不服誰，最後被滿清集中力量各個擊破，滿清之所以能橫掃中國，主要也是因為他們有一個以多爾袞為首的強有力的中樞，還有一支絕對維護中樞威權的力量——八旗兵。
　　所以趁平叛勝利，皇帝和中樞威權大增的時機，朱由樺以突擊的形式完成了削藩大計，順利控制了江北四鎮余部，並全力經營起了自己的嫡系軍隊——禦營親軍。
　　三萬禦營親軍被朱由樺編成了四鎮。分別號“忠武、忠捷、虎賁、羽林”。
　　張堂功因功升加授正二品都督僉事，仍舊統領忠武軍，忠武鎮戰力和裝備遠超其他新軍，是主力中的主力。
　　總兵劉肇基資格較老，威望較高，加授從一品都督同知，統領忠捷軍。
　　原忠武鎮甲營統領官馬雄，因功升總兵官，負責統領虎賁軍。
　　原忠武鎮乙營統領官閻應元，因功升副將，並以副將銜負責統領羽林軍。
　　四鎮各有兵馬七千到八千余人不等。除了忠武軍裝備精良外，其他三鎮的裝備相對比較簡陋了，搜羅了左良玉、劉澤清、劉良佐等部大量的軍械，堪堪能夠給每人湊齊一柄腰刀，一杆長槍、另有合格鳥銃四千余杆、鐵甲兩千多副、棉甲皮甲八千多副， 大小火炮近兩百門，戰馬四千余匹，其中弓弩、三眼銃這些沒計算在內。
　　裝備看似不少，其實不然，其中有一半需要分配給各鎮余部，讓他們都光腳光手迎敵肯定是不可能的，總要留些好裝備給他們，何況此刻的劉澤清，劉良佐余部都被朝廷控制了，增加他們的戰力也是增加朝廷的戰力。
　　所以真正轉送到禦營手裡的甲胄和火炮戰馬的數量並不多，三萬禦營的裝備還有很大的缺口。
　　好在現在中樞戶部和大內存銀近四千萬兩銀，絕對的財大氣粗，朱由樺大筆一揮，命龐天壽帶著一百萬兩繼續到澳門采購並訂造軍械，澳門軍械不夠就到廣東佛山采購並訂造，多定製一些斑鳩銃和佛朗機火炮
　　在購買軍械的同時，朱由樺也不忘自產自造，早在數月前他就命馬士英將南方各省衛所的鐵匠、炮匠、槍匠等連同冶鐵爐、鼓風等煉鐵設備全弄到了南京軍器監，在葡萄牙鑄炮師和槍匠的引導下，集中負責打造各式火器和火炮。同時將戰場繳獲的，破損，鏽蝕的兵器重新打磨與回爐煆打，廢物利用。
　　幾個月來，各省陸續被送來了一千多鐵匠、炮匠、槍匠等匠戶，清一色的衣衫襤樓，面黃肌瘦，就像個乞丐大軍。
　　他們都是世襲的匠戶，兩百多年下來，地位已經淪落到了連軍戶都不如的程度，軍戶至少還有糧餉可拿，他們卻是一個銅子都拿不到，做好了是應該，做不好還得受罰，日子一天過得比一天艱苦。