這夜，點點繁星綴滿天幕，三百余艘戰船聚集在錦江灣畔，舳艫千裡，旌旗蔽空。在海風的鼓動下，印有五七桐的船帆顯得格外顯眼。水軍旗艦“日本丸”的甲板上，任那總代官、駐朝日軍總大將小笠原備後守忠清迎風肅立，一臉嚴肅地注視著不遠處火光衝天、硝煙彌漫的內城。由於比預定時間晚了九天，他必須盡快攻克此城，完成對島津家的壓製。
　　其實早在接到加藤清正求援信的第二天，小笠原忠清就召集任那奉行福島正晴，準備調集兩萬五千駐朝大軍開赴肥後熊本港支援豐臣聯軍。然而，接替島津義弘擔任“任那守”的島津氏家老喜入忠續拒絕放行，他手中握有駐影島的八百島津軍，同時，吉川元春之子繁沢元氏麾下的駐珍島一千毛利軍也受毛利輝元之命由其指揮。影島和珍島分別是扼守釜山和木浦的戰略要地，島上建有炮台數十座，若是不將這兩顆釘子拔除，駐朝大軍出海將面臨巨大威脅。
　　喜入忠續知道小笠原忠清等人不會就此罷手，且考慮到自己兵力有限，便暗中與朝鮮義軍首領鄭仁弘、孫仁甲等人會晤，唆使兩人在全羅道和慶尚道一帶發動暴亂，從而牽製大量日軍主力，使得大軍短時間內沒有辦法出海。當然，鄭孫二人不會白白付出，喜入忠續謊稱自己能代表日本與其達成協議，只要他們能將日軍拖在兩道無暇他顧，待日本本土戰鬥結束，便會請求“日本國王”撤兵。
　　鄭孫二人信以為真，於四月二十二日在全羅道的光州、順天，慶尚道的鳥嶺、伽倻山一帶發動起義，聞訊而響應者多達近萬人。小笠原忠清雖然知道這是喜入忠續的計謀，但還是沒辦法視而不見，他與福島正晴分別率領一萬大軍奔赴全羅道和慶尚道圍剿義軍。
　　兩年前，秀保為盡快同化朝鮮，允許漢人和少量女真人來鳥嶺以南經商和耕作，當時漢人來此耕種一家多則十余畝，少則四五畝地，且每年只需上繳官府四成收成，因而吸引了大量漢人前來安家落戶。而朝鮮人由於耕作水平相對落後、且受日本方面刻意打壓，很大一部分開始逃離嶺南前往尚在朝鮮國王手中的江原道和京畿道尋求庇護，但也有一部分不願背井離鄉，加入了朝鮮義軍，對日軍據點乃至漢人富農襲擾攻擊。
　　因此，不少漢人、日本人以及女真人自發組織起來，團結一致對抗朝鮮義軍，但他們主要是應對小股義軍的襲擾，兩股最大的義軍——鄭仁弘的“白襖軍”和孫仁甲的“乞活軍”則需要日軍作為主力進行壓製。
　　經過近一年的重點打擊，加之各族民兵的有力配合，白襖軍由最鼎盛時期的一萬多人下降至六千人，且主要分布在全羅道中北部;乞活軍長期在伽倻山一帶山林中遊擊，對日軍釜山、蔚山等地的威脅巨大，因此遭受的損失更為慘重，由最高峰時的一萬五千余人銳減至三千八百余人，且隨著日軍包圍網的逐步縮小，臨陣逃脫的現象也越來越突出。
　　鄭仁弘和孫仁甲面對日軍的步步緊逼，自是不願坐以待斃，且得到喜入忠續的保證，最終決定全軍出動，在鳥嶺到智異山的廣袤戰場上對日軍和各族民兵發動襲擊。
　　面對義軍的四面出擊，小笠原忠清和福島正晴的鎮壓最初並未有太大效果，四月二十四日，兩人決定在嶺南地區發起總動員，為民兵配發武器裝備，按照一比一的比例將其與日軍合編，從而使參戰兵力瞬間達到四萬五千余人。這一方面增強了民兵的戰鬥力，另一方面強化了指揮，使得民兵不再各自為戰，增強的軍勢的組織和協調力。
　　這種改編的成果是顯而易見的，在日軍與民兵的緊密配合下，朝鮮義軍的在各地都在遭受重創，其擅長的遊擊戰也難以開展，戰爭的天平開始逐步向日軍傾斜。
　　四月二十六日，白襖軍主力在順天城郊遭遇慘敗，鄭仁弘被民兵首領王承安討取，白襖軍也隨之潰敗，再也不成氣候;二十七日，聯軍對伽倻山發動總攻，孫仁甲於當晚被叛徒鴆殺，福島正晴按照約定允許僅剩的八百余人出山，其中願意留下的允許回老家耕作，不願留下的則允許其前往江原道或京畿道並發放盤纏。 自此，持續兩年的朝鮮義軍騷動基本終結，此後雖然仍時有小股義軍在鳥嶺周邊活動，但已不成氣候，嶺南地區實現了久違的安全和穩定。
　　除此之外，各族民兵在此次戰役中表現出色，後來經秀保應允，正式允許其自行組建軍隊維持地方治安，其中以王承安的“輔明軍”、陳可基的“護國軍”、松本元盛的“西海軍”最為出名，這三支軍隊在後來對抗女真人的戰鬥中表現出色，陳可基更是一度官至遼東經略、掛兵部尚書銜，成為在朝漢人中的佼佼者。當然，這些都是後話。
　　經過六天的激戰，阻礙小笠原忠清出兵的外部障礙已經掃除，接下來便是清理珍島的毛利軍和影島的島津軍。也許是知道計劃落空，且單憑一己之力難以阻止駐朝大軍出海，繁沢元氏竟率領毛利軍撤離珍島，坐船返回了長門國。而喜入忠續則不願撤退，率領島津軍堅守影島水寨。
　　影島最終在二十八日清晨被福島正晴率部攻克，豐臣軍損失戰船三十余艘，死傷軍勢五百余人;島津軍方面，喜入忠續腹部中彈後切腹自盡，全軍陣亡者達五百八十人，剩余的二百余人被押解至釜山看押。
　　至此，朝鮮的戰事才算是真正結束，小笠原忠清隨即率領兩萬五千精銳軍勢和三百余艘戰船前往九州，但由於得知加藤清正已離開熊本城，島津忠恆也離開了內城，因此決定偷襲島津氏後方，用一招釜底抽薪，徹底斷絕島津氏據城死守的念想。
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