(以下有微劇透向)

千年前曾一統魔世，野心大開，乘勢帶大軍一攻人界，被佛國初祖達摩和墨家時任矩子皇甫佚名以及魯家(廢字流)等多方勢力聯合擊殺。

死後四項遺物流落人世，分別為枯髓咒怨，幽靈魔刀，魔心鑒以及紫瞳靈睛。

利用流傳在人世千年的魔心鑒附身於還珠樓副樓主酆都月的肉身尋找四項遺物，再利用枯髓咒怨的擴散病毒屠殺天門眾多僧侶，詐死於玄之玄之手，偷走萬化金光佛以及枯髓咒怨，之後緊隨於梁皇無忌一起進入魔世。

而後有人盜走幽靈魔刀進而促成了元邪皇的復活，復活之後的元邪皇以驚天動地的威能橫掃魔世，修羅國度雙尊戰敗被擒，公子開明得知消息後急忙從沉淪海趕往修羅國度，企料連一個藍月的時間都未滿，修羅軍就被元邪皇徹底擊潰，在梁皇無忌命危之際，史豔文與暗盟三大劍手之一的鬼飄伶趕來支援救下梁皇無忌，而後梁皇無忌越過沉淪海向其他諸國求援，公子開明則進入人世找尋誅殺元邪皇的辦法。

元邪皇再成修羅國度帝尊，隨後統領大軍覆滅暗盟之一的帝女精國，魔伶公主在大戰中下落不明，生死未卜(根據劇中的情況，以及官方的暗示，基本可以確定死亡)。之後又橫擊沉淪海彼岸的凶嶽疆朝，但凶嶽疆朝的領導者應龍師並沒有多做抵抗，直接投降。爾後暗盟為顧全大局，暫降屈身於邪皇之下，實際在暗中謀劃反抗元邪皇。就這樣，元邪皇再次一統了魔世，但他沒有去穩固人心，隨即立馬向人界發起戰爭。

此時人界正於地門大戰剛剛結束，元邪皇率魔軍攻入人世便開第一戰，一敗地門大智慧--缺舟一帆渡，但最後一擊未能突破薩埵十二惡皆空，氣勁反衝之時被鍾聲干擾受創，隨即被缺舟的最強之招--夢幻泡影所反擊，帶來人世的十數萬先鋒大軍瞬間覆滅，元邪皇亦負傷。

戰勝缺舟後，元邪皇以養傷為名留在鬼祭貪魔殿，一邊督促應龍師、曼邪音、熾閻天等人備戰，一邊遣勝弦主作為使者告知中原，若不立即投降，便要揮軍將人界變成屍山血海。勝弦主在與俏如來等人會晤後定下計劃，讓俏如來假意接受投降，條件是元邪皇獨自一人到天允山接受俏如來投降。

元邪皇在佛國境內被狼主與地門前天護逾霄漢發現了自己的重大秘密，在元邪皇察覺到兩人後，隨即決定斬草除根。在元邪皇一招殺掉逾霄漢，正準備結果狼主時，因為狼主義女七巧的突然闖入，元邪皇收回了手，但因為狼主攻向邪皇，邪皇反擊的一掌把狼主打下了山崖。七巧爬下懸崖尋找狼主，幸運的是狼主並沒有身死，爾後被化名為單誇的競日孤鳴所救。

元邪皇派遣勝弦主前往萬裡邊城，應龍師前往金雷村，自己則獨自一人赴會天允山，應對俏如來的假意投降。俏如來的目的是用止戈流真陣刺殺元邪皇，而元邪皇也並不認為俏如來是真心想要投降，孤身赴約實則是想要試探中原盟主的實力。兩人不由分說便是開戰，但結果，止戈流卻無法對元邪皇盡全功，因為眼前的魔皇，並非是魔的軀體，隨即，俏如來被元邪皇的一掌反擊，陷入了生命危險，在元邪皇想要了結他性命時，被恰好回到人世的史豔文救下，用一枚神秘的信物(和苦海女神龍的發帶一模一樣，也有可能是道具相同)換得了一次恩情即兩人全身而退的權利。

擊敗俏如來後，元邪皇便開始四處征戰，全面樹敵。即便是對自己麾下的勢力，元邪皇亦從未給予過信任，

只是不停地命令他們出戰，仿佛完全沒有考慮後果一般。此時，元邪皇的一切在眾人眼中，成為了難以理解的迷霧。由於應龍師進兵受阻，元邪皇降臨金雷村，以不可撼動之能為屠殺了當初修羅國度戰敗後受佛國和海境庇護的魔兵，殺死鱗族太子北冥觴，重傷鱗王北冥封宇，在入龍涎口時，白練飛蹤錦煙霞引爆了龍涎口，欲用龍涎口水流的衝擊力結合自身蛟龍禦水天賦與一步禪空的功力所使出的薩埵十二惡皆空與元邪皇同歸於盡。綿延百裡的超強水流猛衝而出，金雷村的方圓百裡，遍地是魔兵的屍骸。然而元邪皇卻如同毫發無傷一般從水中飛出。

八面開戰，利用吊魂罪假扮的自己避開了勝弦主的眼線，救下了被四方伏擊的應龍師。

毀滅黑水城的一切，準備殺死眾人時被化身為天地不容客的藏鏡人阻攔。

有兩個元邪皇的秘密被蘇醒的狼主揭曉。

九龍天書中關於九界地氣的記載揭露了元邪皇真正的目的。

元邪皇想要的並不是一統九界，而是讓九界合一，令始界回歸，讓環境可以重新適合燭龍生存，他假借四處征戰的名義，暗中破壞六絕禁地，當眾人察覺到時候，地脈已經只剩九脈峰與無極山兩處。

暗盟反目，勝弦主帶玄狐，西經無缺來刺殺元邪皇，但被替身所騙，接中邪皇全力一掌，勝弦主重傷，其余兩人情況相同，暗盟因為此次失敗，勝弦主與西經無缺四處逃亡，暗盟分裂，但元邪皇亦在此次被玄狐斬武道所傷，上次的傷勢也並無恢復，加上幾次的磨損與幾次破壞九龍地脈的大量的消耗，自身力量的漸漸在消失。

邪皇與應龍師完全反目，血戰天下。

降臨無極山，對戰俏如來與玄狐兩大絕技合招，最後用先前布好的局(邪皇的力量本體在幽靈魔刀之上)與四元真訣險勝合招，自身也受了不小的損耗，隨即毀滅無極山地脈。

用替身與應龍師談判，讓他保持中立不干擾自己的計劃，並暴露出自己只剩一月元壽。

應龍師挾持五百名畸眼族族民民威逼邪皇，邪皇動怒。

遇見史豔文之子--雪山銀燕史存孝，當時雪山銀燕正想要收埋一名名為睛兒的畸眼族男童的屍體，不過那時兩人都不知道彼此的真正身份，元邪皇對雪山銀燕能不計人魔之別的立場去收埋晴兒屍體的行為表示感謝，記下了恩情。

半途遭遇天地不容客攔截，因不想持久消耗以及對方的地形以及武器都對自己強烈克制，便第一次撤離了戰鬥，直奔向五百畸眼族所在的無極山。

在無極山遇上了勝弦主，西經無缺，以及暗盟的殘余勢力。用假魔刀瞞過了眾人的耳目，讓西經無缺誤以為能有機會完全將元邪皇消滅。最終暗盟眾人犧牲了自己的性命，讓西經無缺吸收了足夠的靈魂之力，而西經無缺亦將自身靈體的力量全部耗盡，與假元邪皇同歸於盡。

在眾人都以為元邪皇已死而聚集到無極山查看情況的時候，吊魂罪變化為眾人最不熟悉的鬼飄零，用調虎離山計遣走的駐守在九脈峰的蒼狼，隨即用真魔刀的力量轟炸了九脈峰。六絕禁地開啟，元邪皇用睛兒肉體，再次復活。

再次遇到雪山銀燕，此時雪山銀燕正好被困於彼岸蟲的噩夢之中，為報恩情，元邪皇將其救下，帶入自己的暫避所中。

之後第三次遭遇天地不容客攔截，強行帶雪山銀燕撤離了避所，四處求醫為償還恩情，但最終無果，無計可施之下用魔心鑒強行侵入雪山銀燕的意識夢境中。

在夢境中遇見史家的所有人，每一個人物都對應著雪山銀燕心中的一種情感，而雪山銀燕的心魔，以戮世摩羅史仗義的外貌、元邪皇的身份出現。元邪皇試圖引導雪山銀燕解開自己的心魔，途中遇到缺舟一帆渡殘留在雪山銀燕腦中的意識分身，被缺舟指出自己之所以會想幫助雪山銀燕，是因為兩人之間有著相似的地方，雪山銀燕所面對的問題，其實也是元邪皇所面對的問題。之後兩人聯手開導雪山銀燕，卻在即將成功的最後關頭，因為元邪皇之前注入雪山銀燕體內的魔氣讓心魔產生了自我意識，最終功虧一簣。

之後帶著雪山銀燕繼續逃命，途中遇見鬼飄憐與公子開明，兩人未能圍堵住邪皇的腳步，然而緊隨其後遭遇墨家九算老五凰後帶眾軍圍堵，元邪皇為保護自己背上的雪山銀燕而處處受製，就在東門朝日對元邪皇偷襲差點得手之時，雪山銀燕心魔所化的第二人格覺醒，斬殺了東門朝日，擊退凰後。

吊魂罪為保護元邪皇，去攔阻光門八葉師，引開了佛國光門的追兵。邪皇再次突圍，吊魂罪被眾僧圍堵，隨後自爆犧牲。

兩人後躲避於一個無名的洞窟，雪山銀燕蘇醒，再等待許久之後，元邪皇明白，吊魂罪已經回不來了，將這件事告訴了雪山銀燕，並希望雪山銀燕能記住這個人。

之後雪山銀燕為報恩(此時還不知道邪皇身份)，希望能幫助元邪皇恢復體力，在洞窟外面守衛，被雁王發現，兩人發生衝突，雪山銀燕最開始不敵，再被雁王擊倒後，第二人格再次覺醒，單手擊碎了雁王的一顆斷雲石，並稱自己為"馳突孤燕"，並擊傷雁王。雁王認為馳突孤燕的出現也許會讓局勢變的更有意思，於是便收手離開。

之後雪山銀燕帶元邪皇再找藏身點，來到金雷村的舊址，路過常欣墓前。在聽過常欣的故事之後，元邪皇隨即推理出九算的陰謀，但並未道明。

承認與雪山銀燕的七日友情，後在中原群俠眾圍堵金雷村時暴露身份，讓雪山銀燕大受打擊，但因恩情未了，雪山銀燕帶元邪皇最後一次逃離圍堵。之後彼此都表示，恩情已經兩清， 下次見面將會是敵非友。

找上還珠樓樓主神蠱溫皇，對中原正道願意收留五百畸眼族的恩情表示感謝，在說明了雪山銀燕的心魔和第二人格的問題之後，似乎心知肚明與任飄渺必會一戰，之後大敗任飄渺。

前往伏羲深淵，途中遇到雪山銀燕阻攔，盡管彼此都不願意出手傷害對方，但為了自身立場兩人仍然不得不戰。雪山銀燕在矛盾的感情中再次進入了"神魔非我"境界。元邪皇對雪山銀燕的進步表示讚歎的同時，不擋不避的硬挨下了雪山銀燕的一擊，之後用一根手指將雪山銀燕擊昏後繼續前進。

一路殺上伏羲深淵，元邪皇再無保留的開啟全力，先後擊退了史豔文、藏鏡人兩兄弟的聯手，風逍遙、鬼飄伶、公子開明、狼主的圍攻後，再用邪眼的威能直接令當時台面上所有的高手與中苗聯合大軍跪伏，但因五百畸眼族與雪山銀燕的恩情並沒有殺任何人。

在走向最後一步時，俏如來從天邊降下，帶著融合了玄狐鐵精的墨狂擋在元邪皇的面前。

元邪皇與俏如來展開了激戰，在最後幽靈魔刀斷裂，邪皇拚盡最後一招，打算燃燒魔元與俏如來和伏羲深淵同歸於盡自爆，但俏如來被突然趕來的雪山銀燕推開，雪山銀燕決定與元邪皇同死，但元邪皇因為與雪山銀燕的友情，在最後將銀燕一掌推了出去，身體的魔元四散開來，轟炸了整個伏羲深淵，雪山銀燕在途中也斷了一條手臂。

最終因為俏如來在之前保住了黑水城的地氣，也保住了整個九界未化為始界，元邪皇以失敗告終。

一代皇者，就此隕落。