初中三年級的8月，在趕往蜜蟻愛愉自殺現場的上條當麻，卻在路口跟第五位的食蜂操祈相撞，關鍵時刻把手機手機遺失在她那裡，因此出現些許聯絡意外，讓上條最終沒趕上拯救蜜蟻愛愉。三天后，為了哀悼死去的蜜蟻愛愉(實際上並沒有死)而再次來到自殺現場，在那裡再次遇到食蜂操祈。看到食蜂操祈一副自暴自棄的模樣，為了不讓悲劇重演，上條忍不住上前搭話。這次的"相遇"對於當時自甘墮落的食蜂操祈而言，是一針滿分的強心劑。此後，上條在街上還和食蜂操祈碰過許多次面，經歷了許多事情。在少年團體"死結(Deadlock)"追殺食蜂操祈之際，跟她並肩戰鬥。當一切結束，上條卻因為腹部被刺穿，血壓過低而無法使用麻醉，無法得到及時救治。這時的食蜂使用自己的能力，阻斷上條的痛覺神經，避免血壓繼續降低，讓上條能和麻醉過後一樣處理傷口。不過，事後上條也因為這樣，導致接近"喚醒記憶的路徑破損"，再也想不起有關食蜂的任何事情了。

6月17日，第一次遇到禦阪美琴的時候，她正被不良少年纏上。原本上條打算對美琴實施"假扮朋友若無其事(將她)帶走大作戰"，還上去勸那群不良少年不要搶一個柔弱少女的錢包，結果禦阪美琴卻反而對他發飆，還放出電擊。當然，上條用右手把她的攻擊化解。接著，美琴又放出各種攻擊，卻都對上條沒有造成任何傷害。美琴對於輸給上條非常不甘心，結果從此兩人就發展成為"美琴常來找上條報仇，卻每次都被他敷衍過去"的這種局面。

7月17日，在與禦阪美琴的決鬥當中，其假裝戰敗的拙劣演技激怒了美琴，結果被美琴追了一夜。

7月18日，在洋裝店發生"第七迷霧"之時，上條當麻使用幻想殺手化解掉了介旅初矢的"虛空爆炸"，救下了禦阪美琴、初春飾利、硲舎佳茄等人。

7月19日，為了將跟自己飛起非故的不良少年們誘離禦阪美琴身邊，徹底讓自己化身成一個小醜，故意讓不良少年們追逐。在大鐵橋，遭遇到禦阪美琴再次挑戰，結果縱使美琴使出了全部絕招進行了兩個多小時的攻擊，也始終無法對上條造成傷害，還造成了周邊大停電。

7月20日，暑假的第一天，上條當麻遇到了遭遇追殺失足掛在宿舍陽台上的英國清教修女茵蒂克絲，並得知魔法的存在。使用具有能力幻想殺手的右手將茵蒂克絲的修女服"移動教會"破壞。為保護茵蒂克絲與前來追討的清教魔法師史提爾·馬格努斯和神裂火織交手，在過程中得知茵蒂克絲被追殺的真相。7月28日，通過自己右手的力量破壞了禁錮茵蒂克絲的魔法"項圈"。但在拯救"自動書記"模式下使出"龍王的歎息"的茵蒂克絲時，被"龍王的歎息"的余波"光之羽"擊中頭部而失去記憶。可是，上條對茵蒂克絲隱瞞了自己失憶的事，並以茵蒂克絲的看護人身份和她居住在一起。

8月8日，被史提爾·馬格努斯卷入到"三澤塾"事件當中。在與煉金術師奧雷歐斯·伊薩德的對決中，雖然被切斷了右臂，卻在史提爾的暗中幫助下，依靠完美的虛張聲勢大作戰騙到了奧雷歐斯，把他逼上了自滅的道路。救出了原石少女姬神秋沙和茵蒂克絲。

8月21日，連續兩天遇到禦阪妹的上條，在小巷子裡看到禦阪妹被殺害，還有不斷出現在眼前的許多禦阪妹。為了查明真相，上條來到美琴的宿舍房間，在那裡他得知美琴被卷入的事件內容，

於是上條連忙去街上尋找美琴，並在大鐵橋上找到了她。因為擔心美琴的安危，試圖阻止她打算犧牲自己拯救"妹妹們"的危險行為。如果要阻止實驗的進行，只要將"一方通行是最強超能力者"這個實驗的大前提推翻就行了。上條憑借這個令人意外的想法，說服了美琴讓他去解救"妹妹們"。最後，憑借自己右手的特殊力量，上條當麻打倒了號稱"學園都市最強"的一方通行，"絕對能力者進化計劃"被凍結。身為Level0卻打倒一方通行，使得上條一下子變成名人，因此統括理事會命令他在事情平息之前暫時離開學園都市。上條帶著跟茵蒂克絲一起來到海邊旅館"海神"，跟父母和表妹團聚。8月28日，在其父上條刀夜無意間所引發的"天使墜落"事件中，一度被當做"天使墜落"的施術者，受到了神裂幾乎全方位的驗身，並險些被逃獄死刑犯火野神作殺死。在由被大天使"神之力"替換的米夏·克洛伊潔芙(莎夏.克洛伊潔芙外貌)吸出刀毒後又遭米夏的逼問。29日，起初認為火野神作是施術者，但當得知上條刀夜才是施術者後，在由神裂壓製企圖通過殺死上條刀夜解除術式回歸天上的大天使"神之力"的同時，由土禦門元春遠距離毀掉位於上條家的魔法陣而解除了"天使墜落"，使得大天使回歸天上。

8月31日，暑假的最後一天，與暑假作業正在決戰中的上條先是在為擺脫偽海原光貴(艾扎力)糾纏的禦阪美琴懇求下和美琴假扮情侶，並在擊退企圖殺死上條的魔法師艾扎力後與之定下"守護美琴與她周遭世界"的約定;傍晚又與為獲取茵蒂克絲腦內魔導書將其綁走的魔法師暗咲逢魔交手，在得知其綁走茵蒂克絲的目的是為心儀女子解除詛咒後對其施以援手，並強突學園都市的大門引起騷動。

9月1日，初遇風斬冰華，並擊退了打算通過殺死茵蒂克絲或風斬冰華來引發魔法陣營與科學陣營間戰爭的魔法師雪莉·克倫威爾。

9月8日，在史提爾和天草式十字淒教的協助下成功解決了"法之書"事件，打敗了250名戰鬥修女組成的羅馬正教所屬雅妮絲部隊，救出羅馬正教修女奧索拉·阿奎納。

9月14日，在"樹形圖設計者"的殘骸奪還事件中，搭救由於受到遷怒而險遭結標淡希殺害的白井黑子。在追擊結標淡希時，發現結標已經被某個神秘人物(=一方通行)出手打倒，隨即喊來救護車將慘兮兮的結標移送到醫院。

9月19日，大霸星祭首日，和禦阪美琴做出"懲罰遊戲"的約定。為阻止羅馬正教傳教士麗多薇雅·羅倫婕蒂企圖發動靈裝"使徒十字"支配學園都市的陰謀，與土禦門元春、史提爾一起追捕其同黨歐莉安娜·湯姆森，並解決了"使徒十字"事件。9月20日，大霸星祭的第二天，從佐天淚子和索綺特的對話中得知暗部組織"人員"及黑幕木原幻生的真正目標是禦阪美琴後，迅速趕往第二學區的研究設施"才人工房"解救禦阪美琴。

9月25日，大霸星祭最後一天，(在學園都市上層安排下)上條抽中了北意大利旅行的雙人票，於是上條跟茵蒂克絲兩人來到意大利。在27日抵達意大利後，在基奧賈遇到了正在搬家的奧索拉。在搬家結束後突然被羅馬正教的"女王艦隊"襲擊。最後，在奧索拉、茵蒂克絲和天草式大家的幫助下，打敗了了羅馬正教主教彼亞吉歐·普索尼，破壞了其靈裝"限刻的十字架"與"亞得裡亞海女王"的核心，拯救了包括雅妮絲·桑提斯在內的二百五十名雅妮絲部隊修女。因此事件，上條當麻被羅馬正教視作威脅，在"神之右席"的壓力下，被羅馬正教教皇下令格殺。

9月30日，接受了禦阪美琴的懲罰遊戲，與美琴一起簽下了"隨身天線服務"的雙人契約，手機存儲了彼此的電話號碼。在此後的"九三〇事件"，為保護以科學天使"保險絲·風斬"形態失控的風斬冰華，打敗了羅馬正教最暗部"神之右席"的前方之風。

10月3日，從被學園都市上層委托狙殺禦阪美鈴的"武裝無能力集團(SkillOut)"槍下將禦阪美鈴解救，並打倒了濱面仕上。

10月初，世界各地發生羅馬正教徒反學園都市的示威遊行。在世界一片混亂之時，上條得知此事的源頭是名為"C文書"的靈裝，於是跟土禦門元春乘坐由統括理事會成員親船最中準備的超音速飛機一道前往"C文書"所在的法國觀光城市阿維尼翁。在阿維尼翁當地，上條和天草式十字淒教的五和重逢，並一起調查"C文書"。在五和執行破壞連接阿維尼翁與梵蒂岡的魔法管道的術式好讓C文書失去效力時，遭到左方之地的奇襲。由於土禦門元春和目標"C文書"的學園都市機甲部隊的介入，左方之地打算回收教皇宮殿的"C文書"後回到梵蒂岡。因為上條知道就算"C文書"回到梵蒂岡也能使用，於是跟五和追到教皇宮殿要將"C文書"破壞。在跟左方之地的交手中，憑借先前土禦門元春和五和的提示，看出了左方之地"光之處刑"術式的弱點，在將其打敗後破壞了"C文書"。

10月中旬，五和給上條帶來後方之水即將來襲的消息。雖然有五和及天草式的護衛，但在第二十二學區地下街跟水的初陣中，上條為了守護五和自己承受了水壓倒性的一擊，受傷昏迷。在醒來後從醫院偷跑出來再次來到戰場。最後，由於水身為聖人的臂力被同時神人的神裂封住，原本用來甩掉她的"神之右席"聖母特殊術式又被上條的右手消除，天草式全體藉由五和所放出的"聖人崩壞"將水擊破。

10月17日，由於連接英國與法國之間的歐陸隧道爆炸事件，上條陪同接到"禁書目錄召回令"的茵蒂克絲一起飛往英國。因為有過搭乘超音速客機的痛苦回憶，所以兩人故意錯過土禦門元春安排的那班超音速客機，而是搭乘空中巴士365飛往英國。在飛機上，上條全力阻止了意圖劫機的法國恐怖分子，使飛機安全抵達了英國。在位英國效力的歐莉安娜的協助下，追擊傳遞"正統卡提納"的"新生之光"成員蕾莎，但不久旋即卷入了英國二王女凱麗莎的政變。翌日凌晨，在英國三王女薇莉安和"清教派"的幫助下潛入白金漢宮下地鐵站，成功誘使二王女所持的"卡提納·正統"儀典劍暴走。在此後的反攻中，在英女王伊莉莎施以術式"聯合的意義"釋放卡提納的力量、茵蒂克絲使用"強製詠唱"暫時奪取"正統卡提納"控制權之際，借助後方之水的臂力高高躍起將"正統卡提納"擊碎。但隨後茵蒂克絲由於被襲來的右方之火奪取了"禁書目錄"的遠距控制靈裝而失去了意識，為了解救茵蒂克絲，上條隻身前往右方之火的老巢俄羅斯。10月19日，第三次世界大戰爆發。

10月30日，四處搭便車來到俄羅斯的上條遇到了追逐而來的"新生之光"成員蕾莎，並一同潛入右方之火的要塞。當探知右方之火將親自襲拿作為召喚大天使"神之力"媒體的莎夏·克洛伊潔芙後奔赴伊利沙裡納獨立國同盟，打算搶先找到莎夏，但莎夏還是被接踵而至的右方之火擄走。

在上條趕赴右方之火的要塞時路遇因番外個體的精神襲擊而失控的一方通行，在打敗展開黑翼的一方通行後，將失去意識的一方通行、最後之作和番外個體送到了伊利沙裡納獨立國同盟。再次潛入其巨大要塞"伯利恆之星"，右方之火為獲得"伯利恆計劃"必需的上條當麻的右手，將上條其誘進要塞並發動"伯利恆之星"升上高空。上條在莎夏·克洛伊潔芙的指引下破壞了召喚大天使的儀式場。

在"伯利恆計劃"的最後階段，右方之火斬斷了上條的右臂，將其血肉分解融入他的"第三隻手"，試圖通過幻想殺手作為媒介發揮出蘊含在他體內百分之百的力量。但是上條當麻再次長出右臂，伴隨人們心中的善意最終戰勝了惡意(右方之火的力量來源)，右方之火的"第三隻手"急速失去力量。最後，上條將右方之火打敗，將其"第三隻手"破壞。向僅以意識存在的茵蒂克絲坦誠了失憶的事實，在破壞了茵蒂克絲的遠距控制靈裝後，使她的意志回到體內。

將最後的救生船讓渡給右方之火，並拒絕了禦阪美琴的援救。為阻止"伯利恆之星"墜落造成巨大災難，在史提爾·馬格努斯的情報支持下，通過破壞"伯利恆之星"的上升用靈裝改變其軌道朝向北冰洋。當重新找回身體的大天使"神之力"飛向北冰洋補充肉體之際，上條再次扭轉"伯利恆之星"軌道，迎面衝向了大天使，阻止了災難的發生。最後，上條同"伯利恆之星"墜入北冰洋，一度被認為已經死亡，但實際上是被黃金結社"黎明晨光(又譯:緋色日照)"的魔法師救起。

11月5日，同"黎明晨光"的首領蕾薇妮雅·柏德蔚回到學園都市，粉碎了黑夜海鳥對芙蕾梅亞·塞維倫的致命一擊。與一方通行和濱面仕上等人會合後，同他們聚集在自己的宿舍房間接受柏德蔚的魔法知識講解。在追蹤他而來的"無線電探空儀要塞"飛抵學園都市上空之際，經由一方通行得知了誘導空中要塞的發信機的放置地點，濱面仕上則駕駛挖掘機破壞了覆蓋在發信機上面的水泥地板，就這樣在他用幻想殺手將發信機破壞後，要塞直接通過學園都市，墜入千葉外海。

因為自己被"搗蛋鬼"盯上而擔心導致學園都市遭到池魚之殃，所以自己不能置之不理，同時也為了得知幻想殺手的本質，上條接受柏德蔚的勸說，跟柏德蔚、一方通行、濱面仕上、禦阪美琴等人於11月10日前往美國夏威夷，阻止魔法結社"搗蛋鬼"在那裡引發的事件。在夏威夷，與獨自行動的美國總統羅伯特·卡崔聯手。在阻止"幕後黑手"奧蕾·布魯雪克奪取"起爆劑"失敗後，傭兵集團"三叉戟"和"搗蛋鬼"混合部隊開始利用火山爆發產生的火山灰使夏威夷群島孤立之機，對夏威夷發動襲擊。在保護奧蕾的獨生女琳迪免遭總統幕僚洛絲萊因·克拉克赫特挾持的同時，又引出"搗蛋鬼"魔法師莎洛妮亞·A·以黎維卡並將其打倒。在莎洛妮亞倒下後，傭兵集團"三叉戟"也解除武裝投降，奧蕾的"美國宗教國家化計劃"破產。雖然夏威夷群島事件平息，但事件卻導致二十七個學園都市協助機構和學園都市對立，科學陣營的內戰一觸即發。感覺到受到柏德蔚背叛的上條，打算獨自扛下責任，靠自己的雙手來挽回這次失敗。

11月13日，在木原加群的引導下前往東歐的巴蓋吉城"善後"，打倒了"搗蛋鬼"魔法師瑪莉安·史琳格奈亞。但是，"搗蛋鬼"的首領歐提努斯為測試他右手性能究竟到什麽程度，出現在上條面前。上條在右臂被歐提努斯握斷的瞬間就因為失血過多而休克，而從他右手手腕斷面射出的"看不見的力量"也被粉碎。但是他的右手從切斷到自行恢復，只花了十分鍾就完成了。

一端覽祭前日，被歐雷爾斯帶回到學園都市的上條當麻，擔心被幽禁在"沒有窗戶的大樓"中、歐提努斯用來製造"主神之槍"的材料芙羅蘭·克洛伊杜尼，無論落到"搗蛋鬼"還是歐雷爾斯陣營手裡都不會有好下場，協助背叛"搗蛋鬼"的魔法師雷神索爾營救芙羅蘭·克洛伊杜尼。索爾透過木原加群留下的後門，演算出"沒有窗戶的大樓"的裝甲板無法抵消的衝擊波波形，後依該波形施以攻擊試圖破壞裝甲板。然而，芙羅蘭因為受到外界的刺激，自己破壞了"沒有窗戶的大樓"的裝甲板來到外界。為了讓歐雷爾斯勢力原理搗蛋鬼，並利用雙方彼此提防動彈不得之際，乘機先找到芙羅蘭·克洛伊杜尼保護她，跟索爾一起向雙方釋放假情報。其中，上條當麻負責設下能迷惑歐雷爾斯勢力的陷阱。上條透過跟蹤撤離的"搗蛋鬼"魔法師瑪莉安·史琳格奈亞，找出了追擊瑪莉安的蕾薇妮雅·柏德蔚。本打算透過刻意戰敗，將寫入學生手冊的假情報傳遞給對方，卻因為警備員的介入，側腹被實彈打穿而陷入生死交關的窘境。不過，誘餌情報成功傳達，成功將歐雷爾斯陣營跟"搗蛋鬼"隔開。

一端覽祭開幕日，從醫院溜出來後在第七學區·多層天橋找到了芙羅蘭·克洛伊杜尼，卻因為失血過多而暈倒，好在以向"搗蛋鬼"復仇為目的灰姑娘為他緊急止血並輸入生理鹽水後恢復了精力。拜托欠下他人情的灰姑娘製作出最後之作腦的"贗品"給芙羅蘭，最後中止了芙羅蘭捕食最後之作腦的"機能"。另一方面，為阻止蕾薇妮雅·柏德蔚向芙羅蘭出手而向她發出挑戰，在被上條識破力量源泉的蕾薇妮雅被打倒後，歐雷爾斯陣營選擇撤退。

《新約》第7卷中，上條當麻上了土禦門元春的當，被扔進了"男賓止步"的"學舍之園"，並接受了"阻止以靈裝發動大規模術式"這項"使命"。在學舍之園，上條不但被當成大變態，還在逃離眾多凶暴女學生的途中被禦阪美琴發現，就在以為走投無路的瞬間，由第五名的超能力者食蜂操祈操縱的女學生向他伸出了援手。推測土禦門所說的有關"明王之壇"的話都是謊言，當上條看見土禦門舞夏死亡的新聞後，在食蜂操祈操縱的女學生的協助下脫離"學舍之園"。剛打開原先背了防止追蹤而關掉的手機電源，就有雲川芹亞以匿名郵件送來的土禦門元春所在之處的情報，於是順著指示前往第三學區貝積繼敏的辦公室，阻止他殺害貝積繼敏。在製伏土禦門元春，得知"人力資源"計劃後，本應該保護土禦門舞夏，但因為不知道她在哪裡，於是決定前往"人力資源"的核心芙蕾梅亞·塞維倫身邊，攻擊"人力資源"的黑幕本身。當戀查(#028)要殺害濱面仕上和黑夜海鳥時，出手相救，並接受濱面的委托去保護芙蕾梅亞。在主題公園"博覽百科"，與垣根帝督聯手迎擊戀查(#029)。正當戀查(#029)的優勢無法動搖之際，卻因為體內被注入名為藥味久子的AIM思考體，內部逐漸崩壞。上條為了要救戀查(#029)，要用右手消滅她體內的藥味久子。然而戀查(#029)在敗北之際為了保護藥味，用自毀的方式來讓藥味逃出自己的體外。

由於親眼目睹了夏威夷群島與巴蓋吉城的慘狀，因此上條認為不能放著魔神歐提努斯率領的"搗蛋鬼"不管。在反"搗蛋鬼"聯合勢力全力搜索"搗蛋鬼"的根據地的這段時間，作為破壞"主神之槍"的"王牌"在學園都市待命。當得知"搗蛋鬼"的根據地"海上墳場(日文:船の墓場)"就設置在鄰近學園都市的東京灣後，為阻止"搗蛋鬼"和學園都市雙方在東京爆發激烈衝突，將東京變為第二個巴蓋吉城，打算在雙方正式衝突前快攻解決"搗蛋鬼"。跟蕾薇妮雅·柏德蔚、蕾莎、禦阪美琴、雲川鞠亞等人搭乘超音速客機前往東京灣時，飛機被"搗蛋鬼"魔法師弗蕾雅創造的"地底惡龍"解體，不光落到東京鬧市區，還跟大家失散。在透過地鐵想東京灣移動過程中，遭遇弗蕾雅的攻擊。在命懸一線之際，遭到趕來的禦阪美琴粗暴的搭救。最後，在茵蒂克絲的強製詠唱的介入之下，解放了弗蕾雅母女。雖然上條等人趕到了"海上墳場"，但是還是沒能阻止歐提努斯成為魔神。於是，世界被歐提努斯毀滅……

新約⑨在被徹底毀滅的空無一物、一片漆黑世界裡，只剩下上條當麻和歐提努斯。歐提努斯為打垮他的精神，創造出無數令上條絕望的世界。在歐提努斯最後創造的幸福而完美的世界裡，所有人都獲得了幸福，這讓他承認了歐提努斯擁有拯救世界的力量，不僅自己也失去了跟歐提努斯戰鬥的動機和理由，還認為自己活著在只會危害這個只有和平和笑容的世界。歐提努斯的安排完美到讓他走投無路，差點自殺。但是，在禦阪網絡的"總體意識"的激勵下，決定向歐提努斯挑戰。在跟歐提努斯的較量中，上條在不斷被歐提努斯殺死的同時也一點一點分析和記住了她的戰鬥模式，在經歷了10031次殺戮後，已經練到身體不需要靠腦袋反應而順著習慣動作。此時的上條不僅能夠避開歐提努斯的攻擊，還藉由迎擊並破壞了"主神之槍"。但是，雖然上條能跟持有"主神之槍"的歐提努斯一較高下，卻最後還是敗倒在以"妖精化"術式為中心獲得負面可能性的歐提努斯。光靠上條一個人，沒有歐提努斯的協助，上條無法將世界恢復原狀。要想說服歐提努斯，上條只能站在她面前，將話語送到她心裡。上條用敗北換來的，是歐提努斯對"創造出來的東西(世界)"感到毫無興趣，想要回到"原來的世界"。在上條當麻死掉後，無處可去的幻想殺手力量全都轉移到歐提努斯身上。回到"原來的世界"只是手段而非目的，歐提努斯真正希望的有個"理解者"(=上條當麻)。於是，歐提努斯明明知道將會被全世界的人攻擊，依舊在她"原來的世界"和上條當麻"原來的世界"二選一當中，選擇了將世界恢復到後者。

回到原本世界的上條，無法坐視歐提努斯在未經審判的情況下，死於名為正義的狂亂中，決心要拯救歐提努斯。而這時的歐提努斯，身體因為歐雷爾斯他們施展的"妖精化"，內部持續崩壞，正逐漸邁向死亡。從全世界手中拯救歐提努斯的方法--就是"讓魔神歐提努斯失去力量"。為了讓魔神變回人類，必須從位在丹麥古城的"密米爾之泉"裡取回魔神的一隻眼睛。於是，上條跟歐提努斯來到丹麥，打算讓她在放棄力量後再投降。在從約靈到目的地伊埃斯科城堡的"密米爾之泉"的路上，為了拯救歐提努斯，上條與全世界為敵，過去曾是可靠夥伴的各方領袖、超能力者、魔法師，全都成為襲擊上條的"強敵"，他的傷痕也一道道增加。但在"密米爾之泉"，一路看下來的歐提努斯有了"我真的有資格得救麽?"的念頭，出於自己的意志，她選擇拒絕讓上條拯救，拒絕再讓上條繼續背負罪孽，決定使出魔法來自我犧牲。最後，在歐提努斯的"弩"沒有射到最後一發前，上條就從歐提努斯背後破壞了"妖精化"的光椿。但因為在那個時間點，魔神歐提努斯已經死了九成九，剩下的部分則擅自重新組合成身高只有十五厘米的歐提努斯。

11月底，在雲川芹亞的建議導下，來到第二十一學區的地熱發電廠·原形人工湖"吉歐大地"，粉碎了蜜蟻愛愉的計劃，再次拯救了食蜂操祈。

12月1日，為了只有15厘米大小的歐提努斯買娃娃屋充當她安全的住所，而和歐提努斯、茵蒂克絲來到第十五學區的巨型綜合商業大樓"類鑽"。在那裡邂逅了偽裝成第六位超能力者藍花悅來這裡尋找失蹤友人芙蘭達行蹤的加納神華，還遭到魔法師聖日耳曼的襲擊。因為擔心急於保護友人的濱面仕上輕率地刺激聖日耳曼，再次與濱面爆發衝突，但沒能攔下。為了讓濱面友人安全逃離，甚至打算自己當誘餌。在濱面仕上的幫助下，兩人進到芙蘭達在大樓上層高級住宅區的"秘密基地"，發現了芙蘭達的秘密。當得知聖日耳曼慫恿加納打算使用靈裝"安之盾"向他"復仇"時，上條從濱面的保護下逃脫，用芙蘭達為加納準備的生日禮物將他喚醒。在濱面仕上、麥野沉利、絹旗最愛等人的合力下保護加納，並在茵蒂克絲、歐提努斯及加納的幫助下戳破聖日耳曼的"謊言"和"演技"，最後將對聖日耳曼的最後一擊讓給了加納神華。

12月3日，在防犯演習中扮演犯人的上條當麻，跟"魔神"之一的僧正相遇。僧正想讓上條擔任由"魔神"彼此爭奪資源帶來的世界扭曲--"命運"的計分者和管理各種"魔神"之力的鞘，許諾給他支配世界命運的力量。但上條在回絕了僧正的提案，還騎著"巔峰單車"載著美琴上演大逃亡。好容易擺脫了僧正的追逐，卻又碰上了"魔神"奈芙徒斯和娘娘，她倆希望藉由上條的手阻止失控的僧正。最後，在美琴的幫助下，在第二十三學區啟動質量加速器，將操縱土的僧正發射到天空......傍晚，跟潛入學園都市一舉殲滅娘娘等"魔神"的上裡翔流遭遇，卻卷入了柏德蔚姐妹之爭。上條打算幫助即使犧牲自己也要拯救妹妹的蕾薇妮雅·柏德蔚， 而上裡翔流則站在即使放棄生存也要拯救姐姐的派翠西亞·柏德蔚這邊。在雙方的衝突中，上條創造出同時保住兩邊的選項。最後在"上裡勢力"的田妻暮亞和"魔神"奈芙徒斯的幫助下解救了被"修格斯樣本"寄生的派翠西亞。事件解決後，在跟具有"理想送別"力量的上裡的單挑中，雖然幻想殺手被上裡的理想送別排除，但裡面的東西卻將上裡打成重傷。

12月4日，因為學校被僧正徹底破壞，上條等人不得不到附近的學校借用教室，結果不僅在那裡再次碰上轉學到該校的上裡翔流，還在5日與上裡的義妹去鳴接觸。在上裡被偽裝成學生會長的木原唯一奪走了其右手和"理想送別"的力量後，上條又成為她的目標。最後，木原唯一被接觸到並操縱對魔法式驅動鎧甲的禦阪美琴轟飛。

在隨後的幾日，學園都市受到(木原唯一統帥的)""和(上裡勢力府蘭製造的)熱浪襲擊，學園都市的學生都被困在學校的"避難所"。12月8日，為淨化游泳池的水為飲用水，上條等人冒著被""襲擊的風險被派往供水局去取淨水微生物的軟泥。在遭到""襲擊之際，得到裝備對魔法式驅動鎧甲的禦阪美琴的幫助，並接到常盤台中學接受治療。常盤台的情報誤認為"水晶塔"是""的司令塔，但實際上"水晶塔"是木原唯一鎖定敵人的誘餌。在他和美琴等人摧毀"水晶塔"的同時，常盤台中學也遭到木原唯一的攻擊。最後是上裡勢力的去鳴擊潰了木原唯一，並將上條轉移到她們的據點跟上裡翔流會合，一起討伐木原唯一。