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《學霸的超基因系統》第80章 理性分子設計
  連續三天,李驍都把自己鎖在房間裡,廢寢忘食地鑽研酶的世界。

  越是研究,越是發現這個世界竟是如此的複雜龐大。

  酶的發現本身就很有趣——

  1752年,法國物理學家列奧米爾用鷹作實驗對象,讓鷹吞下幾個裝有肉的小金屬管,管壁上的小孔能使胃內的化學物質作用到肉上。當鷹吐出這些管子的時候,管內的肉已部分分解了,管中有了一種淡黃色的液體。

  1777年,蘇格蘭醫生史蒂文斯從胃裡分離一種液體(胃液),並證明了食物的分解過程可以在體外進行。

  1834年,德國博物學家施旺把氯化汞加到胃液裡,沉澱出一種白色粉末。除去粉末中的汞化合物,把剩下的粉末溶解,得到了一種濃度非常高的消化液,他把這粉末叫作“胃蛋白酶”。

  同時,兩位法國化學家帕揚和佩索菲發現,麥芽提取物中有一種物質,能使澱粉變成糖,變化的速度超過了酸的作用,他們稱這種物質為“澱粉酶製劑”。

  科學家們把酵母細胞一類的活動體酵素和像胃蛋白酶一類的非活體酵素作了明確的區分。

  1878年,德國生理學家庫恩提出把後者叫作“酶”。

  至此,酶正式進入了人類科學家的研究領域。

  截止目前,發現人體和哺乳動物體內含有5000種酶,所有的酶都含有C、H、O、N四種元素。

  它們或是溶解於細胞質中,或是與各種膜結構結合在一起,或是位於細胞內其他結構的特定位置上,只有在被需要時才被激活,這些酶統稱胞內酶;另外,還有一些在細胞內合成後再分泌至細胞外的酶──胞外酶。

  酶是一類生物催化劑,它們支配著生物的新陳代謝、營養和能量轉換等許多催化過程,沒有酶的參與,新陳代謝幾乎不能完成,生命活動就根本無法維持。

  也就是說,李驍目前對人體5000種酶並沒有全盤深入的了解,也不清楚它們的化學結構和特性,這等於說要想從茫茫大海裡找到那座特定的小島,起碼先得熟悉另外的5000座小島,才能推斷出目的小島的形狀、位置和特性。

  而酶的領域是如此的龐大複雜,涉及分子細胞學和生物化學,李驍不可能在短短的半個月內就掌握這一切,他必須要找到更便捷的方法才行!

  “呼——”李驍長出一口氣,合上了手中書籍,揉了揉眉心。

  連續三天地查閱資料,讓他感覺頗為疲憊,此時靠在沙發上,仰望天花板,腦子裡卻在不停地思索……

  方法一,穩扎穩打,先從分子細胞學和生物化學入手,逐一學習掌握人體5000種酶的特性,並進行相關的實驗,估計沒有一輩子,也得要個幾十年。

  方法二,求助系統,直接得到這種酶的名稱和製備方法。

  李驍想了想,雖然是有些不甘心,但也只能求助系統了,於是問道:“系統,我想得到這種酶的名稱和製備方法,我需要付出什麽代價才能得到?”

  “本系統目前並不接受定向技術提供,你只能用抽獎方式賭一下運氣,目前宿主還有一次抽獎機會未使用。另外,神秘商店中也有一定機會出現技術圖紙,所以努力完成極限任務,讓神秘商店刷新也是一種辦法。”系統毫無感情地回答。

  李驍心裡呵呵了兩聲,所謂抽獎和神秘商店刷新還不都是系統控制的,它想讓自己得到什麽就會得到什麽,

真是個么蛾子系統啊!  這次抽獎還是完成了第一次基因藥水治療任務獲得的,由於李驍擔心自己運氣不好,再加上對抽獎也不是特別需要,所以就留著一直沒用。

  不過既然這樣,抽一次獎也不會死人,那還是抽一下看看吧!

  於是他召喚出了抽獎頁面,一共有八個區域,三個是“謝謝參與”,三個是“?”號,只有兩個是圖紙,卷成一卷,也不知到底是什麽圖紙?

  用意念往上一點,只見指針開始轉動起來……

  “停!停!停!”

  伴隨著李驍心裡的大喊,指針緩緩地掠過了“?”號,眼看就要停在一卷圖紙上,結果又緩緩地滑動過去。

  就在李驍歎了口氣,覺得這次又該沒戲了,誰知指針又劃過了三個“謝謝參與”後,最終停在了最後的那卷圖紙上。

  李驍呆了一呆,意念往圖紙上一點,只見圖紙徐徐展開,一道金光閃過,一本書籍出現在了眼前。

  “《理性分子設計》?”李驍定睛一看,“臥槽!這是啥?”

  系統沒有回答。

  李驍趕緊打開這本只有300多頁的書籍,進行了一番翻閱,發現理性分子設計主要是在計算機中完成。通過計算機建模預測蛋白質活性位點,考察某基因突變對目標蛋白穩定性、折疊以及與底物結合的影響,從而對蛋白質進化進行設計指導和模擬篩選實驗,提高實驗的成功率。

  具體說來,就是為基於目標蛋白的三維結構, 利用計算機理性設計親和配基提供了便利,使其成為更加快速的獲得高親和性肽配基的有效方法。

  該方法一般包括以下步驟:

  1.通過蛋白質數據庫或同源模建的方法獲得目標蛋白質的相關結構信息。

  2.基於經驗或分子模擬軟件分析找到潛在的配基結合位點,這個位點可能是蛋白質的活性點,也可能是它的天然互補配基結合位點,或者是溶劑暴露區域等。

  3.建立一個含有大量候選分子的數據庫,也可以利用商業化的數據庫,如常用的劍橋結構數據庫和現有化學品目錄數據庫等。

  4.利用分子對接軟件進行配基的篩選,獲得與目標蛋白具有較高親和性的配基。

  5.最後利用分子顯示和分子性質分析軟件評價所獲得的配基和目標蛋白的親和性。

  ……

  李驍呆了一呆,忽然激動地道:“明白了!用《理性分子設計》的方式,我就能設計一種建模,對人類現有的5000種酶進行分析,並找到那種可能的酶的結構分子式。”

  只要這種酶的結構分子式得到,就能人工合成這種酶,那座茫茫大海中的小島也就能找到了。

  至於建模的原則,對於李驍而言並不是難題,他已經有了肌纖維圖紙,能夠得出炎症細胞的基因特征,再把5000種酶的數據輸入進去,足以構建起數學模型。

  現在唯一的難題,就是iGEM大賽報名截止還有半個月,他要在那之前拿出基本的方案,才能申報。

  他需要再一次和時間賽跑了!
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