原來，老章魚埃斯特裡斯在投降前夕，未能及時向屬下們傳達停止對抗的信息。於是一個心有不甘的實驗員，自作主張的，將原本用於消滅喪屍病毒而開發出來，卻還遠不夠完美的2648號因子，投放散布了出來。
當埃斯特裡斯等人發現2648號因子被投放出去時，一切都已經晚了。2648號因子迅速在海洋裡傳播，將一頭頭因喪屍病毒感染而變異的海怪，迅速液化成膿水。埃斯特裡斯等人現在能做的，就是先指揮所有他們能動用的力量，盡量保護住海底實驗室的巨大穹頂，不至於讓兩千多米深的海水，因為穹頂崩潰而傾泄下來。
……
經過幾年的傳播變異，喪屍病毒出現了多種變種，已經感染了幾乎所有生物。2648號可以對各種喪屍病毒起作用，將各種變異生物身上的多種喪屍病毒分解消除掉，但卻無法挽救那些變異生物的生命。
經過幾年的衍化，被喪屍病毒感染的生物早已變異得面目全非，根本看不出原狀，當它們失去了喪屍病毒的支撐，身體細胞就迅速崩潰溶解成一灘膿水，僅留下一堆骨架。
2648號因子開始向全世界傳播，殺死被它感染的各種各樣的變異生物，只有極少數沒有被喪屍病毒感染的生物得以幸免。一時間，2648號因子所到之處，竟留下了大片大片的變異生物屍骸，海洋陸地也變成一片片死水和死地。
這是一場末日，一場變異生物的末日，就像當初喪屍病毒毀滅世界一樣。
2648號因子造成的毀滅性災難，終於被地面的人類幸存者們發現了。人們被該病毒因子帶來的恐怖破壞性嚇壞了，恐懼最終產生了邪惡。
幾天后，不知道是誰首先使用核武器，試圖阻止這種致命因子的擴散，而後一場規模浩大的核攻擊開始了，目標就是那些正在不斷擴散的未知死亡病毒。末日發生後，少數幸存者們獲得了大量核武器，用於對抗日益恐怖的變異生物，以及其它敵對幸存者勢力。
幸存者們並不知道，那些導致變異生物們大量死亡的病毒，其實對未被喪屍病毒感染的生命體是無害的。它們的擴散速度其實並不快，還被人為植入了基因鎖，只要擴散到一定程度就會自行放緩甚至停止。不過恐懼的幸存者們為了自保，最終還是選擇使用最終力量，阻止這種“致命病毒”的擴散。
……
……
大西洋上，一架有些像是巨型f35b的飛行器上，一群高級進化者正將一枚巨大如集裝箱的核彈，投向即將被毀滅病毒吞噬的直布洛陀海峽。
這枚5億噸T-N-T當量的巨型核彈，是幾個幸存者大勢力，聯合拚湊製造出來的，它將炸毀直布洛陀附近的底殼，把地中海的缺口堵住。像這樣的行動也正在紅海一帶進行，旨在將毀滅病毒控制在地中海內。
整個地中海周邊的陸地，已經被放射性塵埃覆蓋，生物幾乎死絕，只要再堵住兩端的出口，就能暫時控制住毀滅病毒的傳播。
重達近百噸的巨型核彈，一頭扎進了海裡，像海底沉下去。十幾分鍾後，一陣劇烈的閃光過後，海面上升起了一道直徑數十千米的白色水柱。核爆炸不僅炸飛了海水，也將海底地殼炸出了一個大洞，噴湧而出的土石和岩漿，將直布洛陀海峽堵住。或許是爆炸當量太大，爆炸中心周邊的地殼發生了位移，產生了超過10級的大地震，掀起了上千米高的超級海嘯，

向地中海另一頭湧去。
海嘯開始在地中海內蔓延，幾百名高等進化者開始借用海嘯的力量，施展出他們的終極秘術超級冰凍。這種異能可以利用巨浪的能量，將海水迅速變成冰塊，千米海嘯所過之處，海水迅速被冰凍成冰塊，洋流停止波浪凝結。整個行動進行了幾個小時，直到將整個地中海變成一塊巨大的冰塊，方告一段落。浩瀚的地中海，轉眼間變成了“格陵蘭”，冰凍的海水將暫時阻止毀滅病毒在海洋中的傳播。
……
接下來，幸存者們中的佼佼者們，繼續利用他們所能動用的一切資源，製造出大量的核武器，投放到病毒泛濫的陸地區域。一朵朵巨大的蘑菇雲，開始在被感染區上空升起，強烈的輻射將病毒殺死， 阻止它們通過陸地和空氣傳播。
盡管付出了巨大的代價，但這些大當量的核武器，終究沒能完全阻止2648號因子的傳播，只能延緩它們的擴散速度。此外，大當量核武器雖然能殺死病毒，卻也炸壞了海底薄弱的地殼，使得海底的超級火山大規模噴發，大量的水汽和煙塵開始覆蓋住天空，漸漸將太陽遮擋住。
天空漸漸陰沉下來，幾天后地面上只剩下一片昏暗……天空開始落下灰黑灰色的雪花，一場漫長的核冬天開始降臨。
……
……
月面基地上，吳遲仁和幾位機甲部高層，正被緊急召來開會。地球上突然出現的未知病毒，打亂了所有事情。
“太恐怖了，那些被新致命病毒感染的變異生物，幾乎全都當場死了。海面上飄滿了大量小型海怪的皮囊屍骸，那些大一些的海怪們都化成膿水沉骨於海底了，海洋已經變成了死水。”負責講解的李太太邊向與會諸人發資料，邊將她知道的傳聞告訴諸人。
吳遲仁和與會諸人都被各種圖片嚇了一跳，短短十幾天時間，地面儼然已經變成了地獄。
“其它幸存者勢力，對感染區使用了超大當量的核武器，但依舊不能完全阻止這種病毒的擴散，只能延緩其擴散的速度。地面上現在到處是噴發的火山，天空開始被濃密的火山灰覆蓋，即使是在大白天也只能勉強看到朦朧的太陽光。地面氣溫正在迅速下降，部分地區已經降到冰點以下……”李太太用一種近似於哭聲的腔調講解著，這次災難顯然比當年喪屍爆發時，要嚴重得多。