時間不停的流逝，轉眼之間，三年時間過去了。

　此時距離波風浩人死去已經十三年了，因此，波風浩人這隻蝴蝶給忍界帶來的影響越來越小。

　在外修煉的鳴人歸村之後，木葉就接到了砂隱的求援。和動漫中一樣，鳴人等人成功的救出了我愛羅。雖然在自來也的訓練下，鳴人的實力大增，但是一尾還是被曉組織奪走了。不過，在砂隱千代婆婆的犧牲下，我愛羅成功復活。此事之後，木葉和砂隱的聯盟更加的可靠。

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　在仙法之印的作用下，阿斯瑪的實力是影級，但是，阿斯瑪還是沒有避免自己死亡的命運，飛段的能力太特殊了，如果不知道底細，很少有人能夠逃過一劫。

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　佐助在認為自己已經獲得了超越大蛇丸的力量之後，突然向大蛇丸發難，破解了大蛇丸的轉生忍術，打倒了大蛇丸。

　培養佐助是波風浩人安排給大蛇丸的任務，所以，大蛇丸對佐助可以說是傾囊相授。這就導致了，佐助不但變的非常強大，而且佐助對大蛇丸相當的了解，尤其是大蛇丸的弱點。

　大蛇丸對佐助雖然沒有任何的企圖，但是，在所有人看來，大蛇丸的目的就是宇智波佐助的身體，佐助自己也這麽認為，畢竟，大蛇丸會波風浩人完整的克隆技術的事情，只有大蛇丸、波風浩人和漩渦輕水三人知道。

　大蛇丸在與三代火影的戰鬥中失去了雙臂，無法使用任何忍術，精神力方面又無法戰勝擁有寫輪眼的佐助，因此，大蛇丸和動漫中一樣，被佐助打倒了。

　打倒了大蛇丸之後，佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人組成了名為“蛇”的小隊。

　香燐在大蛇丸的全力培養下，能力得到了很好的開發。和動漫中一樣，香燐愛上了佐助，因此，香燐不顧母親漩渦輕水的反對，選擇了跟隨佐助。漩渦輕水因為肩負著復活波風浩人的任務，所以，沒有去追回香燐。在漩渦輕水心中，香燐很重要，但是波風浩人也很重要。

　經過一番波折之後，佐助終於找到了鼬，和鼬展開了激烈的戰鬥。雖然宇智波鼬因為波風浩人的原因，不像動漫中一樣身染重病，但是，為了讓自己的弟弟得到永恆的萬花筒寫輪眼，鼬還是選擇了死在佐助的手中。

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　自來也的命運也沒有發生變化，自來也為了獲取“曉”的情報而潛入了雨忍者村，最終為了得到佩恩六道的情報而犧牲了自己的生命。

　得知自來也犧牲的消息之後，鳴人悲痛萬分，為了替自來也報仇，鳴人決定前往妙木山修煉真正的仙術，畢竟，仙法之印和真正的仙術相比，還是有一定差距的。

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　和動漫中一樣，長門為了得到鳴人體內的九尾，突然襲擊了木葉村。

　加藤斷立刻率領木葉忍者開始了戰鬥，綱手則利用蛞蝓施展大范圍的醫療忍術以減少木葉的傷亡，就連志村團藏都率領“根”的成員戰鬥在第一線。

　木葉此時的戰力很強，因此，加藤斷並沒有利用聯絡蛙向妙木山求援。而事實也證明，木葉此時的戰力真的很強，這場戰鬥不同於動漫中，木葉並沒有處於一邊倒的劣勢，雙方激戰了很長時間，一直旗鼓相當。其實，嚴格說來，木葉其實是佔據優勢的，要知道，木葉的忍者需要一邊保護村民一邊戰鬥，不像佩恩六道可以肆無忌憚。

　不過，這樣的情況在加藤斷倒下之後被打破了。

　加藤斷倒下了?沒錯，加藤斷失手了。長時間的戰鬥，使得木葉村被破壞的很嚴重，因此，加藤斷發動了自己的靈化之術開始了攻擊。

　靈化之術可以將自己靈化成活的靈魂，無視距離穿梭並殺害敵人，亦可以控制對方身體和進入他人精神世界。一般情況下，靈化之術是無解的，但是，當敵人是佩恩六道的時候，就不是一般情況了。

　佩恩六道中的人間道能夠捕獲記憶與靈魂，加藤斷在利用靈化之術成功的乾掉了修羅道、餓鬼道和畜生道之後，不小心栽在了人間道的手中。不過，加藤斷怎麽說也是玩了一輩子靈化之術的人，不可能那麽輕易的被人間道捕獲靈魂，因此，加藤斷拚著靈魂被重創，成功的脫身了，但是，靈魂回歸身體之後，加藤斷就陷入了深度昏迷狀態。

　加藤斷是木葉的五代火影，是木葉的精神支柱，加藤斷倒下之後，木葉忍者開始被全線壓製。在混亂的情況下，靜音被人間道抽出了靈魂——長門得到了鳴人的去向。之後，長門利用神羅天征將木葉夷為了平地。為了保護木葉所有的人，綱手拚盡全力，利用蛞蝓將木葉的所有人包裹了起來，在長門的攻擊結束之後，綱手第一時間趕去救治靈魂被重創的加藤斷，最終因為查克拉消耗過大，綱手也陷入了昏迷狀態。

　此時可以說是木葉最危急的情況，好在志麻仙人就在木葉附近采集食材，看到木葉竟然被人夷為了平地，志麻仙人立刻將妙木山的強者以及鳴人通靈到了木葉村。

　學成仙術的鳴人回到了木葉之後，接連打敗了佩恩六道中的五人，不過，在與天道交戰中，由於目睹了雛田為保護自己而重傷，導致體內的九尾暴走了。

　當九尾的第八條尾巴從封印中解放的時候，四代火影波風水門出現在了鳴人的精神世界，阻止了九尾。因為波風水門死前，波風浩人將自己的查克拉改變性質後傳遞給了波風水門和漩渦玖辛奈，因此，波風水門能和漩渦鳴人聊更長的時間。

　“無論何時，父母總是會相信自己的孩子啊。。。。對了，鳴人，你知道木葉鬼才波風浩人嗎?”波風水門說道。

　“恩恩，我知道，他是克隆技術和仙法之印的創造者，我從三代火影爺爺和卡卡西老師口中得知，他是一位很偉大的忍者，為了村子犧牲了自己的生命，據說，他死亡的時候才十歲。”漩渦鳴人說道。

　“木葉鬼才，波風浩人，他是你的親哥哥。”波風水門說道。

　“什麽?。。。我的親哥哥?我有。。。哥哥?”漩渦鳴人驚訝的說道。

　“沒錯，他是你的哥哥。。。浩人是木葉有史以來最天才的忍者，我本以為他會成為木葉的火影，沒有想到，在我死後才兩年時間，浩人就失去了生命。”波風水門在漩渦鳴人體內可以看到鳴人經歷過的一切，因此知道了波風浩人死亡的事情，“你的八卦封印被浩人打開了一個缺口，在缺口處，浩人布置了一個複雜的封印，因為這個封印的存在，九尾的力量不斷的強化著你的身體，這就是你的身體素質為什麽那麽強大的原因。。。。這個封印名為“補償封印”，是浩人對你的補償。”

　“哥哥。。。對我的。。。。補償?”鳴人奇怪的問道。

　“恩，你是九尾人柱力，為了讓你才能夠戰勝九尾、控制九尾，浩人讓三代火影大人隱藏了你的身世。。。。只有經歷最黑暗的人生，才能看到最細微的光明，浩人這麽做是為了讓你擁有一顆強大的內心。。。。不要怪浩人，鳴人。”波風水門拍了拍漩渦鳴人的頭說道。

　“原來是這樣。。。。我怎麽。。。我怎麽會怪哥哥呢。”漩渦鳴人擦拭著臉上的眼淚說道:“一直以來，一直以來，我都不知道什麽是愛，也沒有感受到過愛。。。。直到現在我才知道，在我出生的時候，我就被愛包裹著了。。。。這樣的感覺。。。真的。。。真的。。。真的。。。很好。”

　“你能這麽想。。。。真是太好了，鳴人。”波風水門笑著說道，“鳴人，接下來，我要告訴你當年你出生的那天發生的所有事情，認真聽。。。”

　“嗯， 知道了，爸爸。”漩渦鳴人點了點頭說道。

　四代火影將鳴人出生那晚，所有的一切都詳細的告訴了鳴人。

　“你在控制九尾的時候，就可以見到媽媽了，好好努力吧，鳴人。。。。我也該走了，查克拉快用完了，我把封印重新複原，但這是最後一次了。”說著，波風水門伸手將漩渦鳴人腹部的八卦封印修複了，波風浩人布置的“補償封印”沒有一點的削弱，因此並不需要修複，“木葉還可以重建，拜托你了哦，鳴人。”

　“謝謝你，爸爸。”看著父親消失的地方，鳴人的內心變的非常的充實。得知了一切的鳴人，內心的空洞已經被父親、母親還有哥哥的愛所填滿。

　之後，鳴人重新回到了戰場，打倒了佩恩天道。並找到了長門所在的位置，說服長門重新找回了昔日的理想，長門施展輪回天生之術讓包括卡卡西在內的已經犧牲的木葉村人們復活，自己也因此而死去。鳴人由於保護了村子而成為了英雄，得到木葉村所有人的景仰。

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