威廉不但從英格蘭教會手中收回什一稅，更向坎特伯雷大主教下手，不但廢除了斯蒂甘德神父的坎特伯雷大主教之位，更以貪腐和勾結叛亂貴族的名義將斯蒂甘德神父送上了王廷審判。

斯蒂甘德神父在就任坎特伯雷大主教期間聚斂了令人稱羨的財富，就連威廉都對它們垂涎三尺，這次威廉對付斯蒂甘德神父就是奔著他手中的巨額財富去的。

王廷法院是威廉手中對付教會的利器，很快斯蒂甘德神父就被審判有罪，剝奪了坎特伯雷大主教的教職，隨後威廉將他的財產都收歸王室所有。

因為斯蒂甘德神父的家族也同樣因為參與了斯蒂甘德的瘋狂斂財而身家不菲，威廉也同樣羅織罪名將斯蒂甘德神父家族全都剝奪了財產後送進了監獄中。

約克大主教是英格蘭教會的首腦，他曾為威廉舉辦加冕典禮，在英格蘭貴族和教士中威望卓著。

為了反對威廉的殘暴統治，約克大主教以未作許諾為由，堅決抵製國王收回什一稅的要求，反對威廉罷免坎特伯雷大主教的決定，要求歸還一切教會資產。

為此，他派出自己最信任的費內斯神父布爾吉爾德前往羅馬向教皇申訴，控訴威廉的累累罪行。

同時作為應對，約克大主教不顧王廷任命的新任坎特伯雷大主教，擅自選舉盎格魯薩克遜人教士埃德裡克為坎特伯雷大主教。

威廉憤怒至極，約克大主教帶頭和自己屢屢作對，這是對他權威的嚴重挑釁。

作為報復，1048年春，威廉下令征調牧師和教士封臣的部分收入充公，又遭到主教們的反抗。

不久，國王又要教士比照俗人交其動產及收入的1/13資助王室，約克大主教予以抵製，但終不堪王之威逼而離英流亡。

隨著衝突升級，威廉不顧教會的反對，將因任職者病故、出逃而教職空缺的主教區、修道院的財產、收入紛紛收歸王室。

據不完全估計，僅見諸王室帳簿的源於教會的收入，在1045年威廉加冕英格蘭國王時為400鎊，但僅僅在威廉對英格蘭教會進行改革後的1047年最後一個季度，王室收入中源於教會的收入就已經已達5700鎊，預計未來1048年全年這筆教會收入則能激增至24000鎊。

1048年8月，教皇的干涉如期而至，新任教皇克達馬蘇二世派使節申斥威廉的殘暴行進，任命埃德裡克為坎特伯雷大主教，不承認威廉任命的坎特伯雷大主教赫爾曼，同時教皇還任命逃亡羅馬的約克大主教為紅衣大主教。

實際上，此時的教、俗權衝突，在很大程度上是英國封建王權與羅馬教廷爭奪英國教會統治權的交鋒，英國教會貴族在矛盾激化時基本上未與國王正面對抗。

1048年8月9日，神聖羅馬帝國皇帝亨利三世的表兄弟、諾德高伯爵和德意志主教布魯諾在亨利三世的幫助下登上了聖伯多祿的禦座，繼任教皇，稱利奧九世。

和兩個前任一樣的德國人，利奧九世在位五年(公元1049一1054年)，是克呂尼運動的強力支持者，正因為他有改革的熱誠，才被皇帝指派為教皇。

他下令改組教廷，高級神職人員均由克呂尼派僧侶擔任，要求各級教士實行嚴格的獨身製，防止教產轉移到俗人手中，宣布所有教產都屬於教皇，應向羅馬教廷納稅。

作為一位狂熱的克呂尼派僧侶，威廉強行收回教會財產、廢除教區、征收什一稅和任免教職的行徑自然受到了利奧九世的敵視。

1048年，

教皇利奧九世頒布“禁教令”，禁止在英舉行有關宗教儀禮後，一些英國主教即逃往蘇格蘭和歐洲大陸，使民眾正常的宗教生活頗受影響。不過，英國的教務活動並未完全停止，此時威廉還“選舉”出齊徹斯特、埃克塞特、林肯、利克菲爾德等4個教區的新主教。

同時，作為威廉的親信，薩瑟克主教希爾維斯特、阿賓登主教弗朗特、聖保羅主教懷蒙特等諾曼人主教們都是威廉王的重要朝臣，他們頻繁參與國政。

隨後威廉頻繁廢除各郡盎格魯薩克遜人主教，同時任命諾曼人教士為各地主教神父，掌管各郡堂區修道院。

隨著威廉宗教改革的不斷深入，英格蘭王國境內大部分教區主教、堂區和修道院都已經被威廉任命的諾曼人主教、教士們所控制，原本由英格蘭教會征收的什一稅也源源不斷地匯入威廉的王室金庫中。

1048年10月，教皇見威廉屢教不改，宣布將威廉開除教籍，要求威廉向教皇稱臣納貢，歸還所掠教產，讓約克大主教回英任職，賠償英教會在衝突期間所受的損失。

因為威廉宗教法上成為任何信徒都不得接觸的人，所以許多忠於他的主教隻好離開英國，但也有許多主教和教士們不顧教皇的命令，依然效忠於威廉。

而這其中，大多數都是威廉新近任命的諾曼人主教和教士，離開的幾乎都是盎格魯薩克遜人。

威廉是諾曼人的王，他和全體諾曼人是利益共同體，他們之間緊密關系不是遠在羅馬的教皇所下達的一個區區破門律，簡簡單單地將威廉革除教藉就能離間的。

另一邊，受夠了教會的限制和剝削，威廉這次是鐵定了心要和羅馬教廷死磕到底。

1048年11月，英格蘭禦前會議通過了《至尊法案》，宣布國王是英格蘭教會獨一無二、至尊無上的首腦，並將與羅馬教皇斷絕一切往來。

《至尊法案》的頒布意味著威廉不僅是世俗的最高統治者，也是宗教上的最高統治者，英國所有教會不再聽羅馬教皇的指揮。

與羅馬教廷決裂後的英國教會稱“安立甘教”，又稱“聖公會”，具有國教的地位。

威廉進行宗教改革的根本目的是抑製教權，加強王權，不僅對教義沒有進行多少更改，就連他本人也沒有宣布放棄天主教信仰，改革後的英國國教安立甘教保留了主教製等天主教傳統。

隨後威廉先後制定了“十條教規”，簡化了天主教儀式，發布了“十七條指令”，國教化和國家機構化了英格蘭國會，廢除了修道院制度，沒收了修道院土地，殺掉了許多反對者。

從此英格蘭的教會與羅馬教皇脫離關系，英國國教會成立。